Иван Карабанов — сын крестьянина из села Герасимова Шаблыкинской волости Карачевского уезда Орловской губернии. В 1905 году по окончании Карачевской учительской семинарии 20-летний Иван Карабанов поступил на должность народного учителя, был учителем и заведующим училища министерства народного просвещения в селе Знаменское Болховского уезда Орловской губернии.
В 1915 году был мобилизован на военную службу и служил в 203-м пехотном полку. 1 января 1916 года был отправлен учиться в Александровское военное училище и по окончании его, 1 мая 1916 года, был назначен командиром взвода — сначала в учебную команду, а затем в качестве командира роты был отправлен на позиции воюющей армии под город Двинск.
Демобилизовавшись в 1917 году, он вернулся домой и работал учителем. В 1918 году был направлен в город Орел на курсы по подготовке учителей в высшие начальные училища.
В 1919 году он был призван в Красную армию, в которой служил в должности командира взвода и командира роты 2-го инженерного военно-рабочего батальона в городах Орле, Николаеве и Очакове. В 1921 году демобилизовался и снова стал работать учителем.
В 1922 году был рукоположен во священника ко храму в селе Гнездилово Знаменской волости Орловской губернии. Через некоторое время он был направлен служить в храм в село Хотьково Шаблыкинского района Орловской области.
В конце 1920-х — начале 30-х годов властями было принято решение о закрытии храмов под тем предлогом, что они мешают созданию колхозов. Объясняя необходимость репрессий, сотрудники ОГПУ писали: «В Брянский оперативный сектор поступили сведения о том, что в селе Хотьково Шаблыкинского района поп Карабанов и кулаки организовали вокруг себя группу из социально чуждых советскому государству лиц — кулаков и бывших торговцев и, собираясь в квартире попа, критикуют проводимые мероприятия советской власти и намечают свои действия по срыву последних, проводя систематическую контрреволюционную деятельность. Группа поставила себе задачей непримиримую борьбу с „безбожной советской властью“, взятие под свое влияние основной части крестьянства — середняков-бедняков, используя при этом религиозные предрассудки. Конкретные факты контрреволюционной деятельности группировки сводились к возбуждению недовольства и противодействия проводящимся мероприятиям советской власти, в особенности по религиозным вопросам».
6 января 1932 года ОГПУ арестовало отца Иоанна и членов церковного совета. Допрошенный на следующий день, священник ответил: «Во все время своей жизнедеятельности при существующей советской власти, при которой я и в должности народного учителя, и в должности командира взвода и роты в Красной армии защищал умом, словом, действием — грудью и штыком интересы пролетариата в войнах 1919-1921 годов против врагов — Деникина и Врангеля, я и в настоящем своем положении служу народу и его благосостоянию и благоустройству и содействую его благополучию в укреплении и расширении социалистического строя советской власти. Пребывая среди народа земледельческого, интересы коего связаны с единоличным пользованием земли и единоличием своего хозяйства, я по возможности растолковывал, указывая на выгоду коллективизации. Но народ, не видя еще благоустроенных колхозов, не решается в своей массе в селе Хотьково идти в колхоз. Отсутствие до сих пор благоустроенных по хозяйственному состоянию вокруг села Хотьково колхозов является главным тормозом того, что крестьяне-землеробы села Хотьково до сего времени не организовали еще колхозного хозяйства. И середняки, и бедняки все желают видеть своими глазами благоустроенный вокруг себя колхоз. „Тогда и мы, — говорят хотьковцы, — все пойдем в него“. Что же касается мнения о поступлении в колхоз отдельных лиц, то таковые мотивируют нерасположение идти в колхоз, во-первых, тем, что еще пока нет при селе Хотьково организованного хозяйства, что не видят они благоустройства и в расположенных вокруг села колхозах, во-вторых, говорят они, пусть желающие организовывать колхоз покажут на опыте хорошую благоустроенную жизнь крестьян-землеробов, тогда и мы пойдем в колхоз».
21 января состоялся второй и последний допрос священника, на котором отец Иоанн показал: «По существу предъявленного мне обвинения в возглавлении контрреволюционной церковнической кулацкой группировки и проведении систематической агитации против проводящихся хозяйственных политических кампаний виновным себя частично признаю, но дополняю, в чем конкретно признаю свою частичную виновность. Иногда в сторожке церкви — моей квартире мы собирались для обсуждения вопросов ремонта церкви, ограды и других хозяйственных нужд и дел по церкви. Присутствовали я, ктитор, председатель церковного совета, псаломщик, монахиня и кто еще, я сейчас не помню. Заседания церковного совета мы ни разу не устраивали. На подобных собраниях мы иногда обсуждали вопрос о налоге на церковь, политические вопросы, как, например, о колхозном строительстве. Эти собрания происходили, кроме моей квартиры, в доме ктитора, в церкви после службы. Конкретно указать время и место я сейчас затрудняюсь и не могу припомнить. По вопросу ремонта мы говорили, что сейчас трудно достать необходимые материалы, их почти нет нигде, а если есть, то стоят очень дорого, надо искать выход, а иначе могут закрыть церковь. По колхозному вопросу что говорилось, я никак не могу припомнить. Наш приход охватывает деревни Мешково, Околенки, Башкарево и Хотьково. Я на религиозные праздники бывал там с молебнами, в подобных хождениях принимали участие я, ктитор, псаломщик, монахиня и председатель церковного совета. Во время хождения с молебнами в домах мы политических разговоров не касались и нигде не говорили о колхозном строительстве и других мероприятиях советской власти. В церкви после службы ктитором неоднократно делались извещения о получении новых налогов; выражений его, то есть конкретных слов, сейчас не помню. Я лично о налоге не говорил. Иногда мне верующие задавали вопросы о вступлении в колхоз, на что я им отвечал: «Надо идти». Подобные вопросы мне задавались в домах, где я был с молебнами, и в сторожке. Указанных мне конкретных фактов антисоветских разговоров с моей стороны не было. Со стороны же арестованных вместе со мной, о их мнениях и разговорах, касающихся мероприятий власти, я сказать ничего не могу«.
28 февраля 1932 года тройка ОГПУ приговорила священника к восьми годам заключения в концлагерь. Отец Иоанн был отправлен в Темниковский исправительно-трудовой лагерь в Мордовии.
В 1937 году были заведены новые дела на священнослужителей, находящихся в заключении. 25 августа в поселке Явас, где располагался 3-й отдел Темниковских лагерей, сотрудниками НКВД была составлена справка на отца Иоанна на основании показаний лжесвидетелей, причем сам обвиняемый на допросы не вызывался, ему уже только перед расстрелом было объявлено, к чему он приговорен. 30 августа тройка НКВД приговорила отца Иоанна к расстрелу.
Священник Иоанн Карабанов был расстрелян 5 сентября 1937 года и погребен в безвестной общей могиле.