Иван Поммер — сын латышского крестьянина с хутора Илзессала Праулиенской волости Латвии. В августе 1887 года 21-летний Иван Поммер зачисляется в Рижскую духовную школу, окончив которую, в 1891 году поступает в Рижскую духовную семинарию. Уже тогда Иоанн отличался твердостью в вере. В июне 1897 года он окончил полный курс семинарии. В 1897-1899 годах был учителем в Ляудонской приходской школе, а с 1899 по 1900 — в Либаве (ныне Лиепая). Затем с 1900 по 1904 года учился в Киевской духовной академии, которую окончил с отличием и степенью кандидата богословия. Здесь, в 1903 году принял монашество по совету праведного Иоанна Кронштадского, 23 сентября 1903 года был рукоположен в сан иеродиакона, а 13 июля 1904 года в сан иеромонаха. Во время учебы в академии руководил пением академического хора.
С 1904 года — преподаватель Священного Писания в Черниговской духовной семинарии. Быстро стал известен как талантливый педагог. С 1906 года — инспектор Вологодской духовной семинарии. Проявив твёрдый характер, участвовал в успешном наведении порядка в этой семинарии в период революционных волнений, что способствовало его быстрому продвижению по службе. 26 сентября 1907 года был возведен в сан архимандрита архиепископом Вологодским, и вскоре назначен ректором Литовской духовной семинарии и настоятелем Виленского Свято-Троицкого монастыря. Благодаря неустанным заботам и самоотверженному труду архимандрита Иоанна семинария неузнаваемо преобразилась.
11 марта 1912 года хиротонисан во епископа Слуцкого, викария Минской епархии. Хиротонию в Александро-Невской лавре возглавили митрополит Московский Владимир (Богоявленский) и митрополит Киевский Флавиан (Городецкий). В 1912 году совершал епископское служение в Одессе. 4 апреля 1913 года назначен на вновь открытую викарную кафедру Екатеринославской епархии, с титулом епископа Таганрогского и Приазовского. Уже на этой кафедре владыка подвергся лживым обвинениям и заточению. Когда епископа заточили в тюрьму, масса народа крестным ходом подошла к темнице и требовала освобождения своего святителя. Не будучи в состоянии противостоять людям, гонители выпустили владыку Иоанна из темницы и, сопровождаемый верной паствой, с пением молитв архипастырь отправился в собор служить благодарственный молебен. 7 (20) сентября 1917 года назначен епископом Старицким, викарием Тверской епархии.
С 22 апреля 1918 года — епископ Пензенский и Саранский, позднее был возведен в сан архиепископа. Здесь ему пришлось вести борьбу с «народной церковью» организованной в Пензе лишённым сана архиепископом Владимиром (Путятой) — одной из первых неканонических церковных группировок обновленческого типа, которая, при поддержке большевиков, разрушала епархиальную жизнь. Еретичествующие раскольники захватили кафедральный собор Пензы и основные храмы.
К новому месту служения в Пензу архиепископ Иоанн прибыл во вторник на Страстной седмице 1918 года. Верующие встретили его с любовью и окружили знаками самого трогательного внимания, поселив в загородном мужском монастыре во избежание внезапного нападения. Живоцерковники собирались в Великий четверг захватить Петропавловскую церковь города, но владыка Иоанн вдохновенной проповедью обратил колеблющихся следовать за Христом и истинной Церковью. Уже первые службы привлекли к нему сердца множества верующих.
Большевистская власть с самого начала отнеслась к новому архипастырю крайне враждебно. У владыки произвели тщательный обыск, учинили допрос, но не нашли даже повода для преследований. Раскольнический лжеепископ и поддерживающие его чекисты, видя свое полное поражение, решили убить архиепископа Иоанна. Вечером в четверг Светлой седмицы в мужской монастырь вошли два чекиста, сломали двери и один из нападавших выстрелил в упор в стоящего посреди кельи архиепископа. Но монах спрятавшийся сбоку двери, ударил стрелявшего по руке и пуля попала владыке в ногу, нанеся лишь небольшую рану, в то время как другие иноки ударили в набат. В келью собрались сбежавшиеся на набат рабочие которые хотели на месте совершить самосуд над покушавшимися, и только решительное вмешательство епископа спасло им жизнь.
Большевики не оставили своих намерений расправиться с архипастырем. В мае 1918 года они открыли артиллерийский огонь по Преображенскому монастырю, где пребывал архиепископ, и несколько снарядов попали в кельи, смежные с кельей владыки Иоанна, не причинив ему вреда. В сентябре 1918 года был произведен тщательный обыск в келье и канцелярии архиепископа Иоанна, не давший никаких результатов, а сам владыка был увезен в губчека на очную ставку. В храмах уже было начали служить панихиды по «новопреставленному» архиепископу Иоанну, но в этот раз большевики отпустили его.
В праздник Усекновения главы Иоанна Предтечи раскольники предприняли попытку захвата Петропавловской церкви, но владыка вдохновил народ на защиту храма. Тогда архиепископа Иоанна арестовал ЧК, он был заключен в темницу и приготовлен к расстрелу. Но народ Божий требовал освобождения архипастыря и в последний срок, около часу ночи в день назначенной казни, ему было объявлено, что он свободен. За время заточения святого исповедника безбожные власти упразднили все органы епархиального управления, но вскоре владыке удалось добиться восстановления епархиального совета и прочих органов.
28 июля 1919 года архиепископ Иоанн был вызван в военный комиссариат, где его подвергли рекрутскому осмотру и признали годным к военной службе, зачислив в тыловое ополчение. По ходатайству приходов епархии явка в ополчение была на время отсрочена. Посещение приходов епархии было невозможно без особого разрешения гонителей. К Пензе приближалась Белая армия и гонения на Церковь ужесточились, были арестованы виднейшие церковные служители.
В это время по приглашению приходов архиепископ отправился в длительную поездку по епархии. Народ с радостью встречал своего архипастыря. Богослужения проходили с большим духовным подъемом и при стечении огромных масс народа. По возвращении в Пензу, в октябре 1919 года, владыку вновь арестовали, оклеветав в участии в придуманной чекистами контрреволюционной организации.
В то время арестованных подвергали жесточайшим пыткам, некоторые не выдерживали мучений и клеветали не только на себя, но и на других невинных. Так был оклеветан и расстрелян иподиакон владыки. Эта же участь была уготована и святому. Но владыка потребовал пересмотра дела в Москве. Переведенный в московскую тюрьму, он был помещен в одной камере с уголовными преступниками. Один из свидетелей его заключения рассказывал, что однажды ночью в тюремную камеру был доставлен обмороженный в опьянении преступник. Увидев архиепископа, он начал цинично издеваться, но был остановлен сотоварищами, которые сказали ему, что это архиепископ Пензенский. Владыка, полный христианского милосердия к новому обитателю камеры, отогрел его, кормил и ухаживал за ним. Христианское отношение пробудило в падшем человеке добрые чувства, и он стал помощником святого. Вместе они переносили на носилках тифозных больных, ухаживали за лежащими в беспамятстве, с риском для собственной жизни совершая подвиг христианского милосердия.
В Москве делом архиепископа занялся сам председатель секретно-оперативного отдела ВЧК. Гонители собрали всю клевету, когда-либо воздвигавшуюся на владыку, но не смогли доказать вины и в марте 1920 года архиепископ Иоанн был оправдан.
Владыка Иоанн уврачевал раскол в Пензенской епархии, и патриарх назначил его архиепископом Рижским и Митавским. Пензенские клирики и миряне не хотели отпускать его, но ввиду неотступности просьб латвийской паствы святитель Тихон дал окончательное согласие на отъезд архиепископа Иоанна в Латвию, удостоив его благодарственной грамоты за самоотверженный и плодотворный труд на различных местах служения в России.
В 1921 году владыка Иоанн вступил в управление епархией и по его ходатайству Латвийская церковь получила широкую автономию оставаясь в составе Церкви российской: данное решение было утверждено 21 июня 1921 года патриархом Тихоном, Синодом и Высшим церковным советом.
Владыка Иоанн пользовался большим авторитетом среди православных верующих — как латышей и так и русских. В 1923 на соборе Православной церкви в Латвии был принят её устав, обеспечивающей всем членам церкви без различия национальностей, предусмотренные канонами права.
В 1926-1931 годах владыка состоял депутатом латвийского сейма, в котором активно защищал интересы православной церкви и нередко вступал в конфликты с представителями левых партий. В 1926 году он добился принятия закона о юридическом положении Православной церкви в Латвии, в котором говорилось, что она имеет право «свободно и открыто проводить в жизнь» православное вероучение. Церкви и её учреждениям принадлежали права юридических лиц, гарантировались имущественные права церкви, разрешалось создание религиозных школ, учреждение православных обществ и союзов, а решения духовной власти в канонических делах не подлежали обжалованию в светских учреждениях. Во исполнение этого закона уже 1 декабря 1926 была вновь открыта Рижская духовная семинария. Кроме того, владыка решительно выступал в защиту интересов русского населения Латвии. При его участии были приняты законы, регламентирующие открытие русских учебных заведений, основные русские школы и гимназии стали получать пособия из фонда культуры. Увеличилось количество русских учебных заведений, были открыты народные библиотеки, улучшено положение в дошкольном образовании.
Здоровье архиепископа было подорвано непосильными трудами и тяжелыми условиями жизни. Страдая телесными недугами, он был вынужден переехать на архиерейскую дачу у Кишозера. Здесь архиепископ Иоанн был убит в ночь на 12 октября 1934 года. Архиепископа привязали к снятой с петель двери и подвергли на верстаке страшным пыткам. Все свидетельствовало, что ноги святого жгли огнем, в него выстрелили из револьвера и живого предали огню.
Существовали три основные версии причин гибели владыки. Согласно первой, принятой в советское время, он был убит сторонниками латвийского лидера Карлиса Ульманиса за то, что выступал за сохранение канонических связей с Московским патриархатом, так как после гибели владыки Иоанна Латвийская церковь перешла под омофор Константинопольского патриархата. Однако объективные доказательства этой версии отсутствуют — в латвийской политике владыка Иоанн был скорее союзником правительства в борьбе против левых сил.
Вторая версия связана с конфликтами внутри Латвийской церкви, в том числе с разногласиями между владыкой Иоанном и общественной организацией Русское студенческое христианское движение. В ходе расследования убийства архиепископа некоторые члены этой организации были арестованы, деятельность самого движения на территории Латвии запрещена. Однако и эта версия не нашла подтверждения.
Наиболее распространённая версия связывает убийство архиепископа Иоанна с деятельностью советских агентов. Обращается внимание на тайные связи главы Латвийской церкви с православными верующими в СССР, от которых он получал информацию о гонениях на религию — это могло вызвать недовольство представителей советской власти. Кроме того, как политический деятель Латвии и депутат сейма, архиепископ Иоанн был последовательным антикоммунистом и критиком просоветских сил в своей стране. Существует предположение, что вечером 11 октября владыку навестил приехавший в Ригу знаменитый певец Леонид Собинов, и убийцы могли ворваться в дом, когда архиепископ открыл ему дверь. Сам Собинов вскоре скоропостижно скончался в номере гостиницы в Риге, причём советское полпредство запретило делать вскрытие умершего, а причиной смерти объявили разрыв сердца. Тело покойного быстро перевезли из гостиницы в здание полпредства, а затем траурным поездом отправили в Москву. Однако и эта версия основана на предположениях и косвенных доказательствах.
