Евгений Попов — сын псаломщика из села Хлебного Воронежской губернии. Начальное образование получил в церковно-приходской школе, а затем в Задонском духовном училище, которое закончил в 1899 году, будучи 20 лет.
Некоторое время был псаломщиком в одном из храмов епархии. Женился, в семье родился сын Михаил. В 1920-х годах в сане священника служил в Преображенском храме слободы Ольховатка Воронежской губернии. Тогда была кампания по изъятию церковных ценностей, которая не обошла и Преображенского храма. Священник призывал прихожан уберечь от поругания священные сосуды, но, несмотря на протесты, власти изъяли все предметы, так или иначе содержащие в себе драгоценные камни и металлы. В тот раз по отношению к священнику никаких репрессивных мер предпринято не было.
В 1922 году признал обновленческое Высшее церковное управление. После освобождения из под стражи в 1923 году патриарха Тихона (Беллавина), практически сразу вернулся под начало патриаршего управления. Противостоял обновленческому духовенству, призывая их к покаянию, прихожан же, в свою очередь, убеждал сохранять верность святейшему патриарху Тихону, как зримому символу церковного единства и стойкости перед лицом многочисленных испытаний.
В конце 1920-х годов овдовел.
В 1930 году был арестован и сослан на 3 года в Уральскую область. В 1933 году вернулся из ссылки в Воронежскую область и продолжил служить священником, совершал богослужения в домах верующих.
12 ноября 1935 года вновь был арестован по обвинению «в антисоветской агитации». 14 мая 1936 года был приговорен сессией Специальной судебной коллегии Воронежского облсуда в городе Россошь к 5 годам ИТЛ. Виновным себя не признал.
Сначала находился в тюрьме города Мичуринска, 30 октября 1936 года доставлен этапом на Нерехтский участок Волжского ИТЛ. В лагере работал сторожем на электростанции. В августе 1937 года на священника было заведено новое дело на основании доноса о том, что он «систематически проводит среди заключенных антисоветскую агитацию... распространяет клеветнические слухи о режиме и порядках на строительстве, является отказчиком от работы и призывает заключенных к организованным отказам» (групповое «дело священника Глеба Апухтина, Петра Григорьева и др. Волголаг, 1937 г.»). Виновным себя не признал.
22 сентября 1937 года был приговорен Особой тройкой при УНКВД по Ярославской области к расстрелу.
23 сентября 1937 года был расстрелян в Волголаге, похоронен в братской могиле.
