Имя при крещении его неизвестно, из крестьян, родился в 1870 году в деревне Припечино Чериковского уезда Могилёвской губернии. В 1892 году был призван в армию, служил рядовым. Время принятия иерейского сана точно неизвестно. Был полковым священником.
С 1896 года иеромонах, затем наместник Смоленского Троицкого монастыря. Во время изъятия церковных ценностей и за торговлю на базаре был арестован два раза.
5 декабря 1922 года арестован Смоленским губотделом ГПУ. Из материалов дела: «Гр. Печенников известен своими выходками против обновленческого течения, и, как убежденный сторонник Тихона, может весьма повредить на архиерейском съезде, назначенном на 06.12.1922 г. Изоляция, хотя бы на время съезда, безусловно окажет моральное воздействие — положительное на „живоцерковников“, отрицательное на всех сторонников Тихона».
Спустя 5 дней, 10 декабря, был освобожден с подпиской о невыезде. Было принято решение «гр. Печенникова, как заведомого сторонника Тихона и ярого реакционера, взять на учет и вести о нем разработку агентурным путем».
Был возведен в сан игумена.
20 марта 1924 года арестован по обвинению в «участии в контрреволюционной организации», помещен в дом предварительного заключения в Смоленске. Проходил по групповому делу «дело игумена Елевферия (Печенникова) и свящ. Зверева И. Н., Смоленск, 1924 г.».
Протокол допроса от 24 марта 1924 года: «Со дня освобождения патриарха Тихона из-под стражи я всякий раз публично произносил его поминовение... Воззвание, выпущенное в 1918 года, с проклинанием большевиков, я читал, но не распространял». 31 марта 1924 года был освобожден с подпиской о невыезде. 3 апреля 1924 года обвинение было снято, подписка о невыезде отменена.
26 февраля 1930 года арестован по обвинению в «участии в контрреволюционной организации» по делу «Смоленского соборного братства», содержался в тюрьме Смоленска. 28 мая 1930 года Коллегией ОГПУ СССР как «руководитель церковного к/р сообщества» приговорен к 10 годам концлагерей. Срок отбывал в Соловецком лагере.
В 1932 году переведен на станцию Манкент Туркестано-Сибирской железной дороги в Сайрамском районе Южно-Казахстанской области.
23 июня 1937 года был арестован по обвинению в контрреволюционной деятельности как «руководитель тайного монастыря в Манкенте, проводивший пострижение в тайное монашество». На допросе о. Елевферий сказал, что никакой к/р работы не вел и от дальнейших показаний отказался. Проходил по групповому делу «Дело архиепископа Алексия (Орлова) и др. г. Чимкент, 1937 г.»
26 июля 1937 года Особой тройкой при УНКВД по Южно-Казахстанской обл. приговорен к расстрелу.
23 августа 1937 года по делу N723, по обвинению митрополита Кирилла (Смирнова), митрополита Иосифа (Петровых), архиепископа Алексия (Орлова) и других было вынесено обвинительное заключение, в котором, кроме стандартных обвинений в контрреволюционном деятельности, обвинялся Печенников Елевферий — «руководитель тайного монастыря в Манкенте, проводил пострижение в тайное монашество, держал связь с к/р элементом в Могилеве, находился под руководством Кобранова» (епископ Ростовский Евгений, священномученик).
Расстрелян 27 августа 1937 года в Лисьей балке, близ г. Чимкент, Казахстан. Погребен в безвестной общей могиле.
