Иннокентий Кикин — сын священника из села Ушково Каинского округа Томской губернии. В 1899 году 21-летний Иннокентий Кикин окончил курс Томской духовной семинарии. С 18 августа 1900 года служил псаломщиком. 3 декабря 1902 года назначен учителем подготовительных классов Томского духовного училища. Уволен в 1910 году с чином коллежского секретаря. 21 сентября 1910 года рукоположен во иерея и назначен настоятелем Свято-Никольского молитвенного дома с. Нижнекаменского Барнаульского уезда Томской губернии (ныне Нижнекаменка Ордынского района Новосибирской области). Отец Иннокентий открыл в селе церковноприходскую школу, организовал в приходе любительский хор. Пользовался уважением прихожан. В 1919 году, когда в селе был недостаток хлеба, священник использовал церковные средства, чтобы купить для крестьян хлеб по низкой цене. В августе 1919 года батюшка убедил начальника колчаковского отряда не проводить в селе карательную акцию.
В 1922 и 1929 годах подвергался кратковременным арестам.
Когда в 1930-х власти хотели закрыть церковь, о. Иннокентий активно противодействовал этому и начал ремонт храма, таким образом, его закрытие было задержано.
28 июля 1937 г. арестован в составе группы священников и мирян во главе с протоиереем Николаем Ермоловым по обвинению «в активной организованной контрреволюционной работе, распространении провокационных слухов о скором падении советской власти и организации диверсионных актов в колхозах», помещен в камеру предварительного заключения при Ордынском отделении милиции, 27 сентября этапирован в тюрьму г. Новосибирска. Проходил по делу «Сибирского церковно-монархического центра». Все арестованные (более 100 чел.) обвинялись в том, что, «имея непосредственную связь с руководителями контрреволюционного террористического шпионско-диверсионного центра церковников» в Западно-Сибирском крае митр. бывш. Новосибирским Никифором (Осташевским) и Новосибирским архиеп. Сергием (Васильковым), «проводили в Ордынском районе контрреволюционную повстанческую и подрывную работу», которую якобы возглавлял благочинный прот. Николай Ермолов; «формировали вокруг себя недовольные кулацкие повстанческие элементы на случай войны для ослабления тыла внутри страны путем восстаний». Священник Иннокентий Кикин виновным себя не признал.
1 октября 1937 года Особой тройкой при УНКВД по Западно-Сибирскому краю приговорен к расстрелу вместе с о. Николаем Ермоловым.
Расстрелян 26 октября 1937 года в Новосибирске, погребен в безвестной общей могиле.
