Иван Ганчев родился в 1878 году в селе Сима Юрьевского уезда Владимирской губернии.
Окончил Петроградскую духовную семинарию. Во время учебы в семинарии посещал художественные курсы. В дальнейшем, уже будучи пастырем, в свободное время любил писать маслом пейзажи и картины на библейские сюжеты. В 1910 году был рукоположен в сан священника, и был направлен для прохождения пастырского служения в Азербайджан, был назначен настоятелем церкви в честь Боголюбской иконы Божией Матери села Александровки Кубинского уезда Бакинской губернии.
В 1911 году переведен настоятелем собора Рождества Богородицы г. Баку.
В доме отца Иоанна была собрана обширнейшая библиотека, под которую была отведена отдельная комната. Разносторонне образованный, играющий на фисгармонии, любящий рисовать, прекрасно разбирающийся в медицине, о. Иоанн все дарованные Богом таланты щедро раздавал людям. Будучи попечителем одной из больниц, он сам следил за добросовестным лечением больных. Нередко ему приходилось самому оказывать квалифицированную помощь прихожанам.
В 1920-е годы, по благословению правящего архиерея — епископа Павла (Вильковского), отец Иоанн покинул Баку и перебрался с семьей к родному брату, работавшему нотариусом в г. Ленкорани.
После смерти священника храма в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих радосте» с. Пришиба близ Ленкорани отца Алексия Пономарева отец Иоанн был назначен настоятелем этого храма. О. Иоанн сам расписывал свою церковь. В 1933 году власти закрыли храм. Отец Иоанн оставил семью в Ленкорани, а сам вернулся в Баку. Перед арестом работал эпидемиологическим фельдшером санитарной организации Октябрьского района в г. Баку.
В ночь на 20 марта 1933 года была арестована вся семья Ганчевых вместе с о. Иоанном. Ганчевы содержались в отдельных камерах строгого режима одной из бакинских тюрем: отца Иоанна, его жену, брата, сына и дочь, которым в то время было всего 18-19 лет. Узники вынуждены были спать на холодном бетонном полу, не имея возможности накрыться даже тонким одеялом. Из дома чекисты забрали всю одежду, документы, личные вещи.
10 сентября 1933 года «за контрреволюционную и шпионскую деятельность» и «намерение к нелегальному уходу за границу — в Персию из АзССР» отец Иоанн был осужден коллегией ОГПУ (по статье 58 УК п.п.6, 10, 12) и выслан в Казахстан сроком на пять лет. Подписывая обвинительный протокол, отец Иоанн написал: «душей и сердцем я всегда был против советской власти, но действиями своими — никогда».
Семья отца Иоанна, пробыв без предъявления какого-либо обвинения в тюрьме полгода, была освобождена, но вернуться им было уже некуда — их комната уже была занята неким «участником становления советской власти в Азербайджане». О судьбе отца дети о.Иоанна узнали лишь спустя 50 лет.
На месте ссылки в г. Чимкенте отец Иоанн был лишен права совершать богослужения. Корреспонденция подвергалась официальной цензуре. В марте 1936 года, по окончании ссылки, священник Иоанн Ганчев возвращался в Баку, где проживала его семья. По пути следования он был арестован, направлен в г. Чимкент, приговорен постановлением НКВД к лагерному заключению сроком на три года и отправлен в Карагандинский лагерь.
19 сентября 1937 года был арестован в лагере на основании того, что возглавил группу верующих, бывших священников, проводил службы, где распространял свое настроение против советского правительства: «Нужно желать и я очень хочу, чтобы фашисты разгромили большевиков в Испании. Это поражение коренным образом изменило бы ситуацию в СССР». Ганчев распространял сведения, что царь Николай не расстрелян, а проживает в Англии. В предъявленном обвинении виновным себя не признал«.
Решением тройки при УНКВД по Карагандинской области от 31 октября 1937 года был приговорен к высшей мере наказания — расстрелу.
Расстрелян 2 ноября 1937 года, захоронен в братской могиле на старом кладбище пос. Долинка Карагандинской области.