Алексей Задворнов, крестьянский сын, начальное образование получил в сельской школе. В 1901 году, 19 лет от роду, поступил послушником в Югскую Дорофееву пустынь Ярославской губернии, здесь принял монашеский постриг. В 1912 году был определен к церкви Афанасьевского женского монастыря Ярославской губ. и рукоположен во иеродиакона, позднее рукоположен во священника.
В 1922 году был осужден на год лишения свободы по обвинению в сокрытии монастырских ценностей, в 1923 году вернулся в монастырь и оставался там до его закрытия в 1924 году. Затем в течение 5 лет служил в часовне близ монастыря. Когда власти закрыли и часовню, переехал в село Закедье Борисоглебского района.
Верность пастырскому долгу и ревностное исполнение о. Алексием своих обязанностей дали повод властям обвинить его в принадлежности к контрреволюционной группировке. В начале 1934 г. на него стали собирать агентурные сведения. В характеристике, представленной в райотдел ОГПУ говорилось, что священник «среди крестьян прихода пользуется большим авторитетом... ведет среди крестьянского населения антиколхозную агитацию... заявляя, что скорее советская власть провалится, чем религия и Церковь, которая будет существовать до конца света».
1 апреля 1934 года был арестован, обвинен в контрреволюционной деятельности. На допросе признал себя виновным в активной борьбе с советской властью, был осужден на 5 лет лагерей, наказание отбывал в Дмитлаге в Московской обл. В лагере работал сторожем Центральной бетонной лаборатории.
1 ноября 1937 года был арестован в лагере по показаниям свидетелей, которые в протоколах допроса были воспроизведены слово в слово. О. Алексий был обвинен в «осуждении Конституции, цитировании слов из Библии, недовольстве условиями жизни в лагере», на что о. Алексий сказал, что «рассматривает лагерь как монастырь, всем доволен и за все благодарит Бога».
19 ноября 1937 года тройкой при УНКВД по Московской области был приговорен к расстрелу.
21 ноября 1937 года расстрелян на полигоне Бутово.