Николай Конюхов — сын священника. 19-летним, в 1879 году окончил Пермскую духовную семинарию и был назначен учителем и законоучителем Камгортского начального училища Чердынского уезда Пермской губернии, в 1886 году — законоучителем Цидвинского начального училища.
4 октября 1887 года был рукоположен во священника к Введенской церкви в селе Камгорта, в 1889 году — переведен в Воскресенский собор в городе Чердыни и назначен законоучителем городского двухклассного женского училища.
В 1897-1899 годах был избран окружным духовником; с 1899 по 1905 год был помощником благочинного 1-го округа Чердынского уезда, а с 1905 по 1911 год — благочинным; с 1899 по 1906 год он был законоучителем в Чердынской женской прогимназии. С 1901 по 1907 год он вел беседы о православном вероучении с нижними чинами Чердынской воинской конвойной команды.
27 декабря 1908 года был возведен в сан протоиерея.
С 1912 года исполнял должность казначея Чердынского отделения Пермского училищного совета и был кандидатом в члены благочиннического совета. Во время служения отца Николая в соборе в 1909-1911 годах были расширены трапезная, приделы и паперть собора, украшением Чердыни стала высокая восьмигранная колокольня.
В 1913 году вышел указ о назначении настоятелем собора другого священника; это повергло прихожан в большую печаль, и в октябре того же года они направили епископу Пермскому и Соликамскому Палладию (Добронравову) два прошения об оставлении отца Николая настоятелем, под одним подписалось сто пять прихожан, под другим — восемьдесят пять. 9 ноября они отправили обер-прокурору Святейшего синода письмо, просили «во имя справедливости, во имя всего святого оставить протоиерея отца Николая Конюхова по-прежнему настоятелем собора во внимание к его 24-летней службе в соборе и трудам его по перестройке собора в величественный храм». 13 мая 1914 года указом Пермской духовной консистории отец Николай был оставлен настоятелем Воскресенского собора.
Был расстрелян большевиками в декабре 1918 года около селения Юрла, куда красногвардейцы отступили под натиском белых, ведя с собой арестованных. Тело священника нашли в феврале следующего года, он лежал в снегу со скрещенными на груди руками, со сквозной раной в голове, его перевезли в Чердынь, где отец Николай был торжественно погребен.
