Иван Преображенский — сын псаломщика села Васильевского Вологодской губернии. 17 лет, в 1897 году окончил Вологодское духовное училище и в том же году был назначен псаломщиком в Тошнинскую Васильевскую церковь в Вологодском уезде, а в 1904 году рукоположен во диакона к этой церкви. В 1906 году был переведен во Власьевскую церковь в Вологде.
В 1920-х годах этот храм был закрыт, и диакон Иоанн был направлен в храм в честь великомученицы Параскевы Пятницы.
В 1929 году диакон с женой и тремя малыми детьми были выселены из дома как семья священнослужителя, и власти потребовали от жены, чтобы она развелась с мужем. Чтобы отвести от детей угрозу преследований, она с согласия мужа исполнила это требование, и с этого времени семья стала жить отдельно на средства, которые тайно передавал им отец Иоанн. В 1930 году власти закрыли и этот храм, и диакон был назначен служить в храм Рождества Богородицы, настоятелем которого был протоиерей Константин Богословский.
28 апреля 1934 года имел «привод в милицию» по розыску бухгалтера Смирнова.
В мае 1937 года в местных газетах появилось сообщение, что постановлением Вологодского горсовета от 4 мая 1937 года Богородское кладбище, на котором находился храм Рождества Богородицы, закрывается в связи со строительством вторых железнодорожных путей и реконструкцией железнодорожного узла; погребения на нем прекращаются с 15 мая, останки будут перенесены на другие кладбища, и летом 1939 года кладбище должно быть уничтожено. Это сообщение взволновало прихожан храма и служивших в нем священников, которые увидели во всем этом всего лишь предлог для закрытия сначала кладбища, а затем и самого храма, так как прокладке параллельных железнодорожных путей кладбище нисколько не мешало. Более сотни жителей Вологды, чьи родственники были погребены на Богородском кладбище, подписали письмо во ВЦИК, в котором они поясняли, что строительство железнодорожных путей, в соответствии с приложенным ими к заявлению планом, не может служить причиной для закрытия кладбища.
26 июня 1937 года на всенощную под праздник Всех святых в храм Рождества Богородицы прибыл назначенный управляющим Вологодской епархией епископ Иоанн (Соколов). Духовенство Вологды было убеждено, что епископ Иоанн является секретным сотрудником НКВД. Настоятель храма протоиерей Константин Богословский, подойдя к архиерею, сказал: «Согласно каноническим правилам... мы вас архиереем не считаем». И отошел от владыки. Никто из стоявших в алтаре священников и членов причта не подошел к епископу взять благословение, всю службу он тихо простоял в алтаре, а затем незаметно покинул Вологду и поехал на новое место назначения в Архангельск.
Вскоре после этого эпизода в ночь на 30 июня священники, диаконы и некоторые из прихожан были арестованы, среди них был и диакон Иоанн Преображенский. Он проходил по групповому делу «Дело Богословского К. А. и др. Вологда, 1937 г.».
О. Иоанн был допрошен всего единожды, 2 июля. Следователь спросил, кого из священнослужителей он знает в Вологде. Диакон ответил, что знает всех, кто служит с ним в храме на Богородском кладбище. После этого следователь ему заявил:
— Среди населения города Вологды вы вели контрреволюционную агитацию. Дайте ваши откровенные показания.
— Контрреволюционной агитации я не вел.
В августе, когда вошло в действие сталинское распоряжение о массовых репрессиях, были спешно допрошены дежурные свидетели, один из которых заявил, что диакон Преображенский является участником «сбора подписей среди населения под "протестом" о закрытии кладбища в 1937 году; среди духовенства и населения клеветал на руководителей партии и правительства... агитировал: "Из церковных риз делают тапочки да мебель в театрах обивают, а мы, духовенство, ходим оборванные"».
Диакону Иоанну предъявили обвинение в том, что он якобы является участником контрреволюционной церковно-монархической группы в городе Вологде. Ведет непримиримую борьбу против советской власти и проводимых мероприятий. Распространяет контрреволюционные клеветнические измышления.
19 сентября 1937 года тройка НКВД приговорила его к десяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере.
Скончался 11 июня 1938 года в Каргопольском лагере и был погребен в безвестной могиле.
