Степан Фомин — крестьянский сын из села Космодемьянское Орловской губернии. После смерти родителей в 1889 году пятилетний Степан стал жить в семье старшого брата. Средний его брат принял постриг в Оптиной пустыни. Степан хорошо окончил трёхклассную приходскую школу, книги ему давал читать приходской священник. Мальчик был слаб здоровьем, в полевых работах участвовать не мог, а ходил за скотиной, был пастухом. Часто зимой посещал он брата в Оптиной пустыни.
3 января 1909 года был принят в скит Оптиной пустыни келейником к старцу Иосифу, после смерти которого в 1911 году, перешёл под старческое руководство к отцу Нектарию и остался при нём до 1923 года келейником. В 1917 году пострижен в мантию с именем Севастиан.
10 января 1918 года Оптина пустынь была закрыта, хотя монастырь и продолжал существовать под видом сельскохозяйственной артели. Многие, особенно молодые послушники, не выдержав тяжелого труда и суровых требований, покинули Оптину. Одновременно на её территории был устроен музей. Скитов к этому времени уже не существовало. Все жили практически одним днем. В 1923 году монастырские службы были полностью прекращены и власти приступили к выселению монахов. Братские келии сдавались музеем желающим в качестве летних дач. Все это время отец Севастиан находился под духовным окормлением старца Нектария Оптинского.
В 1927 году рукоположен в сан иеромонаха от епископа Калужского.
Был келейником старца иеросхимонаха Нектария до самой его кончины 29 апреля 1928 года. По благословению старца после его смерти ехать служить на приход, о. Севастиан уехал сначала в Козельск, затем в Калугу, а потом в Тамбов, где получил назначение на приход в город Козлов (с 1932 года — Мичуринск), в Ильинскую церковь, настоятелем которой был протоиерей Владимир Нечаев, отец будущего митрополита Питирима (Нечаева), от которого отец Севастиан принял схиму. Во время ареста протоиерея Владимира отец Севастиан заботился о его многодетной семье.
В Ильинском храме он служил с 1928 по 1933 годы вплоть до своего ареста. Батюшка не любил немолитвенного нотного пения и старался устроить на своем приходе благоговейное монастырское пение. В этот период он вёл в городе борьбу с обновленцами и не оставлял общения с жившей в рассеянии братии Оптиной пустыни.
В феврале 1933 года был арестован. На допросах дал прямой ответ: «На все мероприятия советской власти я смотрю как на гнев Божий, и эта власть есть наказание для людей. Такие же взгляды я высказывал среди своих приближенных, а также и среди остальных граждан, с которыми приходилось говорить на эту тему. При этом говорил, что нужно молиться, молиться Богу, а также жить в любви, только тогда мы от этого избавимся. Я мало был доволен соввластью за закрытие церквей, монастырей, так как этим уничтожается православная вера».
Отец Севастиан рассказывал: «Когда меня принуждали отречься от православной веры, то поставили в одной рясе на всю ночь на мороз и стражу приставили. Стража менялась через 2 часа, а я бессменно стоял на одном месте. Но Матерь Божия опустила надо мной такой «шалашик», что мне было в нем тепло. А утром меня повели на допрос и говорят: «Коль ты не отрекся от Христа, так иди в тюрьму».
Его приговорили к 7-летнему заключению на лесоповал, несмотря на слабое здоровье и повреждённую левую руку. Заключение отбывал в Карагандинском ИТЛ (Карлаг) — «Карагандинском совхозе-гиганте ОГПУ». К середине 1930-х годов в Карлаге было создано огромное «образцовое» хозяйство со своими заводами, промышленными цехами, научными программами. Тогда же, начинает зарождаться будущая карагандинская община. У о. Севастиана появляются на зоне духовные чада, постепенно собираются и ждут его освобождения прежние его чада.
«В заключении я был, — вспоминал батюшка, — а посты не нарушал. Если дадут какую-нибудь баланду с мясом, я это не ел, менял на лишнюю пайку хлеба».
После освобождения 29 апреля 1939 года о. Севастиан поселился в пригороде Караганды. «Дорогие мои, — сказал сестрам батюшка, — будем жить здесь. Мы здесь больше пользы принесем, здесь наша вторая родина».
Он окормлял всех стремящихся к Богу, приходя к ним в дома и совершая требы, хотя разрешение на это от властей не было: «Народ в Караганде был верный — не выдадут». Батюшку полюбили и в окрестностях, со всех концов страны стали съезжаться духовные чада старца, всех он принимал с любовью и помогал устроиться на новом месте. Часто старец благословлял приезжавших к нему за духовным окормлением монахинь жить в какую-нибудь семью, что было в духе Оптинских старцев. Такие матушки становились как бы ангелами-хранителями дома.
В 1944 г. община устроила себе домовую церковь в селе Большая Михайловка — село стало потихоньку заселяться «батюшкиными». В 50-е годы жизнь карагандинской общины начала налаживаться. В 1953 г. было получено разрешение на молитвенный дом, в 1955 г. удалось добиться регистрации религиозной общины.
Священников батюшка подбирал себе сам. Вокруг него собралась монашеская женская община. О его общине архиепископ Петропавловский и Кустанайский Иосиф (Чернов) так говорил: «батюшка насадил здесь виноград, который потом и слезами вырастил». «Маленькая церковь, от земли не видно, а столп горит до неба».
22 декабря 1957 года возведен в сан архимандрита. Батюшка сохранял безупречное исполнение церковного устава, не допуская при богослужении пропусков или сокращений. Церковные службы были для него неотъемлемым условием его внутренней жизни. В беседах его любимым образом был святой апостол Иоанн Богослов — он часто призывал паству к почитанию этого апостола Любви. Отец Севастиан очень почитал святые иконы и говорил, что он даны нам в помощь от темных сил, что есть иконы, особые по славе благодати, есть намоленные веками чудотворные образы, которые, как ручейки, несут от Господа благодать. Он приводил слова старца Нектария Оптинского о том, что мудрость, разум и рассудительность есть дары Святого Духа, которые приводят к благочестию.
Батюшка обладал тонким юмором и любил пошутить, но всегда доброжелательно. Он не жалел времени на беседу с человеком. Каждый его совет приводил к благополучию.
Власти, видя его авторитет, всячески старались закрыть храм, но это им не удавалось: батюшка — как только они его вызовут — обезоруживал их так, что они совершенно лишались дара слова и после его ухода удивлялись: «Что это за старичок такой, что мы сделать ничего не можем?»
Батюшка всегда и во всём учил полагаться на волю Божия Промысла. Он также любил природу, жалел животных, однажды спас только что родившихся котят.
О бесноватых он говорил: «Здесь они потерпят, а там мытарства будут проходить безболезненно... Я не хочу с вас кресты снимать. Здесь вы потерпите, но на Небе большую награду приобретёте». У батюшки была духовная мудрость, великое терпение. Если кто при нём роптал на ближнего, он скажет: «Я вас всех терплю, а вы одного потерпеть не хотите». Не поладит кто, он волнуется: «Я настоятель, а всех вас слушаю».
Он заботился о спасении каждого, это была его цель. Он просил: «Мирнее живите». Однажды, среди беседы о нравах людей батюшка сказал и даже указал: «Вот этих людей нельзя трогать, они, по гордости, не вынесут ни замечания, ни выговора. А других, по их смирению, можно». Очень важное значение он придавал молитвам за усопших, и других призывал: «молитесь за усопших больше всего. За всё слава Богу! Слава Богу за всё!»
16 апреля 1966 года принял постриг в схиму от владыки Питирима Нечаева.
Впитав в себя традиции и благодатный святоотеческий дух Оптиной пустыни и будучи учеником её великих старцев, перенеся изгнания и заключения в большевицких концлагерях, он по неисповедимым судьбам Божиим пронёс своё старческое служение в столице знойных степей центрального Казахстана, многострадальной Караганде.
Скончался 19 апреля 1966 года, на Радоницу. Погребен на Михайловском кладбище.
