Козьма Опарин родился в 1864 году в семье крестьянина, получил домашнее воспитание. Весной 1899 года, будучи холостым, поступил из запасных воинских чинов послушником в Свято-Николаевский Верхотурский монастырь. 13 февраля 1904 года он принял монашеский постриг с именем в честь мученика Каллиста Амморейского.
Через шесть месяцев был переведен в Далматовский Успенский монастырь, где нес послушание келиарха и печника. В 1906-1907 годах совершил паломничество по святым местам. Летом 1912 года переведен в Кыртомский Крестовоздвиженский монастырь, где он нес послушание печника. В 1913 году возвращен в Верхотурский Никольский монастырь.
В 1918 году большевики захватили монастырь, выселили насельников из братских корпусов и предложили им перебраться в Большеактайский скит. Оставшиеся перешли в распоряжение Советской власти. Послушники и монашествующие стали считаться мобилизованными новой властью и поступили в распоряжение командира 4-го Екатеринбургского полка. Им пришлось работать на этот полк, квартировавшийся в монастыре. На своих постах братствующие вынуждены были работать на тех же условиях, что и красноармейцы: пищевое довольствие получали от полка, имели солдатскую одежду, которую надевать отказывались, т.к. им благословлено было работать в подрясниках. Иноки, работавшие на полк, принимали это как послушание монастырское, поэтому трудились не за страх, а за совесть. Красноармейское начальство вынуждено было признать, что послушники и монахи трудятся лучше, чем бойцы Красной армии. Заставляли монахов рыть окопы вблизи линии фронта, выполнять различные земляные работы. Каллист проявлял смирение и послушание монастырскому начальству, старался терпеть большевистское нашествие на обитель без ропота, признавая во всем происходящем волю Божию.
В октябре 1918 года в Верхотурье вошли военные части адмирала Александра Колчака. Красные войска ушли по реке Актай и остановились недалеко от Малоактайского скита. Монахи Иакинф (Питателев) и Каллист (Опарин) остались на послушании в скиту, когда иеросхимонах Иоанн (Кевролетин) и монах Аарон, взяв антиминс и запасные Дары, уехали в Верхотурский монастырь.
25 октября 1918 года пришли красноармейцы и произвели обыск в обители, разыскивая будто бы спрятанные ценности; взломали пол на амвоне, искали клад и в алтаре, разбросав при этом оставшиеся богослужебные предметы по полу. Разозленные неудачными поисками, бандиты обвинили монахов Иакинфа и Каллиста в «разведывательной деятельности», арестовали и по железной дороге доставили их на станцию Карелино.
По свидетельству очевидцев, монахов обвиняли в контрреволюционной деятельности, предлагали в обмен на свободу публично, перед пассажирами, отречься от Христа. Преподобномученики отказались и были расстреляны 30 октября 1918 года близ станции Карелино. Их похоронили на монастырском кладбище около церкви св. Неофита.
