Алексей Скоробогатов в 1909 году, будучи 20-летним, сдал экстерном экзамены за курс специального педагогического образования и был назначен преподавателем в церковноприходскую школу в селе Ащерино Рузского уезда Московской области. В 1911 году переведен в школу в селе Алексино. В 1915 году мобилизован в армию, служил в чине поручика до окончания войны. В 1918 году мобилизован в Красную армию, служил в ней до 1921 года сначала писарем, а затем делопроизводителем при штабе. Вернувшись из армии, Алексий Скоробогатов стал псаломщиком в Иоанно-Предтеченском храме в селе Ащерино Рузского района. В 1935 году он переехал в село Иваново того же района и был назначен заведующим начальной школой.
22 января 1938 года Алексей Семенович был арестован и заключен в Таганскую тюрьму в Москве. Один из дежурных свидетелей показал, что Скоробогатов «распространял контрреволюционные разговоры — он говорил: “надоели с этими выборами, только и говорят, что у нас самая широкая демократия, а на самом деле заставляют голосовать за того, кого партия выдвигает, — какая же это демократия?”».
Будучи допрошен, Алексей Семенович виновным себя не признал, отказался оговаривать и других. 8 марта 1938 года тройка НКВД приговорила его к расстрелу. Алексей Семенович Скоробогатов был расстрелян 5 апреля 1938 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово.