С самого начала основной версией правоохранительных органов стал взрыв бытового газа, однако сотрудники УФСБ РФ по ЧР не исключили и теракт. Инциденты, связанные с этой мечетью случались и раньше, отметили чекисты. Ранее здесь был обнаружен схрон с боеприпасами, взрывчатыми веществами и большим количеством агитационных материалов ваххабитского толка. Версию о теракте энергично поддержал глава администрации Чеченской Республики Ахмад Кадыров. «Организаторы взрыва, если эта версия окончательно подтвердится, безусловно, преследовали цель дальнейшей дестабилизации обстановки в республике, создания недовольства среди мусульман», заявил он. Жители Гудермеса также считают происшедшее терактом.
Между тем оперативно-следственная бригада прокуратуры Чеченской Республики не обнаружила на месте происшествия ни остатков взрывного устройства, ни иных свидетельств теракта. «По словам опрошенных свидетелей происшедшего, на месте взрыва ясно ощущался резкий чесночный запах, что характерно именно для взрыва бытового газа», сообщил «Интерфаксу» прокурор Чечни Всеволод Чернов. Он уточнил, что в подвале мечети находились «три газовых нагревательных котла», которые сдетонировали, предположительно, после утечки газа.