Дмитрий Беда — крестьянский сын из села Мойсенцы Золотоношского уезда Полтавской губернии. Образование получил дома. Поступил в монастырь. В 1908 году 27-летний Дмитрий Беда был пострижен в монашество с именем Иннокентий и рукоположен в сан иеродиакона, затем иеромонаха. С началом Первой мировой войны иеромонах Иннокентий переехал в Тверь, где и познакомился с епископом Старицким, викарием Тверской епархии, Петром (Зверевым) и стал его келейником. В Твери отец Иннокентий жил до ареста епископа в 1923 году, после чего он уехал на родину в Полтавскую область. После возвращения из ссылки в Москву епископа Петра отец Иннокентий приехал к нему, а по назначении того на кафедру в Воронеж поехал вместе с ним. Был возведен в сан архимандрита и назначен настоятелем Алексеево-Акатова монастыря.
Когда ночью 15 ноября 1926 года к епископу Петру явились сотрудники ОГПУ для обыска и ареста и начали стучать, архимандрит Иннокентий покрепче закрыл дверь, задвинул щеколду и не пускал их до тех пор, пока владыка не сжег все письма и документы, которые могли кому-нибудь повредить. После обыска архиепископ был немедленно доставлен в ОГПУ, и другие близкие ему люди вскоре последовали за ним. Отец Иннокентий был арестован по «делу» владыки 17 декабря 1926 года Воронежским ОГПУ и приговорен к трем годам заключения в концлагерь на Соловках. Из заключения архимандрит Иннокентий писал: «Мы по милости Божией пока живы, мое здоровье не совсем порядочное... Одна у нас радость и утешение — это церковь, где находим абсолютный душевный покой, забываются все жизненные невзгоды далекого севера. В церковь имеем возможность ходить почти ежедневно. Вот тут в уголке, в тиши молитвенно и вспоминаются лица, с которыми так или иначе приходилось в жизни встречаться; и когда всех вспомнишь, легко, легко на душе станет, уходишь из храма обновленным и ободренным».
Писал он это 2 сентября 1927 года, а в октябре тяжело заболел, причем состояние его здоровья ухудшалось стремительно. В декабре он соборовался. Он исхудал до неузнаваемости, силы таяли, не было сил говорить. Но дух его был бодр и мирен.
«Незабвенный для меня отец Иннокентий предстоит уже Престолу Божию и, освободившись от всякия болезни, печали и воздыхания, молится за всех его поминающих и любящих. Я до прибытия сюда никак не предполагал столь быстрого течения его болезни, но здесь для меня стало ясно, чем он болен и что дни его сочтены. С этого момента я стал готовить его к исходу, не скрывая от него, — писал архиепископ Петр (Зверев) 9 марта 1928 года с Соловков. — Сначала тяжела была для него мысль о смерти, но затем он вполне примирился с нею и покорился воле Божией».
Архимандрит Иннокентий умер 6 января 1928 года, накануне праздника Рождества Христова, не произнеся ни одного слова ропота, и был погребен на монастырском кладбище неподалеку от церкви преподобного Онуфрия Великого.
