Георгий Долганёв — сын единоверческого протоиерея (впоследствии архимандрита) из местечка Новая Одесса Херсонского уезда Херсонской губернии. Брат протоиерея священномученика Ефрема Долганёва. Поступил в Николаевское мореходное училище, но вскоре был определен отцом в Одесское духовное училище, по окончании которого начал учебу в Одесской духовной семинарии. Затем покинул семинарию, избрав светское образование. Поступил в Новороссийский университет в Одессе, но был отчислен как бывший семинарист. Сдал экзамены на аттестат зрелости при гимназии города Ананьева для поступления вновь в Новороссийский университет. Обучался на историко-филологическом, физико-математическом и юридическом факультетах. Посещал медицинский факультет Женевского университета. Неоднократно прерывал обучение, устраивался на службу, пытался заниматься хлебопашеством, путешествовал.
В состоянии душевного кризиса подверг себя самооскоплению.
Большое влияние на жизненный выбор Георгия Долганёва оказал Одесский архиепископ Никанор (Бровкович), посоветовавший ему завершить обучение в университете и поступить в духовную академию. В 1889 году 31-летний Георгий был принят в Санкт-Петербургскую духовную академию. Учеба в академии давалась с трудом. На первое место он ставил не академические науки, а духовное самовоспитание. В годы обучения называл своими духовными наставниками митрополита Исидора (Никольского) и афонского иеросхимонаха Евгения.
1 декабря 1890 года, во время обучения на 2-м курсе академии, был пострижен в монашество с в честь мученика Ермогена Александрийского.
2 декабря 1890 года был рукоположен во иеродиакона ректором академии Выборгским епископом Антонием (Вадковским), а 15 марта 1892 года был рукоположен во иеромонаха. Отец Ермоген окончил академию со степенью кандидата богословия за сочинение «Христианское нравоучение в православном богослужении».
17 сентября 1893 года был утвержден в должности инспектора Тифлисской духовной семинарии. 11 июля 1898 года был назначен ее ректором с возведением в сан архимандрита. Проявил себя как умный и справедливый, но в то же время строгий наставник.
Среди отчисленных им семинаристов был Иосиф Джугашвили.
Оказывал особую поддержку воспитанникам-грузинам. Отец Ермоген стал инициатором ряда нововведений в семинарии: обязательных будничных богослужений в домовом храме, регулярных произнесений семинаристами проповедей по воскресным и праздничным дням, создания отдельного общежития для «слабых здоровьем учеников», преподавания музыки в качестве факультативного предмета.
С 1898 года был председателем Грузинского епархиального училищного совета, членом Грузино-Имеретинской синодальной конторы, цензором проповедей и редактором журнала «Духовный вестник Грузинского экзархата». За время служения в Тифлисе изучил грузинский язык, занимался историей православия в Грузии. Много ездил по Кавказу, знакомился с христианскими святынями. Принял активное участие в обустройстве и духовном окормлении района Тифлиса Колючая Балка.
Рвение отца Ермогена было замечено в Святейшем синоде. При личном содействии Константина Победоносцева и Владимира Саблера он был избран кандидатом на замещение Вольского викариатства Саратовской епархии.
12 января 1901 года был наречен, а 14 января — хиротонисан во епископа Вольского, викария Саратовской епархии. Хиротонию в Казанском соборе Санкт-Петербурга возглавили митрополиты Санкт-Петербургский Антоний (Вадковский), Московский Владимир (Богоявленский), Киевский Феогност (Лебедев). Местопребыванием владыки был определен Саратовский Преображенский мужской монастырь, но епископ сразу занялся устройством в Вольске архиерейского дома, который был достроен уже при епископе Палладии (Добронравове).
В годы служения епископа Ермогена на викарной кафедре в сентябре 1901 года в Вольске было открыто женское епархиальное училище; начато строительство нового здания для Вольского мужского духовного училища; новый домовый храм освящен в Вольском реальном училище. Осенью 1901 года он посетил Хвалынский уезд и разработал план основания здесь Троицкого мужского монастыря.
Епископ Ермоген был и председателем Саратовского епархиального училищного совета. Выступил с инициативой учреждения в епархии церковно-учительской семинарии и строительства в Саратове комплекса церковных и учебных зданий. Высказался за организацию в Саратове внебогослужебных собеседований, открытие чайных-столовых для народа. Деятельная работа владыки Ермогена была особенно заметна в сопоставлении с деятельностью слабого здоровьем Саратовского епископа Иоанна (Кратирова). Епископ Ермоген временно управлял епархией во время отпуска епархиального архиерея в июне-июле 1901 года, а также с осени 1902 года, когда епископ Иоанн был вызван для присутствия в Синод.
После высочайшего утверждения 21 марта 1903 года синодального доклада о перемещении Вольского викария на самостоятельную кафедру владыка Ермоген стал епископом Саратовским и Царицынским.
На Саратовской кафедре уделял большое внимание строительству храмов. При нем в епархии освятили более 50 церквей — среди них одну из первых в России церковь во имя преподобного Серафима Саровского. Он неоднократно поднимал вопрос о реконструкции Саратовского кафедрального Александро-Невского собора, который уже не вмещал население города, но несмотря на старания владыки, реконструкция так и не началась. В то же время при нем было ускорено строительство городского собора в Царицыне, освящен новый Михаило-Архангельский собор в Сердобске, отремонтированы соборы в Кузнецке и Хвалынске.
В области устроения жизни монастырей епархии епископ Ермоген проводил идею об обителях как о миссионерских форпостах, был сторонником монашеского служения миру. При нем в Саратовской епархии возникли новые обители: Сердобская Казанская Сергиево-Алексиевская мужская пустынь; мужской монастырь близ села Н. Липовка Кузнецкого уезда, посвященный памяти Иоанна Кронштадтского; Свято-Духов монастырь в Царицыне; Таловский Благовещенский женский монастырь Аткарского уезда. Кроме того, были освящены новые церкви в женских монастырях — Пановском Сердобского уезда и Краишевском Аткарского уезда. В главную обитель епархии — Саратовский Преображенский мужской монастырь — владыка пригласил иноков с Афона, с Нового Афона и из Киевской епархии. Стараниями владыки Ермогена были открыты служившие миссионерским целям специальные школы в Хвалынском уезде — противораскольническая в селе Сосновая Маза и противомусульманская в деревне Подлесное.
По общему признанию современников, владыка был большим молитвенником и постником. Его богослужения почти всегда были уставными, длились 5-6 и более часов. Он служил не только в воскресные, праздничные и торжественные дни, но и регулярно по будням. По средам он почти на протяжении всего пребывания в Саратове служил в Троицком соборе вечерни с акафистом. После будничных служб устраивались религиозно-нравственные собеседования, которые посещали не только саратовцы, но и приезжие.
Владыка также уделял большое внимание проблемам духовного образования, не только решая практические проблемы находящейся в его ведении Саратовской духовной семинарии, но и выступая с теоретическими соображениями по вопросу о том, как духовная школа может выйти из кризиса, суть которого видел главным образом в обострившемся противоречии между задачами этой школы и стремлением значительного числа ее воспитанников к получению светского образования. Епископ Ермоген считал принципиально важным усиление в семинариях воспитательной части. Семинарское начальство должно было, по его мнению, иметь гарантии, что воспитанники собираются впоследствии принять священный сан.
Развил широкую общественно-политическую деятельность. В конце 1904 года он основал епархиальную газету «Братский листок» (в 1907-1908 — «Россиянин»), которая сразу вступила в полемику с местными светскими газетами различных политических направлений. В периоды подъема рабочего и крестьянского движения епископ Ермоген постоянно призывал народ к социальному миру, беспрестанно проповедовал сам и давал духовенству распоряжения проповедовать на современные темы, проводил торжественные крестные ходы, а также благословлял публикацию статей на актуальные темы в «Братском листке». В октябре 1905 года оказался практически единственным представителем власти в Саратове, который открыто встал на путь борьбы с революцией. Вопреки обвинениям большевиков в причастности епископа Ермогена к погромам евреев в Саратове 19-20 октября того года, владыка был решительным противником погромных действий и в конце месяца учредил комитет помощи пострадавшим в ходе погромов. Но епископу Ермогену действительно была свойственна антиеврейская настроенность, о которой он регулярно открыто заявлял.
Политическая позиция епископа Ермогена выражалась в неприятии не только революции, но и любых отличных от монархической позиций и доктрин. Осенью 1905 года епископ Ермоген благословил деятельность созданной в Саратове Народно-монархической партии. 27 марта 1906 года она была преобразована в местный отдел партии Союз русского народа (СРН), в работе которого епископ Ермоген постепенно принимал все большее участие. В апреле 1907 года он направил в адрес проходившего в Москве Всероссийского съезда русских людей обращение, в котором писал о необходимости вхождения СРН в церковную ограду, т. е. о том, чтобы приравнять статус правой политической партии к статусу церковного братства. Съезд отверг подобные предложения, а печатный орган СРН осудил обращение владыки Ермогена, который после этого решил создать собственную политическую партию. Уже в мае 1907 года он призывал в проповедях вступать в число членов Православного всероссийского братского союза русского народа (ПВБСРН). Летом того же года партия была оформлена организационно. Членами партии могли стать только православные, а ее почетным покровителем и председателем объявлялся сам епископ Ермоген, который на деле был руководителем партии. Среди саратовских правых произошел раскол между «братчиками» (членами ПВБСРН) и «союзниками» (членами местного отдела СРН).
Епископ Ермоген в большинстве случаев присутствовал на собраниях ПВБСРН. Часто партийные собрания совмещались с религиозно-нравственными чтениями, инициатором организации которых в Саратове также был епископ Ермоген. В 1907-1911 годах владыка и его ближайшие сотрудники по ПВБСРН провели несколько крупных публичных выступлений против современных им писателей, театральных деятелей и явлений общественной жизни, причем наиболее резкой критике было подвергнуто творчество Льва Толстого. В 1907 году епископ Ермоген публично выступил против постановки на саратовской сцене пьес Виктора Протопопова «Черные вороны» и Франка Ведекинда «Пробуждение весны», и преуспел в снятии первой с репертуара театров. В 1909-1910 годах добивался запрещения постановки в Саратове пьес Леонида Андреева «Анатэма» и «Анфиса». Он предлагал Святейшему синоду отлучить от церкви многих известных писателей, а их произведения подвергнуть запрету. Публичные выступления епископа Ермогена на эти темы были предельно резкими, зачастую нарушали положения российского законодательства.
Как правящий архиерей проявил себя властным и жестким администратором, деятельность которого вызывала много нареканий. Нередко он перемещал священнослужителей, включая видных священников, прослуживших не одно десятилетие на своих приходах, из городских приходов в сельские без видимых причин. При нем пришло в расстройство епархиальное делопроизводство, как распорядительное, так и финансовое. Сборы и расходы на епархиальные нужды проводились небрежно, без должного учета, что порождало злоупотребления. Многие указы Святейшего синода не передавались епископом в духовную консисторию и не исполнялись. Роль духовной консистории в епархиальном управлении была практически сведена к нулю. Из-за вмешательства епископа произошел упадок благотворительной деятельности Саратовского братства Святого Креста. Но епископ Ермоген основал Христорождественское братство взаимопомощи ремесленников и фабрично-заводских рабочих.
Епископ Ермоген был склонен доверять и оказывать поддержку известным своей радикальностью иеромонаху Илиодору (Труфанову), Григорию Распутину и им подобным. Неприятие им формализма высшего церковного управления и вторжений светских властей, независимый стиль руководства создавали напряженность в его взаимоотношениях с Синодом и мирским начальством. Наибольшей остроты достиг конфликт между епископом Ермогеном и Саратовским губернатором Сергеем Татищевым из-за иеромонаха Илиодора, чьи скандальные выступления подрывали престиж власти. Последовавшую в 1910 году отставку Татищева связывали с конфликтом с епархиальным архиереем.
Осенью 1911 года епископ Ермоген был вызван для присутствия в Святейший синод, что, очевидно, было связано с желанием властей удалить архиерея из Саратова. Владыка решительно выступил против обсуждавшихся в Синоде проектов введения в Русской церкви чина диаконисс и богослужебного чина отпевания инославных. Не ограничившись подачей особого мнения по поводу этих проектов на заседаниях Синода, 15 декабря того же года епископ Ермоген послал телеграмму с протестом императору страстотерпцу Николаю II.
В это же время обострился конфликт епископа с Распутиным: владыка изменил прежде положительное отношение к нему на прямо противоположное. 16 декабря 1911 года Распутин был приглашен в покои епископа Ермогена на Ярославском синодальном подворье. При разговоре присутствовали иеромонах Илиодор и известный юродивый Дмитрий Знобишин («блаженный Митя»), а также в качестве свидетелей двое священников из Саратовской епархии. Епископ Ермоген запретил Распутину общаться с царской семьей и принудил поклясться в этом перед иконой. Оскорбленный Распутин послал императору и императрице телеграмму, в которой писал, что епископ Ермоген и иеромонах Илиодор якобы пытались лишить его жизни.
3 января 1912 года было высочайше удовлетворено представленное обер-прокурором Синода Владимиром Саблером постановление об увольнении епископа Ермогена от присутствия в Синоде. 7 января члены Синода подписали соответствующий указ, который в тот же день был вручен владыке. Однако епископ медлил с отъездом из столицы в епархию, давал интервью журналистам.
Члены Синода и высшая светская власть были возмущены тем, что архиерей вынес конфликт на суд общественности. 12 января Синод новым указом объявил епископу Ермогену порицание за «голословное опорочение перед Государем Императором постановлений и суждений Святейшего синода». 15 января обер-прокурор Саблер получил от императора телеграмму: «Надеюсь, что Святейший синод сумеет настоять на немедленном отъезде епископа Гермогена и восстановить нарушенный порядок и спокойствие». Несмотря на воскресный день, обер-прокурор срочно созвал членов Синода, и они оформили «походный журнал», в котором епископу Ермогену предписывалось не позднее 16 января отбыть из Петербурга во вверенную ему епархию вместе с иеромонахом Илиодором. Однако ни указ Синода, ни уговоры посетивших Ярославское подворье Полтавского архиепископа Назария, Вологодского епископа Никона и обер-прокурора Саблера не заставили его подчиниться высшей духовной власти.
17 января члены Синода приняли решение об увольнении епископа Ермогена на покой с пребыванием в Жировицком Успенском монастыре Гродненской епархии. В Саратов решено было направить чиновника (бывшего обер-секретаря Синода) Петра Мудролюбова для ревизии епархии. В тот же день синодальное решение было утверждено императором. 22 января епископ Ермоген выехал из Петербурга в Слоним, откуда 24 января отправился в Жировицкий монастырь.
«Дело» епископа Ермогена, широко освещавшееся в прессе, вызвало резонанс в российском обществе. Отдельные дискуссии о нем прошли в Государственной думе в связи с рассмотрением сметы Святейшего синода. Решения и действия Синода критиковали представители практически всех думских политических партий.
В Жировицком монастыре епископу Ермогену отвели две комнаты. Одну из них позднее соединили с Никольским храмом, а в ее стене было устроено окно, через которое в сильные морозы можно было слушать богослужение. В Жировицах владыка занимался врачеванием и даже устроил палату для больных, специально приезжавших к нему. Его регулярно посещали саратовские почитатели, которые сожалели о его удалении с кафедры. Епископ Ермоген проповедовал в монастырском храме и выезжал с этой целью в близлежащие храмы.
Ввиду приближения фронта по просьбе главнокомандующего великого князя Николая Николаевича, оказывавшего епископу Ермогену покровительство, 25 августа 1915 году ему был назначен местопребыванием Угрешский Никольский мужской монастырь Московской епархии. В ноябре 1916 года епископ Ермоген самовольно выехал из Николо-Угрешского монастыря в Саратовскую епархию. Поездка была связана с деятельностью бывшего иеромонаха Илиодора, который после отречения от сана объявил себя основателем новой религии. Узнав о деятельности расстриги, епископ Ермоген составил воззвание и отправился в Саратовскую епархию, чтобы сообщить своей бывшей пастве о заблуждениях Илиодора.
8 марта 1917 года владыка Ермоген был утвержден епископом Тобольским и Сибирским. Февральскую революцию 1917 года владыка встретил настороженно. Он писал: «Я ни благословляю случившегося переворота, ни праздную мнимой еще "пасхи" (вернее же мучительнейшей Голгофы) нашей многострадальной России и исстрадавшегося душой духовенства и народа, ни лобзаю туманное и "бурное" лицо "революции", ни в дружбу и единение с ней не вступаю, ибо ясно еще не знаю, кто и что она есть сегодня и что она даст нашей родине, особенно же церкви Божией завтра».
Сохранился текст его «Толкования на "Откровение" Иоанна Богослова», написанный в Москве и датированный 5 мая 1917 года.
В июне епископ Ермоген присутствовал в Тобольске на торжествах в честь первой годовщины прославления святителя Иоанна Тобольского, но большую часть 1917 года он провел за пределами своей новой епархии. Принимал участие в работе первой сессии Поместного собора Православной российской церкви 1917-1918 годов. Был заместителем председателя соборного Отдела высшего церковного управления. Выступал за участие членов Собора в предпарламенте (Временный совет Российской республики, представительное собрание при Временном правительстве), хотя и считал его «болезненным, противоречивым государственным учреждением». Наблюдал своими глазами захват власти большевиками в Москве, что не могло не сформировать его отрицательного отношения к новой власти. В начале декабря 1917 года выехал из Москвы в Тобольск.
В деле управления Тобольской епархией епископ Ермоген обратился к собственному опыту организации религиозно-нравственных и внебогослужебных бесед в Саратове. 21 декабря 1917 года в здании Тобольского общественного собрания он провел чтение о необходимости церковных Соборов «как средства для упорядочения пришедших в расстройство дел церковных». С начала 1918 года в городских храмах Тобольска были организованы постоянные церковные беседы, которые велись проповедническим кружком, состоявшим не только из духовенства, но и из мирян. Кроме того, предполагалось организовать лекции по церковно-общественным вопросам и даже провести систематический круг лекционных чтений (в частности, по истории Русской церкви). Епископ Ермоген принимал активное участие в деятельности Тобольского Иоанно-Димитриевского братства, уделяя особое внимание необходимости оказания помощи солдатам-фронтовикам. Он резко отреагировал на декрет об отделении церкви от государства в январе 1918 года, обратившись к народу с воззванием, которое заканчивалось призывом встать на защиту веры.
Архиерейское служение владыки Ермогена в Тобольске совпало с пребыванием там в заточении по решению Временного правительства императорской семьи. Епископ Ермоген установил негласную связь с царской семьей, духовно поддерживал ее. 25 декабря 1917 года, после литургии в первый день Рождества, в Покровском соборе Тобольска в присутствии царской семьи было провозглашено им многолетие с титулованием императора и императрицы «величествами», а царских детей — «высочествами». Местные власти возбудили по этому поводу следствие. Из-за угроз революционно настроенных солдат расправиться с диаконом и священником Покровской церкви владыка отправил их в близлежащий Абалакский Знаменский монастырь.
В марте 1918 года Тобольский совет полностью перешел под контроль большевиков, которые старались доказать причастность епископа к «монархическому заговору». 22 апреля в Тобольск прибыл чрезвычайный комиссар ВЦИК К. А. Мячин для осуществления перевозки царской семьи в Екатеринбург. По предложению комиссара был произведен обыск в архиерейских покоях. Члены совета Иоанно-Димитриевского братства, опасавшиеся за жизнь архиерея, предложили епископу ночевать в Тобольском Знаменском монастыре, где находились покои викария Тобольской епархии, Берёзовского епископа Иринарха. Поэтому епископ в ночь на 27 апреля не присутствовал во время обыска в архиерейском доме, когда была осквернена домовая церковь. При обыске была найдена «переписка» епископа «с членами императорского дома», представлявшая собой записку с подписью: «Мария». Эта записка была названа принадлежащей перу императрицы Марии Феодоровны, хотя настоящий ее автор, некая Мария, даже указала свой домашний адрес.
27 апреля на заседание Тобольского епархиального совета, проходившее под председательством епископа Иринарха, пришли члены Тобольского исполкома во главе с матросом Хохряковым и потребовали передать епископу Ермогену, чтобы он явился на допрос, обещая архиерею неприкосновенность.
Утром 28 апреля владыка служил литургию в Тобольском соборе, после возглавил крестный ход. Из кремля он двинулся в подгорную часть Тобольска. Здесь служились молебны «о спасении погибающей родины». В крестном ходе участвовали оба епископа, все городское духовенство и масса народа. Их сопровождали красногвардейцы. Немедленно по окончании крестного хода епископ был арестован, а ночью вывезен из Тобольска.
С 1 мая содержался в Екатеринбургской тюрьме по обвинению в контрреволюционных действиях. В Екатеринбург прибыли представители Тобольского епархиального управления протоиерей Ефрем Долганёв, священник Михаил Макаров и присяжный поверенный мученик Константин Минятов. Их попытки вызволить епископа из заточения не увенчались успехом. После передачи собранного по требованию властей денежного залога за освобождение епископа члены делегации были арестованы и вскоре расстреляны. 24 июня, в день Святого Духа, красноармейцы разрешили епископу Ермогену совершить молебен в камере. Вместе с ним молились почти все заключенные. На следующий день владыка и 8 или 9 заключенных (в т. ч. священник Тобольской епархии Петр Карелин) были доставлены на вокзал, откуда поездом под конвоем направлены в Тюмень.
В Тюмени заключенных посадили на пароход «Ермак». У села Покровского мирян перевели на пароход «Ока» и вскоре высадили на берег и расстреляли. Епископ Ермоген и священник Петр остались на «Ермаке». Красноармейцы в это время готовились к сражениям с войсками Временного сибирского правительства, поэтому обоих священнослужителей привлекли к строительству укреплений. Епископ Ермоген был изнурен физически, но даже в этих обстоятельствах бодрость духа не покидала его. Таская землю и распиливая доски, он пел пасхальные песнопения. Вечером 28 июня владыку и священника посадили в трюм парохода «Ока», который шел вниз по реке Тобол по направлению к Тобольску, занятому уже белыми. Вскоре священника Петра Карелина вывели из трюма и сбросили в воду, привязав к телу камни. Когда «Ока» подошла к деревне Карбаны, в 173 верстах от Тюмени, на реке впереди показался корабль «Мария» белой флотилии. Красный пароход стал разворачиваться.
В 30 минут пополуночи 29 июня 1918 епископа Ермогена вывели на нос парохода, связали руки, прикрепили к ним камень и столкнули в воду. До самого последнего момента священномученик непрестанно молился и благословлял своих палачей.
Тело епископа Ермогена было обнаружено крестьянами села Усалка и похоронено неопознанным во временной могиле. В августе 1918 года, в ходе поисков тела епископа, останки были осмотрены приехавшей из Тобольска следственной комиссией, перевезены в село Покровское и временно захоронены в церковной ограде. Затем тело священномученика было облачено в архиерейские одежды и отправлено в Тобольск, где его торжественно встретили крестным ходом из всех городских церквей. У гроба епископа, установленного в Тобольском кафедральном соборе, служились панихиды и парастасы, к останкам, не поддававшимся тлению, прикладывались верующие. 15 августа епископ Иринарх (Синеоков-Андреевский) совершил отпевание. Епископ Ермоген был погребен в Иоанно-Златоустовском приделе собора на месте, где до обретения мощей находилась могила святителя Иоанна Тобольского.