Иван Хрусталев — сын диакона села Богородское Серпуховского уезда Московской губернии, закончил Перервинское духовное училище, затем поступил в Московскую духовную семинарию, которую закончил в 1898 году, 23 лет. Женился на дочери священника, у них родилось восемь детей. В 1900 году был рукоположен во диакона к Головинскому женскому монастырю, где прослужил два года, а затем был переведен в храм Рождества Пресвятой Богородицы села Владыкино под Москвой.
В 1915 году овдовел.
В 1917 году после смерти протоиерея Иоанна Протопопова, по ходатайству прихожан был рукоположен во пресвитера и назначен настоятелем владыкинского храма. Позднее был возведен в сан протоиерея.
Несмотря на призывы новой власти оставить служение и закрыть церковь, отец Иоанн не только продолжил службы в храме, но и нарушал запрет на посещение домов односельчан для отправления треб. Когда давление со стороны власти усилилось, чтобы не подвергать семью опасности, священник ушел из дома в маленькую сторожку на церковном дворе и продолжил служить. В воскресные дни храм был полон. Семья заботилась об отце Иоанне. Маленькая внучка Лида приносила еду, дочери стирали одежду.
Одна из дочерей о. Иоанна вышла замуж за домоуправа Григория Румянцева, который был человеком беспутным и пьющим, часто затевал конфликты и распространял о себе слухи, будто он негласный сотрудник НКВД и может способствовать аресту любого человека. Противник Церкви, он давно хлопотал перед властями, чтобы храм в селе Владыкино был закрыт и отдан под клуб. В 1937 году его вызвал к себе начальник районного НКВД и потребовал, чтобы он подписал лжесвидетельства на некоторых людей для их последующего ареста. Григорий согласился подписать документы на клир храма Рождества Пресвятой Богородицы: тестя-священника, диакона и псаломщика. Однако от него потребовали, чтобы он подписал бумаги и еще на многих людей. Григорий не согласился и предложил иные кандидатуры, предполагая с помощью НКВД свести с ними счеты, но начальник районного отдела НКВД заявил, что, если тот не подпишет, что от него требуют, то будет сам арестован. В октябре 1937 года в редакцию газеты «Рабочая Москва» пришел донос на Григория Румянцева; он обвинялся в том, что отпущенные для ремонта дома средства использовал для ремонта своих помещений, а, кроме того, что он «бывший офицер, сын торговца, окружив себя "своими" людьми, родственниками, ведет политику озлобления масс... выдает себя за бывшего секретного сотрудника и что он может каждого изолировать в 24 часа, кто посмеет выступить против него». Заявление было отправлено в НКВД, и 20 октября последовало распоряжение допросить доносчика.
19 ноября 1937 года про. Иоанн Хрусталев был арестован по обвинению в «контрреволюционной агитации террористического характера против руководства страны».
— Следствию известно, что вы вместе с Румянцевым, Станиславлевым и Некрасовым среди рабочих проводили контрреволюционную агитацию, а также распространяли в среде верующих провокационные контрреволюционные слухи о советской власти.
— Нет, я виновным себя не признаю, никаких контрреволюционных разговоров я среди верующих не проводил.
5 декабря 1937 года тройка НКВД приговорила протоиерея Иоанна Хрусталева к расстрелу, протодиакона Сергия Станиславлева, псаломщика Николая Некрасова и оговорившего их Григория Румянцева — к десяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере. 10 декабря 1937 года о. Иоанн был расстрелян в Бутово.