Сергей Мотях — сын казака из Черниговской губернии. Он сам рассказывал, что в монастырь его отдали еще совсем ребенком, и родителей своих он не помнил. Когда пришло время, послушник принял иноческий постриг с именем Иосиф. Поступил в Свято-Троицкую обитель на северном берегу озера Иссык-Куль. 25 марта 1905 года 42-летний послушник был пострижен в мантию с именем Ириней. Исполнял послушание звонаря и помощника эконома.
В 1914 году вышел из монастыря и некоторое время нёс послушание в Верном (ныне Алма-Ата, Казахстан) на архиерейской даче, после чего вернулся в монастырь.
Во время киргизского восстания в 1916 году участники бунта напали на Иссык-Кульский Троицкий монастырь. Часть братии заранее уплыла на лодках на близлежащий остров, некоторые же, включая Иринея, остались в обители. 11 августа бунтовщики ограбили монастырь и зверски убили всех насельников, каких нашли. В живых остался лишь Ириней, благодаря тому что спрятался под тёсом колокольни. Спустя некоторое время принял великую схиму с именем Ираклий. Впоследствии всю свою жизнь он горячо молился за своих собратьев-мучеников, и каялся, что не пошёл с ними на эту Голгофу.
После разгрома Иссык-Кульской обители оказался в Аксайском ущелье в скиту в урочище Кызыл-Жар, неподалеку от Верного. Там вместе со своими сподвижниками иеромонахами Серафимом, Феогностом, Пахомием и Анатолием нёс молитвенный труд. В одной из келий совершали подвижники Божественные службы. По воспоминаниям их духовных чад, старавшихся при каждой возможности приходить в скит, службы эти были необыкновенные: пели сами монахи, и пение это оставляло в душах молящихся с ними благоговейный трепет и радость, как будто стояли они не на земле, а на небе.
В начале августа 1921 года все пятеро насельников Аксайского скита пошли в город в Никольский храм на праздник великомученика Пантелеимона Целителя. После праздника Ираклий и Пахомий остались, а трое вернулись в горный скит, где ночью отцы Серафим и Феогност были убиты, а Антатолию удалось бежать. После этого события оставшиеся в живых три подвижника уже не вернулись в горы.
Схимонах Ираклий перебрался в станицу Талгар, где стал жить в семье церковного старосты Дмитриева. В доме жить отказался, построил себе келию в саду. Очень любил детей Дмитриева. Бывало, играл с ними, забавлялся, а потом закрывал лицо руками, говоря: «Прости, Господи!» — и смеялся. К нему иногда приходили верненские монахини Евфалия, Дорофея, Магдалина и инокини Александра, Феодора, Мариамна, Татьяна. Любили все вместе сидеть вечерами в саду под яблонями и петь псалмы и духовные канты.
Часто надолго уходил в горы молиться. Около 1928 года ушёл на побережье Иссык-Куля, построив там в горах келию, в которой прожил некоторое время в полном уединении. Семью же Дмитриевых почти сразу после ухода преподобного арестовали и отправили в ссылку на Аральское море.
В начале зимы 1928 года житель села Сазоновка (ныне Ананьево) Мирон Дубинин ехал в горах верхом на лошади. Услышав стон, он поехал на звуки и обнаружил келию, а в ней старца Ираклия в обветшавшей разорванной монашеской одежде. Стонал старец оттого, что у него сильно болела рука. Мирон, видя его в таком бедственном положении, с трудом уговорил поехать в село. Собрал Мирон в узелок все вещи и книги преподобного, посадил старца на лошадь и привез домой. За ночь жена Мирона сшила Ираклию новую одежду из холста, а наутро его отвезли к фельдшеру, который обработал рану. После выздоровления преподобный сказал, что жить в доме у них он не может. Тогда Мирон помог старцу устроить келию в саду, в сарае, служившем кухней.
Живя у Дубининых, продолжил свои аскетические подвиги. Ежедневно читал полунощницу, утреню, часы, обедницу, вечерню и повечерие. Спал мало и урывками, в постель не ложился, но почти всё время проводил в молитве стоя. Изнемогая, сидя на лавке, засыпал ненадолго, и затем снова вставал на молитву.
Молва, что в Сазоновке живёт старец-схимник, быстро разнеслась по округе. К старцу стали приходить люди, просить совета и молитв. Всё, что приносили ему, он отдавал супруге Мирона. Из келии выходил редко. Ходил в местный храм и в храм соседнего села Семёновки. Противостоял обновленчеству.
В 1929 году в Сазоновке началась кампания по раскулачиванию и большевики стали доискиваться о том, кто такой старец Ираклий. Мирон Дубинин вначале назвал его своим дядей. Когда власти выяснили, что это не так, Мирон Дубинин проводил старца к своему двоюродному брату Андрею Дубинину, а сам вскоре был арестован и посажен в тюрьму, откуда уже не вернулся.
У Андрея Дубинина за домом стояла деревянная избушка, где и поселился старец. С утра до вечера чета Дубининых работала в поле, а их девять детей оставались на попечении старца. Он их кормил, когда проголодаются, и снова принимался за молитву. На Дубининых стали давить, чтобы они вступили в колхоз, а старца забрала к себе семья Бочарниковых. Андрея Дубинина вскоре посадили на 10 лет.
Бочарниковы жили очень бедно, в ветхой однокомнатной избе с печью, на которой они и спали. Сергей Бочарников хотел построить для старца Ираклия келию, но он не дал на то согласия, а поселился в бывшем у них закроме, сколоченном из досок, в котором одна доска отодвигалась и служила дверью. Вместо кровати ему служил длинный стол, вместо постели — две дерюжки, свитые из конопли — на одной спал, другой укрывался. Печку преподобный тоже не разрешил поставить. Зимой, когда жена Сергия в избе печь топила, она собирала в ведро горячие угли и относила старцу. Это было все его отопление. Только в последние годы в его келии поставили чугунную печь. Иногда он нарушал свое уединение и общался с Бочарниковыми, но только исключительно на духовные темы.
Люди продолжали ехать к нему из всех поселков, и Бочарниковы всех привечали. Вскоре волна раскулачивания коснулась и этой бедной семьи — за то, что они тоже не пожелали вступать в колхоз. Главу семейства связали, увели, но к вечеру отпустили. Из дома же забрали все, что можно было унести, оставив лишь голые доски.
Когда преподобный увидел, что Бочарниковым и спать не на чем, он принес из келии своей две дерюжки, укрыл детей и сказал: «Ну вот, ребятушки, ложитесь, спите, а мы посидим. А завтра — что Бог пошлёт, помогут люди». И до утра он просидел с ними, укрепляя их молитвами и рассказами из житий святых, об их терпении, незлобии и кротости. И правда, наутро пришли родственники Бочарниковых и другие односельчане и принесли им всего понемногу.
Всю жизнь старец был крайне прост и доступен, так что при всем благоговении к нему, люди не могли в полноте ощутить его величия. По своему смирению преподобный почти ничего о себе не рассказывал.
Старцу Ираклию Господом было открыто, что он умрет на Вознесение Господне. И к этому сроку он просил сшить ему схимническое облачение, сам расшил его крестами, и объяснил, как его хоронить. В июне 1937 года тяжело заболел. Незадолго до Вознесения в саду Бочарниковых зацвели яблони. К вечеру, накануне праздника, преподобный вышел из келии и сказал детям: «Ну, ребятушки, пойдемте, погуляем». Когда дети играли в саду, старец прилег под яблоней и сам так и не смог встать. Его принесли домой, и Сергей Бочарников ни на минуту не отлучался от него, сидел у одра его до самой кончины. До последней минуты старец был в сознании, в момент смерти окликнул Сергея, сложил руки крестообразно на груди, сделал последний вздох и закрыл глаза. Случилось это в день Вознесения Господня 10 июня 1937 года.