Дмитрий Лебедев — сын священника села Спирова Волоколамского уезда Московской губернии, в 1886 году, 15 лет, окончил Волоколамское духовное училище по первому разряду, в 1892 году — Вифанскую духовную семинарию. В 1894 году поступил волонтером в Московскую духовную академию, которую закончил в 1898 году. Степень кандидата богословия получил в 1904 году.
В 1903 году поступил на должность учителя русского языка в Уфимское духовное училище.
4 февраля 1905 года был рукоположен во священника, определен в Никольский собор города Можайска Московской губернии.
С 1908 года — настоятель собора, председатель Можайского отделения Епархиального училищного совета. С 1909 года — законоучитель Ченцовской земской школы Можайского уезда. С 1911 года — благочинный 1-го округа Можайского уезда. В 1915 году удостоен степени магистра богословия.
С ноября 1915 года служит в Ильинской церкви погоста Стребукова Можайского уезда Московской губернии.
С 1915 — доцент, а с 1916 года — экстраординарный профессор Московской духовной академии по кафедре истории древней церкви.
О. Дмитрий — автор около 30 небольших работ, в основном посвященных изучению церковного календаря и пасхалий. Решительный противник григорианского стиля. В таком же смысле высказался Всероссийский церковный собор 1917-1918 годов, сделав постановление строго держаться старого стиля для церковного времяисчисления. При этом своем постановлении Собор, вместе с другими основаниями, принял во внимание мнение профессора Дмитрия Лебедева, который, в силу научно-астрономических и церковно-канонических данных, засвидетельствовал пагубность всякого сближения с григорианским стилем, отдавая безусловное преимущество старому юлианскому стилю.
В Академии служил до ее закрытия в начале 1920-х годов. В 1919 году подал в Совет Академии в качестве докторской диссертации работу «Список епископов Первого вселенского собора в 318 имен. К вопросу о его происхождении...» (Возможно, получил степень доктора церковной истории).
30 августа 1930 года был осужден Народным судом 78 участка за хождение с иконами по ст. 75 УК РСФСР. Приговор — штраф 150 рублей.
В 1932 году власти потребовали от него уплатить налоги и выполнить задание по сельскохозяйственным заготовкам. Отец Димитрий этого сделать не смог, был выселен из дома, и все его имущество было конфисковано.
В 1933 году был осужден за «антисоветскую агитацию» по ст.58-10 УК РСФСР. Приговорен к трем годам ссылки в Казахстан.
После ссылки стал служить в родном селе Спирове, в церкви Введения во храм Пресвятой Богородицы, известной своей скульптурной иконой святителя Николая Чудотворца и крестными ходами с этой иконой. Возведен в сан протоиерея.
11 ноября 1937 года — арестован. Его обвинили в том, что он «произносил проповеди в церкви, имел тесную связь с теряевскими церковниками, посещал дома колхозников, где проводил беседы». В справке на арест было сказано: «Б[ывший] епископ до революции, имел кулацкое хозяйство, дом, лошадь... Ведет агитацию против советской власти, призывал всех крестьян держаться за церковь...», кроме того, о. Дмитрий убеждал в «Советы» выбирать честных труженников из духовенства и верующих крестьян. Также его обвинили в том, что он использовал руководство Спировского колхоза на подвозку стройматериалов для ремонта церкви, за счет чего колхозникам платили трудодни.
— Следствию известно, что вы в церкви в Спирово говорили проповедь, в которой призывали верующих держать связь с церковью и помогать ей. Следствие настаивает на даче вами правильных показаний.
— Моя проповедь была посвящена теме Первого вселенского собора в Никее... В заключение проповеди я сказал, чтобы верующие держали связь с церковью и боролись с заблудшими.
— Кого вы называете заблудшими?
— Заблудшие это те, кто не признает православной веры.
На допросах отец Димитрий виновным себя не признал.
23 ноября 1937 года тройка НКВД по Московской обл. приговорила протоиерея Димитрия по ст.58-10 УК РСФСР «контрреволюционная агитация» к расстрелу, по групповому делу протоиерев Николая Виноградова и Димитрия Лебедева, диакона Петра Смирнова (приговорен к 10 годам исправительно-трудовых лагерей, судьба его неизвестна) и Гавриила Безфамильного.
О. Димитрий Лебедев расстрелян 27 ноября 1937 года на полигоне Бутово.
