Иван Малиновский родом из села Поймичье Ярославской губернии. После окончания духовной семинарии он был рукоположен в сан священника и служил в церкви села Новые Горки Лежиевского района Ивановской области. Позднее был возведен в сан протоиерея.
В 1930-е годы был обвинен в «контрреволюционной агитации» и приговорен к пяти годам ссылки в Казахстан. Ссылку отбывал в поселке МайскоеБескаргайского района Павлодарской области в Казахстане, где уже не очень молодому священнику приходилось в тяжелых условиях работать на руднике.
25 ноября 1937 года 56-летний о. Иоанн был арестован в ссылке. Проходил по групповому делу «Архимандрита Григория (Ребезы) и др. г. Павлодар, 1937 г.». На вопрос следователя о том, какой контрреволюционной деятельностью он занимался в ссылке, священник ответил: «Контрреволюционной работой я при нахождении в ссылке в поселке Майском не занимался, богослужений не проводил».
1 декабря 1937 года тройкой при УНКВД по Восточно-Казахстанской области был приговорен к высшей мере наказания — расстрелу.
Расстрелян 2 декабря 1937 года в 2 часа ночи в Павлодарской обл. Казахстана. Погребен в безвестной могиле.
