Иоанн Мельницкий — сын крестьянина из деревни Шатеево Вышневолоцкого уезда Тверской губернии.
В 1899 году, будучи 21 года, окончил третий класс Тверской духовной семинарии, после чего ему пришлось оставить учебу ради помощи отцу в его крестьянском хозяйстве, но мысль посвятить себя целиком служению Богу не оставляла Ивана Мельницкого, и он подал прошение о рукоположении в священный сан.
5 мая 1907 года он был определен исправляющим должность псаломщика к церкви села Воротилова Бежецкого уезда, а 19 июня 1908 года утвержден в этой должности.
21 ноября 1908 года рукоположен в сан диакона к той же церкви. Все это время он был учителем и законоучителем в Воротиловской церковноприходской школе и законоучителем в Новинской земской школе. Он был не раз отмечен начальством, как писалось в наградных документах, «за безвозмездное и усердное преподавание Закона Божьего».
Летом 1918 года был переведен в храм села Илова Вышневолоцкого уезда.
В 1930 году был лишен домашнего хозяйства, подспорья для семьи — супруги и шести детей, причем младшим детям было всего семь и пять лет. 9 марта 1930 года за неуплату налогов о. Иоанн был приговорен к двум годам заключения в исправительно-трудовой лагерь.
Освободившись 20 марта 1932 года из Завидовской трудовой колонии, о. Иоанн подал архиепископу Фаддею (Успенскому) прошение с просьбой определить его в один из храмов епархии. В 1933 году он получил место в селе Тальцы Кировского района Калининской обл., куда за ним переехала и его семья.
15 октября 1937 года он был арестован и на следующий день допрошен. Были допрошены председатель колхоза имени Сталина и местный комсомолец. Они показали: «В 1937 году в июле месяце, в религиозный праздник, среди населения села Тальцы он агитировал: «Граждане, сколько бы вы в колхозах много ни работали, все равно лучше вам от этого не будет, живете вы в нищете и изменения к лучшему в вашей жизни при советской власти не ожидайте, вспомните о Боге, придите все в церковь в этот праздник и помолитесь о скорейшей перемене к лучшему и отдохните, в праздник работать грешно». В результате его контрреволюционной агитации все колхозники колхоза имени Сталина прогуляли два дня в самый разгар полевых работ. В 1937 году в августе месяце 15 дня, также в религиозный праздник, он призывал население села Тальцы в эти дни не работать в колхозе, говоря: «Трудна ваша жизнь, колхозники, и только объединившись все вокруг церкви нашей, мы можем улучшить жизнь нашу, придите и помолитесь о скорой перемене существующей власти». В этот праздник колхозники под влиянием его подрывной антисоветской агитации прогуляли все также два дня в самый разгар уборочных полевых работ, чем нанесен значительный ущерб материальному хозяйству колхоза имени Сталина. На данные церковные праздники приезжали колхозники не только из Талицкого сельсовета, а также из Молотовского и Соколовского сельсоветов, в результате контрреволюционной и антисоветской агитации Мельницкого. Срыв полевых работ получился по целому ряду колхозов. В 1937 году, 23 сентября, на общем собрании в селе Тальцы по вопросу о самообложении Мельницкий выступил и заявил: «Советская власть очень много дерет с сельского населения, обкладывает всевозможными налогами и самообложением, а населению и так трудно жить».
В тот же день следователь допросил отца Иоанна.
— Вы арестованы за контрреволюционную деятельность, дайте правдивые показания о вашей контрреволюционной деятельности, изложите факты, — сказал следователь.
— Никакой контрреволюционной деятельности я не проводил и виновным себя не признаю, — ответил о. Иоанн.
— Следствие располагает данными, что вы в 1937 году, в июле месяце, среди населения села Тальцы вели антиколхозную агитацию.
— Никакой антиколхозной агитации я не вел, а приходилось говорить с отдельными гражданами, что в колхозах живете неладно, голодно, и если плохие условия у нас созданы в жизни, то это может быть для того, чтобы после жить лучше, и говорил, чтобы в праздники не работали.
— Следствие располагает данными, что вы в 1937 году, в августе месяце, среди населения села Тальцы вели контрреволюционную агитацию антисоветского и пораженческого характера на религиозной почве.
— Никакой контрреволюционной агитации антисоветского и пораженческого характера я среди населения не вел, а при разговорах с отдельными гражданами призывал посещать церковь и говорил: «Если хотите, чтобы вашу церковь не закрыли, то надо посещать ее как можно чаще».
— Следствие располагает данными, что вы в 1937 году, в сентябре месяце, на общем собрании в селе Тальцы по вопросу о самообложении выступили с антисоветской и антиколхозной агитацией.
— На данном собрании я присутствовал, но ни с какой антисоветской и антиколхозной агитацией я не выступал, так как ушел домой, не дожидаясь конца собрания.
Уже на следующий день следствие было закончено, материалы переданы на рассмотрение Тройки НКВД, а сам о. Иоанн переведен в тюрьму города Осташкова.
1 ноября тройка при УНКВД по Калининской области приговорила его к расстрелу.
Расстрелян 3 ноября 1937 года.
