Иван Флеров — сын диакона из Нижнего Новгорода. 22 лет, в 1892 году, окончил Нижегородскую духовную семинарию по второму разряду. Служил учителем в Юринском начальном земском училище. В феврале 1895 года рукоположен во диакона Балахнинским епископом Алексием (Опоцким), а через несколько месяцев был рукоположен во иерея. Служил настоятелем храма архангела Михаила села Семьяны Васильсурского уезда Нижегородской губернии.
24 августа 1897 года утвержден председателем комитета по постройке деревянной, затем каменной церкви архангела Михаила (действует с 1912 г.) села Семьяны. В декабре 1905 года выбран депутатом Лысковского окружного духовного училищного совета. 1 января 1912 года — членом благочиннического совета 1-го округа Васильсурского уезда.
Арестован ЧК Васильсурского уезда в августе или сентябре 1918 года во время карательной экспедиции после крестьянского восстания в селе Быковка Васильсурского уезда, заключен в тюрьму города Васильсурска. В тюрьме от отца Иоанна требовали отречения от священного сана, но он отказался. Иоанн Флёров был приговорен к расстрелу.
По преданию, перед казнью прочитал над собой отходную молитву. О. Иоанна вывели на кладбище и велели копать могилу. Выкопав, он стал молиться. И когда кончил, сказал: «Я готов». После долгих истязаний был убит залпом в спину, погребен в безвестной могиле.
