Василий Панкеев — сын священника села Садовое Херсонского уезда и губернии. Двадцати лет, в 1912 году, окончил Одесскую духовную семинарию по первому разряду и поступил в Киевскую духовную академию. В 1915 г. между Киевской и Петроградской академиями состоялся обмен студентами, и Василий Панкеев был переведен на 3-й курс Петроградской духовной академии.
10 января 1915 г. принял монашеский постриг с именем Антоний, постриг совершил ректор академии епископ Ямбургский Анастасий (Александров). 17 января того же года был рукоположен во иеродиакона.
В феврале 1915 г. по ходатайству члена Государственной думы священника Александра Альбицкого иеродиакон Антоний был направлен на фронт для совершения богослужений и треб, окормления раненых и больных воинов. Служил вместе со священником Александром Альбицким в походной церкви одного из четырех оборудованных Всероссийским национальным союзом передовых санитарно-питательных отрядов, находившихся под покровительством царственного мученика Николая Второго.
В мае 1915 г. иеродиакон Антоний вернулся в Петроград и 24 мая был рукоположен во иеромонаха епископом Анастасием (Александровым) в храме Рождества Пресвятой Богородицы при Василеостровском городском начальном училище. Сразу после рукоположения о. Антоний уехал на фронт в качестве настоятеля одной из походных церквей Всероссийского национального союза. Из-за службы в действующей армии учебные занятия пришлось отложить, и учебный год оказался пропущенным.
В 1917 г. окончил Петроградскую духовную академию со степенью кандидата богословия.
Был направлен на служение в Одессу, где вскоре возведен в сан игумена. Преподавал в Одесской духовной семинарии до ее закрытия в 1920 г.
В 1922 году уклонился в обновленческий раскол.
В июне 1923 года под давлением обновленческого митрополита Евдокима (Мещерского) Антоний был хиротонисан обновленческими архиереями во епископа Херсонского, викария Одесской епархии, православным Херсонским епископом в это время был его друг — священномученик Онуфрий (Гагалюк).
В 1924 году Антоний принес покаяние, и 27 августа был хиротонисан во епископа Мариупольского, викария Екатеринославской епархии. Хиротонию совершили патриарх Тихон (Беллавин) с сонмом православных архиереев. В конце 1924 года еп. Антоний был арестован и сослан в Харьков, откуда продолжал управлять викариатством.
В сентябре 1926 года был арестован в Харькове и переправлен в Москву, где был помещен в Бутырскую тюрьму. Был приговорён к 3 годам заключения в Соловецкий лагерь особого назначения, в 1929 году сослан на 3 года в Енисейск. В ссылку был отправлен этапом через Ленинград. В Ленинградской пересыльной тюрьме заболел туберкулезом легких, что задержало отправку.
По окончании ссылки в 1932 году обратился к заместителю патриаршего местоблюстителя митр. Сергию (Страгородскому) с просьбой о назначении на кафедру. 21 ноября 1933 года назначен на Белгородскую кафедру, преобразованную из викариатства Курской епархии.
25 февраля 1935 года был арестован вместе с неск. клириками Белгородской епархии по обвинениям обновленцев и григорианцев. Проходил по групповому делу «Дело епископа Антония (Панкеева) и др. Белгород, 1935 г.»
Следователь интересовался, с кем из православных епископов владыка встречался, когда жил в Харькове. Преосвященный Антоний ответил, что встречался с епископами Константином (Дьяковым), Борисом (Шипулиным), Онуфрием (Гагалюком), Стефаном (Андриашенко), Макарием (Кармазиным), Павлом (Кратировым) и Дамаскиным (Цедриком). Все они служили в одной церкви и часто в дни церковных праздников собирались вместе у кого-нибудь в доме. Вопросы, ими обсуждавшиеся, были церковными, и в частности о расколах — григорианском (инспирировано чекистами, называется по имени лидера — епископа Григория Яцковского) и лубенском (братство украинских епископов, поддерживавшееся чекистами, находилось в евхаристическом общении с григорианами). Ко всем этим явлениям церковной жизни у них было единодушно отрицательное отношение, как к направленным во вред церковному единству.
На допросах владыка отказался признать себя виновным и подписать лжесвидетельства. Один из лжесвидетелей, некий Смирнов, запрещенный когда-то епископом Антонием в священнослужении, пытался оговорить архиерея: «Установки мне... со стороны Панкеева, как правящего епископа, были даны следующие: вести агитацию среди населения, прихожан за отторжение Украины от СССР к Германии, вести антиколхозную агитацию и организовать кассу взаимопомощи и сбор средств для ссыльного духовенства»
— Показания Смирнова отрицаю, — заявил владыка Антоний. — Никаких указаний и установок вести контрреволюционную агитацию я не давал. Беседа моя со Смирновым носила исключительно религиозный характер, отвечал владыка.
20 августа преосвященный Антоний направил заявление прокурору, потребовав, чтобы ему предоставили возможность ознакомиться со следственным делом, так как у него есть обоснованные подозрения, что следователь вносил значительные искажения в записи протоколов допросов. В конце концов епископу удалось ознакомиться с материалами дела, и 10 сентября он направил заявление в специальную коллегию Курского областного суда, опровергая все выдвинутые против него обвинения и указывая на нарушения законов, допущенные следователями.
11 сентября того же года специальной коллегией Курского областного суда был приговорен к 10 годам заключения в Дальлаге Хабаровского края.
В феврале 1938 г. был арестован в Средне-Бельском лагпункте Дальлага НКВД. Против епископа Антония, архиепископа Онуфрия Гагалюка, священников Ипполита Красновского, Николая Садовского, Митрофана Вильгельмского, Василия Иванова, Николая Кулакова, Максима Богданова, Михаила Дейнеки, Александра Ерошова, Александра Саульского, Павла Попова, Павла Брянцева и псаломщиков Григория Богоявленского и Михаила Вознесенского было открыто новое дело. Никто из них не признал себя виновным, все отказались подписать лжесвидетельства. В начале марта все обвиняемые были перевезены из лагеря в Благовещенскую тюрьму, проходили по групповому делу «Дело архиепископа Онуфрия (Гагалюка) и др. Благовещенск, 1938 г.»
17 марта 1938 года тройкой при УНКВД по Хабаровскому краю епископ Антоний Панкеев был приговорен к расстрелу. Расстрелян 1 июня 1938 года в городе Благовещенске Амурской области вместе с другими осужденными по этому делу. Погребен в общей безвестной могиле.
