Иван Лаба родился 3 июля 1863 года в с. Серебрия Гайсинского уезда Подольской губ. (ныне Винницкой обл. Украины). Принял монашеский постриг с именем Флавий. Рукоположен во иерея, служил в Фиваидском скиту Русского Пантелеимонова монастыря на Афоне, участвовал в имяславческом движении.
В мае 1912 года поставлен монахом Иринеем (Цуриковым) духовником Фиваидского скита. 2 декабря того же года присутствовал на собрании братии Фиваидского скита, на котором было принято «Соборное рассуждение о Имени Господа нашего Иисуса Христа» в духе имяславия. По свидетельству архиепископа Вологодского Никона (Рождественского), в июне 1913 года Иоанн несколько раз приходил к нему, «то каясь, то опять отрекаясь от православного учения», и только после беседы с преподавателем Александро-Невского духовного училища Сергеем Троицким и долгих колебаний отрекся от имяславия.
Подписал жалобу, которую афонские иноки подали на рассмотрение Поместного собора Православной Российской церкви, составленную 27 октября 1917 г. в дополнение к прошению от 15 октября того же года. Имяславцы просили «разобрать афонское дело» и снять с них церковное отлучение.
В 1919-1920 годах жил в уединении в окрестностях хутора Солёный (ныне Темрюкского района Краснодарского края), в 1924 года — там же с афонским мон. Иларионом (Цуриковым), вместе с которым совершал богослужения.
29 июня 1924 года оба были арестованы по обвинению в том, что «шли против советской власти и держались за старое». Особым совещанием при ОГПУ СССР иером. Иоанн приговорен к трем годам ссылки в Нарымский край. Отбывал наказание в с. Большой Подъельник Томской губ.
По окончании срока ссылки поселился вместе с о. Иларионом в горах на пасеке близ города Фрунзе (ныне Бишкек, Киргизия). 2 февраля 1930 года они вновь были арестованы по обвинению в «антисоветской деятельности». 9 июня особым совещанием при Коллегии ОГПУ Средней Азии иером. Иоанн был приговорен к трем годам ссылки в г. Кзыл-Орда (ныне Кызылорда, Казахстан). Отбывал заключение в городе Турткуль Каракалпакской АССР.
Освободившись из лагеря в 1935 году, Иоанн (Лаба) поселился в г. Аулие-Ата (в 1936-1938 гг.- Мирзоян, ныне Тараз, Казахстан), где жил после ссылки о. Иларион. Они тайно совершали богослужения и постригали в монахи, пользовались авторитетом у местного населения, люди приходили к ним для участия в богослужении и за советом.
24 июня 1937 года подвижников вновь арестовали по обвинению в «пораженческой агитации» и «участии в контрреволюционной организации». О. Иоанн как «руководитель тайного монастыря» был заключен в тюрьму г. Мирзояна. Проходил вместе с о. Иларионом по групповому делу Омского архиепископа Алексия (Орлова). Виновным себя не признал.
23 августа Особой тройкой при УНКВД по Южно-Казахстанской обл. приговорен к расстрелу.
Расстрелян 4 сентября 1937 года в Лисьей балке, близ Чимкента (ныне Шымкент, Казахстан), погребен в безвестной могиле.
