Философ Орнанский — сын священника с погоста Новая Ерга Череповецкого уезда Новгородской губернии (ныне Череповецкий район Вологодской области). Обучался в Кирилловском духовном училище и в Новгородской духовной семинарии. После окончания семинарии как лучший ученик был послан в Санкт-Петербургскую духовную академию. В 1885 году, будучи 25 лет, окончил Санкт-Петербургскую духовную академию со степенью кандидата богословия. В том же году женился, в семье родилось десять детей.
28 июля того же 1885 года рукоположен во священника митрополитом Петербургским Исидором ко храму в честь иконы Божией Матери «Утоли моя печали» при детском приюте принца Петра Ольденбургского в Санкт-Петербурге. Открытый как начальное учебное заведение для детей бедных родителей, приют впоследствии получил права мужского реального училища с тремя отделениями и женской гимназии с музыкальным отделением. Отец Философ был также назначен законоучителем.
Сразу же после рукоположения стал членом Общества распространения религиозно-нравственного просвещения в духе православной церкви, с которым впоследствии была связана вся его жизнь: в 1890 году он был избран членом совета общества, а 4 мая 1892 года — председателем общества, в этой должности он оставался двадцать шесть лет. Почетным членом общества был протоиерей Иоанн Сергиев — духовный наставник отца Философа. Все начинания и дела общества освящались благословением и молитвой кронштадтского пастыря.
В 1888 году был назначен членом Комитета Православного миссионерского общества,
В июле 1891 года он был приглашен для работы в комиссии по строительству церкви во имя преподобномученика Андрея Критского при Экспедиции заготовления государственных бумаг; 26 августа 1892 года по просьбе служащих экспедиции был назначен настоятелем этого храма.
В 1893 году был избран гласным Санкт-Петербургской городской Думы от духовенства и нёс свои полномочия до 1917 года. Одной из первых законодательных инициатив священника было издание положения о необходимости праздничного отдыха для торговых людей, «которое давало бы возможность торговым людям как молиться во время поздней литургии до совершенного окончания ее, так и посетить духовную беседу вечером; об открытии магазинов и лавок по праздникам в два часа дня и окончании торговли в пять-шесть часов вечера».
О. Философ принимал участие в устройстве в городе ночлежных домов, сиротских приютов, богаделен; его стараниями в Санкт-Петербурге и окрестностях было возведено 12 храмов, самый большой из них — храм Воскресения Христова у Варшавского вокзала. Кроме того, можно назвать церкви Петра и Павла в Лесном, преподобного Сергия Радонежского на Новосивковской улице, преподобного Серафима Саровского за Нарвской заставой, Предтеченский храм на Выборжской стороне, Герасимовскую церковь, Исидоро-Юрьевский храм.
В 1895 году он открыл на белильной фабрике беседы для рабочих. При содействии о. Философа открылось техническое училище, дававшее среднее образование и специальность по Экспедиции. О. Философ стал его начальником и одновременно законоучителем.
8 июня 1898 года с его помощью было основано Православное эстонское братство во имя священномученика Исидора Юрьевского.
14 ноября 1898 года был возведен в сан протоиерея за усердную и полезную деятельность на посту председателя Общества распространения религиозно-нравственного просвещения в духе Православной церкви и труды по построению трех храмов общества.
В 1899 году была открыта бесплатная библиотека-читальня имени М. В. Ломоносова, организатором и первым директором которой стал протоиерей Философ.
Был редактором и цензором таких столичных духовных журналов как «Санкт-Петербургский духовный вестник» (издавался с 1894 года), «Отдых христианина» (с 1901 года), «Православно-Русское слово» (с 1902 года).
В 1900 году был назначен членом комиссии о надлежащей постановке преподавания Закона Божия в средних учебных заведениях Министерства народного просвещения. Опираясь на свой личный опыт законоучителя и более широкий опыт пастырский, протоиерей Философ в ходе работы комиссии подготовил доклад «О способах развития и укрепления религиозных и нравственных начал в учащихся». Священника весьма беспокоило, что, несмотря на почти повсеместное преподавание Закона Божьего в школах, повсюду наблюдался едва ли не полный провал в деле религиозного воспитания учащегося народа. Одной из причин такого положения вещей он видел ту, что силой установившегося порядка вещей Закон Божий превратился в один из учебных предметов наравне с алгеброй, физикой и химией: «Необходимость выполнить программу толкает преподавателя к учебнику, а следование учебнику мало-помалу освобождает законоучителя от работы по предмету своего преподавания, и он обращается в ходячую номенклатуру готовых ответов на каждый вопрос, указанный в программе... И получается абсурд: законоучитель доказывает ученикам происхождение Священного Писания, говорит, что надо читать каждому христианину слово Божие, и при том — как читать, а сам никогда не читал с учениками этого Божьего слова и не следил за тем, чтобы и ученики читали "всем книгам книги". К сожалению, это — горькая правда, что учебник слишком властно взял нас в свои руки и вытеснил из школы не только живую работу учителя с учениками над усвоением умом и сердцем ведения Божественной истины, яже к животу и благочестию, но и самый источник этой истины — слово Божие. А пересох кладезь воды живой по отношению к нашей школе — чем напоить духовно жаждущих, чем оросить засохшие нивы сердец человеческих? Для оживления религиозно-нравственного воспитания в школе, необходимо освободить законоучителя от рабского следования программе, вывести его из положения преподавателя предмета в положение пастыря-духовника, вооруженного мечом слова Божьего, живого и действенного. Пора нам позаимствовать у иноверцев добрый обычай чтения в домах святой Библии, начиная чтение ее с должным толкованием в школе, привлекая к этому обычаю и воспитательский персонал... Пора бы подумать и об издании учебной Библии, которую бы можно было дать в руки каждому ученику и ученице».
В 1912 году был уволен с должности заведующего технической школой при Экспедиции заготовления государственных бумаг, в связи с чем лишился большей части жалования, и его материальное положение при большой семье стало весьма затруднительным; в 1913 году он обратился к министру финансов с просьбой компенсировать ту часть зарплаты, которой он лишался вместе с должностью. К этой просьбе присоединил свое ходатайство митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир (Богоявленский); ходатайство было удовлетворено. В 1913 назначен настоятелем Казанского кафедрального собора в Санкт-Петербурге.
Во время Первой мировой войны отец Философ отдал свою квартиру под лазарет для раненых воинов, а сам с семьёй переехал в небольшое казённое помещение. Неоднократно и сам он выезжал районы боевых действий, сопровождая транспорты с необходимыми воинам вещами и продуктами, стремясь всеми силами вдохновить и поддержать защитников Отечества.
Как гласный городской Думы от церкви, о. Философ занимался устройством ночлежных домов и помощью бедноте. «Но душу деятельности протоиерея Орнатского составляет, конечно, его любовь к проповеди, с которой тесно связано имя о. Орнатского в Петербурге», — писал митрополит Владимир (Богоявленский).
В Петрограде многие дорожили о. Философом. Любил его и о. Иоанн Кронштадтский, их объединяло не только духовное настроение и общественно-церковный темперамент, но и родство в обычном житейском смысле. Кронштадтский пастырь как-то попросил подыскать жениха для своей племянницы Анны — скромного семинариста. Так младший брат о. Философа, священник Иоанн Орнатский, вошел в семью кронштадского пастыря. Сам о. Иоанн Кронштадтский часто бывал в доме Орнатских. После обеда о. Иоанн, поднявшись из-за стола говорил: «Ну, Философ, идем, рассказывай мне...» Во время торжества по случаю двадцатипятилетия со дня рукоположения пришло более 200 телеграмм и поздравлений, в которых отмечались заслуги о. Философа. Во время революции 1905 г. , когда в городе начались беспорядки, о. Философ уговаривал свою паству сохранять верность государю и не слушать «заезжих проповедников». Сам же он проповедывал в самом опасном месте города — Нарвском районе; впоследствии когда батюшку арестовывали, то арестовывали его не чекисты Казанского района, а из соседнего — Нарвского; видно, жива была в них память о его деятельности в первую революцию.
В 1917 году во главе со священномучеником митрополитом Петроградским и Гдовским Вениамином (Казанским) был у истоков создания Союза церковного единения.
К 1918 г. в свои 58 лет о. Философ сохранил и приумножил талант проповедника и церковного деятеля. Он появлялся в самых опасных местах Петрограда. Выступал против отмены Закона Божия в школах, устраивал крестные ходы. В мае 1918 г. Петроград посетил патриарх Тихон. Именно протоиерей Философ Орнатский приезжал за ним в Москву и сопровождал патриарха до Петрограда.
Отец Философ был одним из ближайших сподвижников Вениамина (Казанского) которого, в бытность того студентом духовной академии, батюшка активно привлекал к проповеднической деятельности в рабочей среде Санкт-Петербурга. Узы духовной дружбы связывали его и с патриархом Тихоном.
Проповеднический дар батюшки привлекал искавших живого слова и он не раз призывал свою паству не принимать разлагающих идей большевизма, понимая, что православие является основой русской родной жизни, батюшка призывал интеллигенцию знать это: «Нашей интеллигенции надо стать русскою», — не уставал повторять он.
19 января 1918 года в Александро-Невской Лавре на его глазах был смертельно ранен муж сестры его жены, протоиерей Пётр Скипетров. Батюшка при его отпевании произнес проповедь, бесстрашно обличив большевиков. Неоднократно выступал он перед паствой с призывами к объединению русских людей вокруг храмов для защиты святынь. После убийства отца Пётра Скипетрова, батюшка организовал защиту святынь Александро-Невской Лавры, устроив к ней крестные ходы со всех храмов столицы.
По сведениям из Синодальной комиссии по канонизации святых, о. Философ был арестован после отслуженного им всенощного бдения в канун празднования памяти святого пророка Илии, 19 июля/1 августа 1918 года вместе с сыновьями: Николаем, Борисом и Владимиром.
Во время ареста он был совершенно невозмутим и спокоен. Прихожане собрались в многотысячную толпу и шли по Невскому проспекту на Гороховую в ЧК, требуя освободить своего пастыря. Делегацию верующих чекисты приняли, коварно обещая выполнить их требования. Но в ту же ночь батюшку перевезли в тюрьму города Кронштадт.
Протоиерей Философ был расстрелян вместе с тремя сыновьями. Точное время казни не установлено. По одним сведениям, это произошло Успенским постом, между 15 и 30 августа 1918 года. По другим данным, — около 30 октября 1918 года, вместе с другими 30 заключёнными офицерами. Место казни находилось, по одним предположениям в Кронштадте, по другим — неподалёку от Финского залива между Лигово и Ораниенбаумом. Тела расстрелянных, по-видимому, были сброшены в залив.
Есть несколько версий мученической кончины отца Философа, основанных на устных преданиях. Эти версии сходны в одном: он умер с молитвой к Богу. Читал ли он отходную или просил Господа простить убийц, которые не ведали, что творили, доподлинно неизвестно. Известно лишь, что он молился, стоя на коленях.
