Емилиан Гончаров происходил из крестьян села Старо-Полтавка Саратовской губернии. Окончил в 1904 году , будучи 22 лет, учительскую семинарию в городе Владимире.С 1914 года исполнял послушание псаломщика. В 1921 году рукоположен во диакона и затем во священника. Служил в храмах Саратовской епархии. В 1932 году знакомый отцу Емилиану священник Константин Сперанский предложил ему перевестись в храм Рождества Христова в селе Рождествено Ново-Петровского района Московской области, где тот сам когда-то служил и где теперь умер священник. Отец Емилиан согласился и, получив благословение священноначалия, начал служить на новом месте. В 1933 году отец Емилиан был награжден набедренником, в 1936 году — скуфьйе.
7 октября 1937 года власти арестовали священника. При обыске в амбаре, который прежде принадлежал церкви, а ко времени служения здесь отца Емилиана стал принадлежать школе, было найдено двадцать пять патронов к винтовке. На основании того, что священника видели заходившим в этот амбар, ему приписали хранение патронов и участие в контрреволюционной деятельности.
В тот же день был вызван на допрос председатель сельсовета, который сказал: «В августе 1937 года священник, придя в сельсовет, говорил: „Почему вы мне не разрешаете ходить с иконами по домам верующих? В конституции пишут, что можно ходить, а вы не разрешаете“. Тогда я ему ответил, что без справки от врача мы вам не разрешим. На эти слова Гончаров заявил: „Советская власть выпустила конституцию для обмана народа, в конституции пишут одно, а на деле делают другое“».
— Гражданин Гончаров, вы арестованы за активную контрреволюционную деятельность, которую вы вели вместе с членами контрреволюционной группы!
— Никакой контрреволюционной работы среди населения я не вел и членом контрреволюционной группы не состоял.
Это был последний вопрос допроса. 3 ноября 1937 года тройка НКВД приговорила отца Емилиана к расстрелу. Священник Емилиан Гончаров был расстрелян 5 ноября 1937 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово.
