Михаил Якунькин родился 7 ноября 1878 года в деревне Петрушево Касимовского уезда Рязанской губернии. Закончил трехклассную сельскую школу. Считался одним из лучших кузнецов в округе. По его стопам пошли и два его сына — Гавриил и Павел, которые также работали один молотобойцем, а другой кузнецом в разных местах Касимовского уезда.
Хозяйство Михаила Якунькина состояло из дома с надворными постройками, лошади, двух коров и свиноматки. Но в то время и такое хозяйство было объявлено кулацким и конфисковано.
После раскулачивания пошел работать в колхоз. Крестьянство облагалось немыслимыми госналогами, а следствием неуплаты было возбуждение уголовного дела.
Впервые был судим в 1932 году «как злостно уклоняющийся от государственных платежей» и шесть месяцев провел в тюрьме. В 1930 — 1934 годах был членом церковного совета Погостинской церкви.
21 сентября 1937 года последовал второй арест. Был обвинен в участии в контрреволюционном кулацком восстании 1918 года, хотя ранее он заявил, что в момент восстания был дома. Был заключен в тюрьму города Касимова.
Проходил по групповому делу «дело к/р повстанческой организации церковников. Рязанская о., Бельковский (Касимовский) р., 1937 г.».
6 декабря 1937 года постановлением «тройки» при УНКВД СССР по Рязанской области от по ст. 58 п. 10-11 был приговорен к расстрелу.
23 декабря 1937 года был расстрелян в Рязани. Место захоронения неизвестно.
