Возглавили Институт известные своими выступлениями против возрождающегося клерикализма религиоведы Сергей Бурьянов и Сергей Мозговой. В его научно-консультативный совет вошли юристы, религиоведы, историки и философы.
Учредители Института выражают обеспокоенность ненормальным положением в области свободы совести, существующим в России. Они отмечают неразвитость конституционных принципов в области обеспечения свободы совести, что приводит фактически к сведению этой проблемы лишь к проблеме свободы вероисповедания и к тому, что российское законотворчество в этой сфере сосредоточено исключительно на деятельности религиозных объединений. Это отвечает специальным интересам власти и конфессиональной бюрократии, но не общества в целом, утверждают они.
