Президент России Владимир Путин в разное время трижды писал чиновниками резолюции с просьбой поддержать Европейский университет в Санкт-Петербурге. Документы с пометками Путина публикует The New Times.
В июле 2015 года бывший министр финансов Алексей Кудрин и глава Эрмитажа Михаил Пиотровский написали президенту письмо, в котором просили Путина дать поручение Минобрнауки поддержать проект реконструкции здания вуза, особняка графа А. Г. Кушелева-Безбородко.
Путин написал на письме «Согласен, поддержите» и адресовал его министру образования Дмитрию Ливанову, петербургскому губернатору Георгию Полтавченко и помощнику президента Андрею Фурсенко.
Несмотря на это, после реконструкции власти города решили расторгнуть договор аренды с вузом, сославшись на то, что в особняке была проведена перепланировка.
В ноябре 2016 Кудрин и Пиотровский вновь обратились к Путину с просьбой не допустить отзыва у университета лицензии. Глава государства согласился, направив письмо для утверждения вице-премьеру Ольге Голодец.
Наконец, в июле 2017 года Кудрин обратился к Путину с просьбой не выселять вуз из реконструированного особняка. Путин вновь согласился, направив резолюцию Полтавченко.
В сентябре 2017 года Рособрнадзор не стал выдавать Европейскому университету новую лицензию из-за того, что новое здание, куда был вынужден переехать вуз, не соответствовало стандартам.
4 октября вуз Европейский университет в Санкт-Петербурге временно стал НИИ до получения новой образовательной лицензии.
