Александра Лепешкина родилась то ли в в 1875, то ли в 1885 года в городе Москве в семье сына купца первой гильдии. Окончила Чернявское училище в Москве и в совершенстве знала французский и немецкий языки. Семья купцов и фабрикантов Лепешкиных была известна в Москве своим благочестием и благотворительностью. Брат прадеда игумении Афанасии, Семен Лонгинович Лепешкин, был строителем Троице-Одигитриевской обители, основателем которой был преподобный Зосима (Верховский). Он принимал деятельное участие в строительстве каменного Троицкого храма в монастыре, выстроил ограду вокруг обители, большой корпус для жительства сестер и два небольших, а также каменные погреба; купил для обители огороды вблизи Москвы, которые приносили хотя и небольшой, но постоянный доход. Его отец, Лонгин Кузьмич, был возобновителем и строителем храма преподобного Марона Пустынника в Старых Панех в Москве, разрушенного почти до основания во время нашествия французов в 1812 году. Он стал и первым же старостой этого храма. Когда он скончался, старостой и благотворителем храма стал его сын Василий, а после смерти Василия Лонгиновича в 1840 году — его сын Николай.
Во время обучения, как рассказывала впоследствии сама игумения Афанасия, она жила весьма хорошо, всем была довольна, много веселилась, студенты относились к ней с большим уважением, много было среди них и поклонников.
Но неожиданно для всех после окончания училища молодая девушка ушла в 1896 году в монастырь — Троице-Одигитриевскую Зосимову пустынь. Первое время ее послушанием было чтение в церкви, а затем игумения Зосимовой пустыни София (Быкова) послала послушницу Александру в Понетаевский монастырь для обучения живописи. Полгода она обучалась художеству и, вернувшись в Зосимову пустынь, стала исполнять послушание иконописицы, а с 1911 по 1919 год — заведующей иконописной мастерской.
6 февраля 1903 года облечена в рясофор. 19 декабря 1919 года была пострижена в монашество с именем Афанасия.
21 февраля 1920 года она была назначена настоятельницей монастыря, 22 февраля введена в должность и на следующий день возведена в сан игумении.
При советской власти монастырь был преобразован в сельскохозяйственную артель, и игумении пришлось часто сталкиваться с представителями властей, ведя с ними переговоры относительно хозяйственной деятельности монастыря. Игумению, как главу артели, стали приглашать на заседания уездного исполнительного комитета. Заседания эти проходили в местном клубе. Все члены исполкома рассаживались в этих случаях вокруг поставленного на сцене стола. Появление игумении, сопровождаемой послушницей, вызывало среди членов исполкома неловкость, и однажды один из них, решив пошутить, показал на висящий на стене портрет Маркса и сказал:
— А вот, матушка игумения, Маркс. Он является, собственно, учеником первого социалиста — Христа.
— Вот портрет «ученика» вы поместили здесь, а почему же нет портрета Учителя? — спросила игумения.
В то время, когда игумении пришлось управлять обителью, к трудностям, происходящим от преследования властями, прибавились скорби от болезней, так как в течение многих лет мать Афанасия страдала малярией. Ее часто лихорадило, но она не лечилась, и хроническое заболевание в конце концов разрушило ее здоровье.
На пасхальной неделе в 1925 году сестры послали за врачом в Алабинскую больницу. Вот как описывает свое посещение игумении врач Михаил Мелентьев:
«Монастырский двор-кладбище был необширен, тих и пустынен. В центре стоял небольшой белый храм, окруженный намогильными крестами, кое-где с горящими лампадами. По мосткам прошли к игуменскому корпусу, где меня встретила маленькая, согбенная старая монахиня, ласковая и приветливая. В корпусе стоял какой-то давний, уютный запах древней мебели, печеного хлеба, ладана. Тикали часы, и стояла ничем не нарушаемая тишина. Монахиня пригласила меня к столу откушать, а сама пошла доложить игумении о моем приезде...
Держалась она величаво-спокойно, говорила чуть-чуть нараспев, с низкими контральтовыми нотами. Ближайший угол и стена были заняты образами. У большого распятия горела лампада и стоял аналой.
Здоровье игумении оказалось в очень плохом состоянии. Я сказал ей, не скрывая, о ее положении и предложил на ближайшее лето выехать в другое место и попытаться подлечиться там. Обстановка с монастырем была сложна и внешне и внутренне. В монастыре было до трехсот человек сестер, в том числе шестьдесят беспомощных старух. Всех их нужно было прокормить, отопить, одеть, обуть. Поплакала игумения, погоревала, и все это сдержанно, с ясным сознанием огромной ответственности за триста душ, и отпустила меня, не дав ответа. Однако в дальнейшем ухудшение здоровья заставило ее смириться. Я взял на себя ответственность поднять ее на ноги. Это была трудная задача, но Бог помог мне, и моя больная к концу лета настолько поправилась и окрепла, что могла вернуться к себе и приняться за свои дела».
В 1928 году власти закрыли обитель, и игумения Афанасия переехала в село Алабино Наро-Фоминского района, где поселилась вместе с пожилой монахиней Антонией, которая была с ней от первых дней ее монастырского жития, и послушницей Евдокией Бучиневой.
Евдокия Бучинёва — крестьянская дочь из села Дубовичье (Дубовицы) Спасского уезда Рязанской губернии. Сама выучилась грамоте. Работала катушечницей на фабрике в Москве.В 1907 году поступила послушницей в Троице-Одигитриевскую Зосимову пустынь. По некоторым сведениям, впоследствии приняла монашеский постриг, однако документов о ее постриге не обнаружено. С 1929 года Евдокия проживала в Алабине Наро-Фоминского района Московской области — келейницей игуменьи Афанасии. Занималась рукоделием, часто ходила по деревням читать Псалтирь. Игуменье Афанасии и Евдокии удалось воспрепятствовать закрытию церкви Покрова Пресвятой Богородицы (при колокольне) в селе Петровском Наро-Фоминского района.
Врач Михаил Мелентьев пишет в своих воспоминаниях: «Игумения Афанасия правила всю дневную службу и являлась умственным центром этой маленькой общины. Она же, вместе с матерью Антонией, стегала одеяла. Дуня (Евдокия Бучинева) выполняла более тяжелую работу и служила для сношения с внешним миром. На первую и последнюю недели Великого поста двери их жилища закрывались для всех. Это были дни молитвенного труда и молчания. Но зато и праздник Воскресения был праздником истинно Воскресшего Христа.
К ним ходили за помощью, за советом, за утешением, но ходили в сумерки, вечерком, ночью, чтобы меньше видели, меньше говорили. Они же ни к кому не ходили, потому что боялись с собою принести и подозрения, и кару на ту семью, где бы они побывали.
В первый день Троицы 1931 года я пришел к игумении Афанасии, зная, что у нее праздник, что она по-праздничному бездеятельна и что она будет рада мне. Нашел я ее в десяти шагах от ее дома в небольшом перелеске. Она только что пережила очередное воспаление легких, была слаба, и все ее радовало в ее возвращении к жизни. Стоял чудесный день, жужжали пчелы, пахло лесом. Божий мир стоял во всей своей красе. А через час, когда я ушел, пришла грузовая машина, привезла оперативных работников НКВД, те перевернули жилище, обыскали его, ничего не нашли конечно, и забрали игумению Афанасию с собой в районный центр, Наро-Фоминск».
Вместе с игуменией Афанасией была арестована и Евдокия.
Игумению обвинили в активной антисоветской деятельности и агитации, направленной на срыв мероприятий советской власти в деревне, в особенности коллективизации. Виновной она себя не признала: «В 1920 году я была избрана игуменией и была ею до 1928 года. Во время моего игуменства был полный порядок и все мне подчинялись. В результате все было хорошо. Во время пребывания моего в монастыре я крепко была предана Богу и так же предана Ему в настоящее время и готова за Бога и за Христа жизнь положить. Больше показать ничего не могу».
Содержалась в тюрьме во время следствия. Через несколько дней после ареста состояние здоровья игумении резко ухудшилось и ее отправили в Наро-Фоминскую больницу в заразный барак, откуда она написала врачу: «Многоуважаемый Михаил Михайлович! Шлю вам привет из Наро-Фоминской больницы. Лежу в заразном бараке. Чувствую себя плохою. Все болит, а особенно левый бок. Температура повышена. Просила дать мне бумагу о моей болезни и нетрудоспособности, но мне ответили — "пока полежите". Сердце мое истерзалось. Осталась я одна. Дуню, наверное, пока я в больнице, угонят, как угнали уж многих. Боюсь я, как бы Антонию без меня не взяли. Войдите в мое положение! Что буду я делать одна, когда не в состоянии понести и пяти фунтов. Хотя бы Вы что-нибудь мне написали и с кем-нибудь ручно передали. Письма и посылки в больницу передают, но личного свидания не разрешают. Может быть, Вы увидите Антонию. Скажите ей, чтобы она прислала мне молитвенник и Часослов маленького формата. Неизвестность хуже всего. Буду ждать от Вас какого-нибудь слова. Не забывайте меня, находящуюся в большом горе и всегда Вас уважающую».
10 июня 1931 года тройка ОГПУ приговорила игумению Афанасию и послушницу Евдокию Бучиневу к пяти годам ИТЛ с заменой высылкой в Казахстан на тот же срок. В ссылку им не разрешили ехать свободно, но отправили с этапом.
Игумения Афанасия скончалась 12 мая 1932 года, на второй день по приезде на место ссылки. Послушница Евдокия умерла на следующий день после смерти игумении. Их похоронили в одной могиле.
