Василий Зыков — сын кузнеца из поселка Нижнетагильский Завод Верхотурского уезда Пермской губернии (ныне Нижний Тагил Свердловской области). В 1894 году 24-летний Василий Зыков поступил в Верхотурский Никольский монастырь, по собственному признанию о.Вениамина — «как только встал на ноги, ушел в монастырь». 1 января 1896 года зачислен в число братии. Вскоре переведен в екатеринбургский архиерейский дом.
В 1899 года пострижен в монашество с именем Вениамин, 11 апреля того же года рукоположен во иеродиакона. 6 декабря 1903 года по собственному прошению возвращен в Верхотурский монастырь.
12 сентября 1907 года, в день памяти перенесения мощей св. прав. Симеона Верхотурского, Екатеринбургский и Ирбитский епископ Митрофан передал в дар настоятелю монастыря игумену Ксенофонту (Медведеву) и иеродиакону Вениамину священническое и диаконское облачения, сшитые императрицей Александрой Феодоровной.
В послужном списке о. Вениамина за 1913 год отмечено, что он «качеств очень хороших, к послушаниям способен и усерден». Отличался ревностью в монашеской жизни, прямым характером.
Во время кощунственного вскрытия мощей праведного Симеона Верхотурского, устроенного властями 25 сентября 1920 года, в день празднования перенесения мощей святого, о. Вениамин был единственным, кто громко возгласил: «А мы верили и будем верить угоднику Божиему праведному Симеону, и прошу вас не кощунствовать!» В тот же день инок был арестован по обвинению в «открытой агитации и сопротивлении вскрытию мощей», доставлен в ГубЧК. Следователь написал заключение о том, что «архимандрит Ксенофонт и архидиакон Зыков Вениамин являются непримиримыми контрреволюционерами, определенно ведущими классовую борьбу против освобождения человечества, а потому... заслуживают применить высшую меру наказания — расстрел».
2 октября 1920 года о. Вениамину было предъявлено обвинение в «контрреволюционной деятельности», неподчинении распоряжениям власти и призывах к восстанию. 24 ноября к обвинениям добавили расхищение монастырского имущества, и дело было передано в Губревтрибунал. 28 июня 1921 года коллегия Екатеринбургской ГубЧК приговорила архим. Ксенофонта и о. Вениамина к двум годам принудительных работ без содержания под стражей.
11 октября церковноприходской совет при храмах Верхотурского монастыря обратился в ЧК с ходатайством об освобождении архим. Ксенофонта и архидиак. Вениамина и разрешении им вернуться в Верхотурье. 28 ноября 1921 года ГубЧК вынесла постановление о досрочном освобождении иноков. О. Вениамин вернулся в Верхотурский Никольский монастырь.
В 1924 году он был снова арестован по обвинению в противодействии изъятию церковных ценностей, заключен на шесть месяцев в тюрьму.
В августа 1925 года был вновь арестован в числе братии Верхотурского монастыря в ходе следствия по делу о распространении «контрреволюционного» письма обновленческого епископа Николая Соловья (Соловейчика), в конце 1923 года эмигрировавшего из России и публиковавшего за границей заявления антисоветского характера. Письмо, найденное в Верхотурском монастыре, было написано Соловьём в Сан-Франциско и содержало фразы о том, что ряд важнейших мероприятий и реформ обновленческого синода «создаются и вырабатываются под давлением секретного отдела ОГПУ». Верхотурские иноки были помещены в тюрьму в Нижнем Тагиле, обвинялись «в сношениях с белогвардейщиной, находящейся на содержании американских янки в Сан-Франциско, и в распространении контрреволюционного воззвания с призывом к вооруженной борьбе против советской власти». На заседании Уральского областного суда, которое проходило 20-22 октября 1925 года, часть обвиняемых была приговорена к различным срокам заключения, о. Вениамина признали невиновным в «антисоветской деятельности», но как «социально-опасный элемент» он был лишен права проживания в течение года в Кунгурском, Ирбитско-Туринском и Нижнетагильском округах Уральской обл. Он поселился в пос. Касли Уральской обл., служил в местной церкви, до 1932 года поддерживал переписку с архимандритом Ксенофонтом (Медведевым).
13 марта 1937 года был арестован вместе с другими клириками каслинского храма как «активный участник к/р группировки церковников», заключен в тюрьму в Челябинске. Проходил по групповому делу «Дело архимандрита Ардалиона (Пономарева), протоиерея Александра Можаева и других. Челябинская обл., г. В.Уфалей, 1937 г.» . На допросах он не отрицал, что в связи с участившимися закрытием церквей и арестами священнослужителей вел «антисоветские и контрреволюционные» разговоры. Из протокола допроса о.Вениамина от 13 марта 1937 года: «Я говорил: сошел же враг на землю с великой яростью. Весь мир во зле на слуг антихриста. Гонения на христиан и на духовенство надо претерпеть. Скоро придет то время, когда религия восторжествует и покарает большевиков. Я использовал каждый случай собраний верующих, пользуясь авторитетом монашеской деятельности, преподносил им изречения из Священного Писания и в разъяснениях хулил советскую власть, призывал укреплять религию и протестовать против арестов священников. Я ничего не боюсь и иду открыто».
13 июня 1937 года особым совещанием при УНКВД СССР был приговорен к пяти годам ссылки в Казахстан. Отбывал срок в пос. Майское Бескаргайского района Павлодарской области.
В ноябре 1937 года вновь был арестован, проходил по групповому делу «Дело архимандрита Григория (Ребезы) и др. г. Павлодар, 1937 г.». На допросе о. Вениамин сказал: «В Майском трудовом поселке я жил на одной квартире со ссыльными, также служителями религиозного культа. Часто пели божественные песни. При разговорах мы всегда вспоминали царскую власть, одновременно осуждали советскую власть».
1 декабря 1937 года постановлением тройки при УНКВД по Восточно-Казахстанской области был приговорен к расстрелу.
Расстрелян 2 декабря 1937 года в два часа ночи в Павлодарской обл. Место погребения неизвестно.
