Исследователи из Канады и Китая секвенировали геном дальневосточного трепанга (Apostichopus japonicus) – животного, которое считается деликатесом у многих народов Восточной и Юго-Восточной Азии.
Дальневосточный трепанг принадлежит к классу голотурий, или морских огурцов (Holothuroidea), который входит в тип иглокожих, куда входят также морские звезды и морские ежи. Тело голотурий удлиненное, продолговатое, на головном конце расположен рот, окруженный щупальцами. Они медленно передвигаются по дну и питаются органическими остатками. Твердых наружных выростов, таких как иглы морских ежей, у голотурий нет. Но, как и у других иглокожих, у них имеется внутренний скелет, состоящий из мелких известковых пластинок, погруженных в стенку тела.
Под названием «трепанг» объединяется почти десяток видов съедобных голотурий, в том числе Apostichopus japonicus. Численность его в морях Тихого океана значительно снизилась из-за активного промысла. В Китае и Японии дальневосточных трепангов начали выращивать на специальных фермах на морском побережье.
Китайский исследователь Цзяньхай Сян (Jianhai Xiang) и его соавторы провели секвенирование генома дальневосточного трепанга высокого разрешения. Геном голотурии составляют 880 миллионов пар нуклеотидных оснований. Ученые прочитали 92 % генома, включая 30 350 генов, кодирующих белки. «Сравнивая геном Apostichopus japonicus с другими организмами, мы обнаружили доказательства того, что иглокожие отклонились от полухордовых около 533 миллионов лет назад, а голотурии отделились от других классов иглокожих около 479 миллионов лет назад, – сообщают авторы работы. –Мы обнаружили, что, у трепанга имеется лишь семь генов, ответственных за создание кальцинированного скелета, тогда как у его родственника морского ежа таких генов тридцать один. К тому же активность этих генов на протяжении всего развития трепанга ниже, чем у морского ежа, поэтому тело голотурий более мягкое».
Цзяньхай Сян и его коллеги нашли также группу генов, получившую название PSP94-подобные гены. Они отвечают за регенерацию кишечника голотурии. Видимо, с ними связана способность голотурий с целью защиты выбрасывать через анальное отверстие часть кишки. Утраченный орган быстро восстанавливается. Такой способ защиты представляет собой «фирменный прием» голотурий, и у других видов иглокожих PSP94-подобные гены не найдены.
Результаты исследования опубликованы в электронном научном журнале PLoS Biology.
