Вопрос об отношении к законопроекту о реформе РАН во втором чтении стал последним в ходе обсуждения Общего собрания РАН 9 сентября 2013 года. Академик Кашин в прениях отметил, что есть расхождение в важном вопросе, приемлем ли для Академии этот проект во втором чтении или нет. Если президент РАН Фортов считает, что благодаря вмешательству Путина, законопроект повернулся на 180 градусов, то некоторые другие академики уверены, что даже в таком виде законопроект пойдет только во вред РАН и науке.
Депутат Госдумы, математик Кашин предложил принять компромиссную мягкую формулировку: «Текст законопроекта, принятый во втором чтении, нельзя оценить удовлетворительно». По его мнению, нельзя потворствовать тому, чтобы «за тот базар, который они устроили, никто не ответил». Он сказал, что если такую поправку в решение не включат, он за этот документ голосовать не будет.
Кроме того, от другого члена РАН прозвучало предложение убрать из законопроекта все слова о создании Агентства. Это предложение было встречено аплодисментами, но было непонятно, включат ли его в текст резолюции или нет. Академик Федосов заметил, что «есть процедура, что президент страны может вернуть закон на доработку». Он предложил просить В.В. Путина вернуть закон на доработку после его принятия Госдумой и Советом Федерации.
Академик Арбатов предложил обратиться к Госдуме с просьбой, вернуть законопроект во второе чтение. По его мнению, основывающемся на опыте работы в Госдуме в течение нескольких созывов, в этом случае есть шанс, что депутаты прислушаются к этому предложению.
Выслушав разные точки зрения, Фортов обратился к членам Общего собрания с такими словами: «Мы находимся в более сложном положении, чем как я вижу, понимают это большинство из сидящих в зале. Я уверен, что если мы допустим ошибку и напишем: “отозвать”, “считаем неприемлемым”, то мы потеряем Академию. В этом случае мы немедленно получим законопроект в первой версии, прошедшем все три чтения в Госдуме».
«Наши враги только и ждут, чтобы мы перешли от сутевого предложения к политическому», – заявил он. – «На карте стоят именно такие серьезные вещи». «Мы играем по тем правилам, которые существуют. Именно Правительство РФ формулирует правила игры, а не мы». Он предложил «удержаться от экстремистских вещей, не превращать наше собрание в митинг. Настрой [наших оппонентов] очень серьезный». «Нам придется вести эту борьбу в ближайшие годы», – заявил Фортов.
Президент РАН поддержал предложение Алексея Арбатова. По его словам, спикер Госдумы Сергей Нарышкин придерживается такой же точки зрения. «Если в третье чтение будут представлены не косметические, а содержательные поправки, то Госдума может вернуть законопроект во второе чтение. Это законодатели решают, а не мы с вами».
В итоге члены Общего собрания поддержали президента РАН и проголосовали за такую редакцию слов о законопроекте при двух проголосовавших против (математики Борис Кашин и Иван Панин) и нескольких десятках воздержавшихся. На этом внеочередное Общее собрание завершило свою работу. В кулуарах можно было услышать разные точки зрения от «ничего другого и нельзя было ожидать» до «я бы не хотел быть на вместе Фортова, это все равно как бег в мешках» и «всё слили».