Прохор Русин родился в 1880 году в селе Генеральщино Курской губернии. В 1910 году приехал в город Верный (ныне Алма-Ата), а до этого 3-4 года жил послушником в Петропавловском монастыре Черниговской губернии. После приезда в Верный поступил в Иссык-Кульский Троицкий монастырь, где был пономарем, звонарем, затем получил монашеский постриг и примерно в 1914 году был рукоположен в иеромонаха.
Летом 1916 года в Семиречье началось восстание киргизов, они напали на монастырь и потребовали к определенному дню приготовить монастырские ценности и пригрозили расправой в случае отказа. Тогда часть монахов, в числе которых был о. Пахомий, ушла из монастыря — кто в горы, кто в ближайшие селения. Монахи преклонного возраста остались, положившись на волю Божию. Приехавшие в назначенный день киргизы выбили монастырские двери, иконы побили, забрали церковную утварь и устроили над монахами казнь: не пощадили никого, всех порубили саблями. Вечером вернулись ушедшие монахи и на следующее утро похоронили всех убиенных в общей могиле.
После этого события о. Пахомий ушел в Верный, затем поселился в горах около Аксая в Кызыл-Жарском скиту, с монахами Феогностом (Пивоваровым), Серафимом (Богословским), Анатолием (Смирновым) и Ираклием. В августе 1921 года все пятеро монахов, живших в скиту, пошли в Верный в Никольскую церковь на праздник целителя Пантелеимона. Двое из них, в том числе о. Пахомий, остались в городе, а трое вернулись в скит. 11 августа 1921 года в скиту случилась трагедия: иеромонахи Серафим и Феогност были застрелены красноармейцами-грабителями. Оставшиеся в живых о. Пахомий, о. Ираклий и о. Анатолий после всего случившегося жить в скиту не остались.
После 1921 года некоторое время отец Пахомий тайно жил вместе со странником Виктором и схимонахом Тихоном в скиту на горе Горельник в районе Медео. Он изредка приходил в город, останавливался у монахинь, был очень молчалив. Монахини вспоминали: «Придем, бывало, после всенощной, чаю попьем. Матушка Евфалия просит его: «Отец Пахомий, скажите два-три слова, скажите живое слово для спасения души!» А он: «Кхе... кхе... Сестры, молитесь. Читайте Иисусову молитву». И все. Или служит в келье на Медео. Сестры просят: «Отец Пахомий, сегодня такой праздник, ну скажите несколько слов!» Он только и скажет: «Сестры, молиться надо, истинно молиться надо. Иисусову молитву не нужно забывать».
Из воспоминаний монахини Магдалины (Халиной): «Мы много странствовали в то время по горам: о. Пахомий, Виктор, я и Саня Нагибина. От самого Каскелена до Тургеня пешком по горам ходили. Через горные реки о. Пахомий нас переправлял. Он сильный был, крепкий. Встанет посреди реки и нас, и Виктора перекинет с берега на берег. А бывало, сидит Виктор в своей келье, потом встрепенется, побежит к о. Пахомию: „Бери скорее чайник, бежим туда, далеко по щеле в горы, там есть святое место, та чайку попьем. Там святое место! Там ангелы!“. С о. Пахомием они много странствовали. Куда бы ни шел Виктор, все с Пахомием».
В конце 1920-х годов, когда были сильные гонения, о. Пахомий ушел из Медео и жил в городе у разных людей. За ним велась слежка, и он ходил из дома в дом, избегая ареста. Тайно служил, венчал, отпевал на дому, часто ходил с монахинями на Аксайскую могилу. Из воспоминаний монахинь: «Как поднимемся на гору, перво-наперво панихиду отслужим. Потом отдохнем, поужинаем и сядем у могилы на поваленные ели. И, сколько я помню, всегда были ясные ночи. Сидим мы на бревнышках, и поют сестры. Долго поют. А певчие были еще монастырские, хорошо пели. Потом вечерние молитвы почитаем, наломаем ельника, набросаем на землю, и спим на этих лапах. Какой там сон! — только вздремнешь чуть-чуть. Утром обедницу служил о. Пахомий. Проповеди говорить он не мог. Он плакал, всегда плакал. Потом прокашляется и скажет: «Господь прибрал их, а я все мотаюсь. А как было бы хорошо и мне вместе с ними! Да вот, не сподобился».
Из воспоминаний Надежды Казулиной: «О. Пахомий служил очень часто. Он был такой благостный: на него посмотришь и сразу чувствуешь к нему расположение, до того добрый вид был у о. Пахомия. Рыжеватая бородочка, глазки голубенькие, ласковый, ласковый взгляд. Как жил отец Пахомий? У землянки, где жили Калистрат Иванович с Марией Андреевной и к которой мои дядя с тетей пристроили кибиточку, была еще маленькая лазеечка, куда отец Пахомий прятался ночью. А на день он уходил под горку — на горку, где была пропасть; возле нее нагибалась лоза, под лозой — дверочка, которая поднималась в лазейку вроде люка, там — лествичка из глины, и по ней спускаешься в пещерку, окно которой выходило на обрыв. Очень высокий обрыв, а дальше за ним — горы уже без орешника. Один только раз я была в этой пещерке. Меня, десятилетнюю девочку, отец Пахомий взял с собой и разрешил зайти в пещеру через люк. Отец Пахомий прятался там весь день, а на ночь возвращался в лазеечку у землянки Калистрата Ивановича».
Свою жизнь в этот период отец Пахомий описывает так (из материалов следствия): «В 1921 году этих монахов (отцов Серафима и Феогноста) убили, жить в горах было страшно, я прожил еще год, а в 1923 году ушел в город Алма-Ату. Изредка служил в соборе, в котором сейчас помещается Казахстанский музей. Прожил таким образом до 1926 года, а затем уехал в Ташкент. В Ташкенте я хотел устроиться на работу, но ничего у меня из этого не вышло, прожил я там год и снова вернулся в Алма-Ату. Жил на квартире, помогал в хозяйстве, изредка служил и таким образом существовал. В 1928 году в горах на Мохнатой сопке один знакомый мне монах Тихон стал строить избушку. Я ходил к нему, мне там понравилось, и я тоже стал строить себе избушку, и в конце 1928 года перебрался в горы. Вскоре Тихон по неосторожности сжег наши избушки, и я вынужден был выкопать себе землянку. В ней я жил не постоянно. Часто ходил в город или жил у монахинь Магдалины, Татьяны, Александры, Евсевии, которые также были на Мохнатой сопке. В 1930 году монахиням предложили вступить в колхоз, но в колхоз они не пошли, сдали свое имущество в лесничество и ушли в город. А я остался жить в своей землянке. В том же году уехал с монахинями в Джагал-Абад, где поселились в горах. Там построил избушку, жил с Магдалиной, а Татьяна строила себе избушку отдельно в 15 верстах от нас. Из Джагал-Абада я и приехал вновь в Алма-Ату».
Летом 1933 года был арестован в горах возле орехосовхоза Кызылынкур вместе с иеромонахом Досифеем, о. Макарием (Ермоленко), монахинями Рафаилой (Археловой), Серафимой (Домбровской), Досифеей, Дорофеей и Клавдией. Подробности осуждения и отбытия наказания неизвестны.
8 сентября 1935 года был арестован в с. Талгар Талгарского района Алма-Атинской области и заключен в Алма-Атинскую тюрьму, где претерпел издевательства. Проходил по групповому делу «Дело иеромонахов Макария (Ермоленко), Пахомия (Русина) и др. Казахстан, 1936 г.»
28 января 1936 года Особым совещанием при НКВД СССР был приговорен к трем годам исправительно-трудовых лагерей.
В 1938 году был арестован в ИТЛ в Алма-Атинской обл. и приговорен к расстрелу.
Расстрелян в 1938 году в Алма-Ате.
