Дмитрий Краснопольский — сын бедного крестьянина из слободы Алексеевки Бирюченского уезда Воронежской губернии. Окончил сельскую школу первым учеником, и по ходатайству сельского учителя был принят в Бирюченское духовное училище, где содержался на средства учителя-благодетеля. После окончания духовного училища 1884 году 15-летний Дмитрий Краснопольский поступил в Воронежскую духовную семинарию.
В 1890 году окончил Воронежскую духовную семинарию, женился и 4 ноября был рукоположен во диакона к Казанской пригородной церкви города Коротояка епископом Анастасием (Добрадиным). 15 декабря 1892 года был перемещен в Преображенскую церковь слободы Матрено-Гезевой Бирюченского уезда, а 23 февраля 1893 года — в Троицкую церковь в селе Алексеевке того же уезда.
Овдовел в 1893 году и поступил в Киевскую духовную академию. 11 августа 1896 года пострижен в монашество с наречением имени в честь святителя Митрофана Воронежского. 15 июня 1897 году рукоположен во иеромонаха епископом Каневским Сильвестром (Малеванским). В том же году окончил академию со степенью кандидата богословия и назначен инспектором Иркутской духовной семинарии.
В 1902 году назначен ректором Могилевской духовной семинарии в сане архимандрита.
11 февраля 1907 года хиротонисан во епископа Гомельского, викария Могилевской епархии. Хиротония состоялась в Свято-Троицком соборе Александро-Невской лавры. Чин хиротонии совершали: митрополит Петербургский Антоний (Вадковский), митрополит Московский Владимир (Богоявленский), митрополит Киевский Флавиан (Городецкий) и другие иерархи.
Как активный борец с сектантством и поборник русских интересов, владыка Митрофан был избран депутатом в III Государственную думу, в которой присоединился к фракции правых.
С 9 ноября 1912 года — епископ Минский и Туровский.
Большая часть времени, проведённая преосвященным Митрофаном на Минской кафедре, пришлась на Первую мировую войну. Епископ Митрофан развернул широкую благотворительную деятельность по оказанию помощи мирным жителям, оставшимся без крова из мест, захваченных врагом, а также по организации епархиальных лазаретов для раненых воинов. Архипастырь часто ездил на фронт для поддержания морального духа русского воинства и не раз попадал под вражеский обстрел, проявляя в таких ситуациях чудеса выдержки и спокойствия. За особую деятельность по обстоятельствам военного времени епископ Митрофан 14 мая 1916 г. был награждён орденом св. Александра Невского.
С 6 июля 1916 года — епископ Астраханский, где ему также удалось завоевать всеобщее уважение и любовь. Духовный авторитет епископа Митрофана оказался столь велик, что его противникам, пришедшим к власти после Февральской революции, так и не удалось сместить «черносотенного» владыку с занимаемой кафедры.
Был членом Собора и председателем одной из комиссий Собора 1917-1918 гг. Сторонник патриаршества.
В знак протеста, против большевистского декрета «Об отделении Церкви от государства» владыка Митрофан организовал в феврале 1918 года крестный ход, который стал настоящим событием в истории города. По оценкам современников, в нём приняли участие чуть ли не половина населения Астрахани. По словам очевидца, «это было торжество веры, торжество православия, которого так боялись творцы новых идей».
В 1918 году ко дню св. Пасхи возведен в сан архиепископа.
После взятия города большевиками доброжелатели уговаривали его тайно покинуть Астрахань и избежать грозящей ему расправы. Но архиепископ Митрофан не согласился, твёрдо ответив духовенству своей епархии: «Вы предлагаете мне побег, и это в то самое время, когда у нас на глазах расстреливают невинных наших братьев. Нет, я никуда не уеду от своей паствы, на моей груди Крест Спасителя, и он будет мне укором в моём малодушии. Знайте, я совершенно чист и ничем не виновен перед своей Родиной и народом».
В 1918 году случился серьезный конфликт между владыкой Митрофаном и его викарным епископом Леонтием (Вимпфеном) по причине различных взглядов на отношение к советской власти и декрет об отделении церкви от государства: епископ Леонтий декрет одобрял. Епископ Леонтий стал на грань запрета на служение, его поддерживали многие астраханцы — прочили на место владыки Митрофана, а советская власть взялась играть на противоречиях и раздуть церковную революцию. Но революции не произошло, епископ Леонтий урезонил своих поклонников и был лишь лишен должности викария.
8 июня 1919 года архиепископ Митрофан был арестован по обвинению в «белогвардейском заговоре». Несмотря на многочисленные ходатайства верующих, участь архиепископа Митрофана была уже заранее предрешена.
В три часа утра 6 июля 1919 года к камере, где содержался архиепископ Митрофан, подошли комендант ЧК Волков и начальник караула. Комендант вошел в камеру и, толкнув ногой спавшего на койке архиепископа, закричал: «Вставай!» Владыка встал, попытался было надеть рясу, но комендант схватил его за воротник и закричал: «Живее выходи, на том свете обойдешься...» И, цепко схватив его за руку, потащил к двери. Оказавшись во дворе, Волков быстро зашагал, влача за собой жертву. Архиепископ был в одном белье, босиком; сделав несколько шагов, он споткнулся и упал. Его подняли и быстро довели до закоулка, где производились расстрелы. Там уже стояли трое красноармейцев с винтовками. Увидев их и поняв, зачем его сюда привели, архиепископ Митрофан благословил их по-архиерейски двумя руками, за что Волков ударил его рукоятью револьвера по правой руке и, сейчас же схватив владыку за бороду, с силой нагнул его голову вниз и выстрелил из револьвера в висок. Архиепископ упал.
Архиереи были не единственными убитыми тогда в Астрахани в застенках ЧК, несколько десятков казненных должны были быть погружены на телеги и отвезены к общей могиле. Протоиерей Димитрий Стефановский договорился с одним из возчиков за деньги доставить тела казненных архиереев в условленное место, пообещав ему произвести погребение до наступления рассвета. Около часа ночи возчики вывезли из тюрьмы тела убитых. Около Красного моста одна из повозок остановилась, и с нее сняли тела двух покойников и переложили в телегу.
Могила была уже вырыта около Астраханского Покрово-Болдинского монастыря. Рубашка архиепископа Митрофана была окровавлена на груди и у рукавов, висок раздроблен, левая часть бороды вырвана, на сгибе правой руки был синяк и кровоподтек. Архиереев одели в чистое белье, владыку Митрофана в священнические одежды; протоиерей Димитрий снял с себя наперсный крест для архиепископа Митрофана и к его цепочке прикрепил железную коробочку с запиской, где излагались обстоятельства их кончины и погребения.
