Международный союз охраны природы изменил статус сайгака в международной Красной книге. До последнего времени сайгак входил в число видов, «находящихся на грани исчезновения», но теперь эксперты признали, что его положение улучшилось, и сайгак попал в перечень видов, «находящихся в состоянии, близком к угрожаемому».
Уже к 1980-м годам численность сайгаков значительно снизилась, но в 1990–2000-х вымирание сайгаков приобрело катастрофические масштабы. Главными причинами стали браконьерская добыча (рога сайгаков нелегально поставляются в Китай, где они используют в традиционной медицине), а также периодически поражающие сайгаков эпизоотии, во время которых животные гибнут тысячами.
С мая по июнь 2015 года в Казахстане внезапно погибли, по разным оценкам, от 134 до 200 тысяч сайгаков. Это составляет более 80 % их численности в стране и до 60 % общемировой популяции. Целые стада умирали от геморрагической септицемии, или пастереллеза — болезни, вызываемой бактерией Pasteurella multocida. Вспышки этой болезни несколько меньшего масштаба наблюдались среди сайгаков Казахстана и ранее, в 2010, 2012 и 2013 годах.
В 2018 году была опубликована работа международной группы ученых, в которой делался вывод, что причинами столь масштабной эпидемии стал ряд факторов, безвредных по отдельности. Авторы исследования указывают, что обычно бактерия Pasteurella multocida живет в миндалинах сайгаков, не принося животным вреда, но в некоторых случаях проникает в кровь и вызывает эпидемии с высоким уровнем смертности. К способствующим массовой гибели факторам ученые относят повышенную влажность и повышенную температуру воздуха за несколько дней до начала болезни. Для других крупных млекопитающих подобные массовые смертельные вспышки не характерны. Исследователи связывают судьбу сайгаков с тем, что эти животные вкладывают очень много ресурсов организма в развитие детеныша. Новорожденные сайгаки крупнее детей всех остальных копытных, поэтому они способны быстро развиваться и вскоре после рождения следовать за матерью, что важно для выживания в суровом континентальном климате. Однако это вызывает очень сильный физиологический стресс для организма родившей самки. По мнению авторов работы, неслучайно, что вспышки болезни среди сайгаков совпадают с периодом отёла.
К нынешнему году, благодаря мерам по охране сайгака, его численность возросла до 1,9 миллиона особей. Увеличение связано прежде всего с борьбой с браконьерством в Казахстане и учреждением новых охраняемых природных территорий, в первую очередь государственного природного резервата «Бокейорда» и Ащиозекского природного заказника (2022) в Западно-Казахстанской области общей площадью более 60 тысяч гектаров. Ежегодно в апреле, когда светлая шерсть сайгаков хорошо выделяется на фоне почвы и молодой растительности, в Казахстане проводится авиаучет численности сайгаков. В России охраной сайгаков занимается заповедник «Черные земли» в Калмыкии. По данным 2020 года, в Калмыкии насчитывалось около 6350 сайгаков.
