А.В.Гордеев работал начальником экономического управления Министерства сельского хозяйства и продовольствия РФ. В мае 1998 г. назначен первым заместителем министра сельского хозяйства и продовольствия.
Входит в комиссию по вопросам финансовой и денежно-кредитной политике, возглавляемую В.Христенко.
Как сообщают "Итоги" (12.10.1998), Гордеев считал "наиболее резонным" заморозить старые счета сельхозпредприятий-должников, и открыть новые, т.е. заморозить долги.
По сведениям "Московского комсомольца" (19.05.99), Гордеев был причастен к нарушениям, допущенным Собинбанком при работе с "сельскохозяйственными" деньгами, а затем настойчиво рекомендовал комиссии правительства РФ по вопросам финансовой и кредитно-денежной политики включить АБ "Собинбанк" в перечень банков-агентов спецфонда льготного кредитования АПК на 1999 год.
В начале 1999 г. Гордеев был избран заместителем председателя Аграрной партии России Михаила Лапшина, что вызвало протест руководителя Аграрной депутатской группы в Госдуме Николая Харитонова, который считал, что это противоречит действующему законодательству".
В интервью "Коммерсанту-daily" (24.04.1999 ) Гордеев сообщал, что "принципиально важно сохранить СБС-АГРО для сельского хозяйства".