Алексей Наумов родился 6 февраля 1876 года. Крещен на следующий день, 7 февраля, в Петропавловской церкви с. Слудка. 20 сентября 1894 года, по выходу из 1 класса Пермской духовной семинарии, 18-летний Алексей Наумов определен на должность учителя Добрянской церковноприходской школы.
18 ноября 1895 года выдержал экзамен при Пермском духовном училище; удостоен звания учителя церковноприходской школы. 28 декабря того же года назначен учителем в церковноприходскую школу села Ильинского Пермского уезда. 22 апреля 1896 года определен сверхштатным псаломщиком в местную Пророко-Ильинскую церковь с оставлением должности учителя.
6 сентября 1897 года назначен старшим учителем сельской двухклассной церковноприходской школы.
Женился, в семье родилось двое детей.
22 октября 1899 года рукоположен в сан диакона к сельской Пророко-Ильинской церкви, с оставлением в должности учителя сельской двухклассной церковноприходской школы.
20 августа 1900 года переведен на вакансию псаломщика в Николаевской церкви при Пермской Мариинской женской гимназии, а 26 августа перемещен на должность учителя в Пермскую Степановскую двуклассную церковноприходскую школу. 4 января 1906 года назначен старшим учителем пермской Степановской двухклассной церковноприходской школы с правом оставления за собой уроков по Закону Божию.
10 июля 1910 года рукоположен в сан священника к Троицкой церкви села Висим Пермского уезда.
3 августа 1910 года по прошению освобожден от обязанностей старшего учителя пермской Степановской двухклассной церковноприходской школы и назначен заведующим и законоучителем Висимской церковноприходской школы. 12 октября того же года назначен учителем пения Висимской церковноприходской школы. 13 февраля 1915 года по прошению освобожден от учительских обязанностей в Висимской школе с оставлением за собой права законоучителя и заведующего школой.
4 мая 1916 года перемещен к Юрлинской церкви Чердынского уезда. 15 мая 1916 года перемещен к Михаило-Архангельской церкви завода Очер Оханского уезда Пермской губернии. 19 августа 1916 года назначен учителем пения в Очерском коммерческом училище, а со 2 сентября — законоучитель в Очерско-Заречном начальном народном училище.
В 1918 году отец Алексий был арестован по доносу за антисоветскую деятельность. В то время во всех храмах читали воззвание епископа Андроника (Никольского), на которое советская власть не могла не ответить.
4 сентября 1918 года, после жестоких пыток и издевательств, отец Алексий Наумов был расстрелян красноармейцами в селе Сепычи Оханского уезда Пермской губернии. Из рассказа сепычевских старожилов: «О том событии нам рассказала бабушка. В 1918 году ей было около 40 лет. „Красные“ со всей округи собрали православных священников, их было восемнадцать человек. Также было насильно собрано много людей из близлежащих деревень и сел, в том числе и нашу бабушку. Священников привели на „мирское“ кладбище (сегодня его называют верхним или новым кладбищем), их заставили самих выкопать себе общую могилу, дали возможность помолиться и расстреляли. Всех сбросили в эту яму и мало-мальски засыпали землей. Лет двадцать назад мы ходили по этому кладбищу и натолкнулись на яму, которая вполне может являться той могилой. Она находится в середине сколка».
