Матрона Никонова родилась незрячей — в конце октября или в начале ноября 1885 года в деревне Себино Епифанского уезда (ныне Кимовского района) Тульской губернии. Родители хотели оставить слепую дочь в детдоме, но мать передумала после того, как ей приснился необыкновенный сон: белая птица необычайной красоты, но слепая, села на её груди.
Уже в восьмилетнем возрасте в Матроне проявились дары духовного рассуждения, прозорливости, чудотворения и исцеления. Известны случаи когда девочка открывала близким их мысли, предсказала пожар. По ее молитве люди получали исцеление от болезней и утешение в скорбях. К ней сходились посетители даже из других уездов и губерний, привозили лежачих больных, которых молитвы девочки поднимали на ноги. Через подношения благодарных, Матрона стала главной кормилицей семьи.
Дочь местного помещика, благочестивая и добрая девица Лидия Янькова, брала Матрону с собой в паломничества: в Киево-Печерскую Лавру, Троице-Сергиеву Лавру, в Санкт-Петербург, другие города и святые места России. Есть неподтвержденные данные о встрече Матроны с праведным Иоанном Кронштадтским, который по окончании службы в Кронштадтском Андреевском соборе попросил народ расступиться перед подходящей к солее 14-летней Матроной и во всеуслышание сказал: «Матронушка, иди-иди ко мне. Вот идет моя смена — восьмой столп России».
В 16 лет у неё отнялись ноги.
После революции 1917 года Матрона и её подруга Лидия Янкова остались без крова. Около 1925 года Матрона перебралась в Москву, возможно, следуя за своими братьями. Жила где придется — у друзей и знакомых, но не у братьев, они были коммунисты.
Жила Матрона до войны на Ульяновской улице у священника Василия, мужа ее послушницы Пелагеи, пока он был на свободе. Затем на Пятницкой улице, в Сокольниках (в летней фанерной постройке), в Вишняковском переулке (в подвале у племянницы), жила также у Никитских ворот, в Петровско-Разумовском, гостила у племянника в Сергиевом Посаде (Загорске), в Царицыно. Из 27 лет московской жизни девять, с 1941 по 1949 год, она жила на Арбате, в Староконюшенном переулке, д. 30, в старинном деревянном особняке, в 48-метровой комнате у своей односельчанки Евдокии Ждановой (в девичестве Носкова) и ее дочери Зинаиды. В 1950 году после ареста Зинаиды Ждановой Матрона снова лишилась крова. Приют она нашла на подмосковной станции Сходня, на улице Курганной, дом 23, у дальних родственников Прасковьи и Сергея Курочкиных.
Нескончаемым потоком шли к ней люди, жаждавшие духовного врачевания, наставления, молитвенной помощи. В ее житии описывается множество случаев исцелений и пророчеств. Матрона предсказала свою смерть за три дня, продолжая принимать людей в свои последние дни.
Скончалась 2 мая 1952 года. Отпевание совершил прот. Николай Голубцов в Московском храме Ризоположения, что на Донской улице. Похоронена на Даниловском кладбище в Москве; могила стала местом неофициального паломничества.
В 1998 году на Даниловском кладбище в Москве были обретены честные останки блаженной Матроны. Комиссию по вскрытию захоронения возглавил архиепископ Истринский Арсений (Епифанов). Теперь останки блаженной, почитаемые верующими как святые мощи, находятся на территории Покровского монастыря.
