Алексей Егоров — крестьянский сын из села Сурушино Новоторжского уезда Тверской губернии. Окончил церковноприходскую школу.
18 января 1908 года, 23 лет, поступил в Валаамский монастырь. 19 октября 1911 года был зачислен в послушники обители, а 21 февраля 1914 года — пострижен в мантию с именем Афанасий. Послушание проходил на монастырском подворье в Петрограде, при иконно-книжной лавке. 3 марта 1914 года по прошению перемещен в Борисоглебский Александро-Невский Хренников монастырь. 4 июня 1915 года по прошению принят обратно в Валаамский монастырь. С 1917 года он нес послушание на Валаамском подворье в Москве.
В 1921 году митрополит Сергий (Страгородский) пригласил монаха Афанасия к себе в качестве келейника, так как хорошо знал его еще с 1913 года, когда был архиепископом Финляндским, а тот был заведующим архиерейскими комнатами Валаамского монастыря в Финляндии. Монах Афанасий пробыл келейником митрополита Сергия до ареста, и владыка всегда относился к нему с исключительным доверием.
24 апреля 1921 года был рукоположен в сан иеродиакона и вскоре после этого — во иеромонаха. Через некоторое время возведен митрополитом Сергием в сан игумена. В 1927 году упоминается как эконом митрополита Сергия.
Служил в храме села Измайлово Реутовского района Московской области.
26 июня 1937 года был арестован и заключен в Бутырскую тюрьму в Москве. Его обвинили в террористической агитации и оказании материальной помощи находящемуся в заключении за антисоветскую деятельность духовенству. На состоявшемся через день допросе следователь, выяснив, сколь долго был игумен Афанасий келейником митрополита Сергия, спросил:
— Таким образом, вы являетесь приближенным митрополита Сергия Страгородского?
— Да, митрополит Сергий относился ко мне хорошо, но все же он рассматривал меня в известной степени как своего слугу. Состоя при митрополите, я ведал хозяйственными вопросами, иногда помогал ему на службах в церкви и выполнял другие поручения митрополита.
— По поручению митрополита Сергия вы оказывали материальную помощь репрессированным за антисоветскую деятельность церковникам?
— Да, оказывал — как по поручению митрополита Сергия, так и по своей собственной инициативе.
— Как практически было организовано дело помощи репрессированным?
— Митрополит Сергий оказывал материальную помощь довольно значительному кругу священнослужителей, причем деньги отправлялись обычно почтовыми переводами. Не желая, чтобы это дело получило огласку, митрополит отправлял переводы не от своего имени, а от разных лиц из своих близких, и в частности от моего имени.
13 августа следствие было закончено. Поскольку делу придавалось чрезвычайное значение, его разбирала Военная Коллегия Верховного Суда Союза СССР в составе трех судей и секретаря. Заседание проходило 19 августа. После краткого рассмотрения дела судьи вышли для совещания и вскоре вернулись с написанным приговором — «к расстрелу с конфискацией всего принадлежащего ему имущества. Приговор окончательный и на основании постановления ЦИК СССР от 1 декабря 1934 года в исполнение приводится немедленно».
В тот же день, 19 августа 1937 года, был расстрелян и погребен в безвестной общей могиле.
