Ефрем Долганев — сын единоверческого протоиерея (впоследствии архимандрита) из села Петровка Ананьевского уезда Херсонской губернии. Брат епископа Ермогена (Долганёва). Окончил Одесское духовное училище, в 1887 году, 13-летним, поступил в Одесскую духовную семинарию, которую окончил по первому разряду в 1893 году. В 1897 году окончил Московскую духовную академию. Кандидатской работой его стал труд под названием «Обзор главнейших событий из истории Абиссинской Церкви от начала ее существования до позднейших времен».
23 декабря 1899 года был назначен помощником инспектора во Владимирскую духовную семинарию.
13 ноября 1901 года назначен преподавателем во Владимирское епархиальное училище.
2 января 1902 года помолвлен с Варварой, дочерью протоиерея Петропавловского придворного собора Сергия Преображенского. Определен на вакантное священническое место в этом соборе. 20 января 1902 года в церкви императорского Зимнего дворца состоялось венчание Ефрема Долганева с девицей Варварой. 28 января 1902 года Ефрем Долганев был рукоположен во священника к Петропавловскому собору. В круг обязанностей отца Ефрема входило служение вместе с другими священниками Петропавловского собора в церквях святителя Николая Чудотворца при Мариинском дворце и святого благоверного князя Александра Невского в императорском Аничковом дворце и преподавание Закона Божия в учебных командах Петроградской крепостной артиллерии.
8 мая 1913 года возведен в сан протоиерея.
После Февральской революции 1917 года отец Ефрем с семьей перебрались в Тобольск, где в это время стал служить епископ Ермоген, поселившись в отведенных для них комнатах в здании духовной консистории.
После ареста епископа Ермогена, произошедшего 28 апреля 1918 года, протоиерей Ефрем вошел в состав епархиальной делегации, хлопотавшей об освобождении архипастыря, куда входили священник Михаил Макаров и присяжный поверенный Константин Минятов. Хлопоты окончились арестом протоиерея Ефрема Долганева, священника Михаила Макарова и Константина Минятова. Вскоре они были расстреляны.
