Иван Шишев родился в 1865 году в селе Пироговском Камышловского уезда Пермской губернии. В 1880 году окончил Далматовское духовное училище, в 1886 году — Пермскую духовную семинарию. Женился.18 декабря 1887 года был рукоположен во иерея. Назначен служить к Вознесенской церкви села Крестовского Камышловского уезда.
В 1892 году отец Иоанн получил единовременное пособие от Камышловского отделения Епархиального комитета по сбору пожертвований в округе для голодающих.
12 марта 1893 года переведен в Покровскую церковь Камышловского уезда при Колчеданской женской общине. С того же года был законоучителем и заведующим действовавшей при общине церковноприходской школой для девочек (в начале XX века начальное образование в ней получили 115 из 148 насельниц верхотурского Покровского женского монастыря). О. Иоанн неоднократно получал высокие отзывы о своей работе от епархиальных наблюдателей церковноприходских школ. С 26 августа 1894 по апрель 1895 года был духовным следователем по 2-му округу Камышловского уезду.
Состоял членом Православного миссионерского общества (с 1889), братства святого праведного Симеона Верхотурского (1901-1910).
20 апреля 1900 года переведен на первую священническую вакансию в Георгиевскую церковь села Мироновского Верхотурского уезда. С ним вторым священником служил священномученик Иоасаф Панов. Отец Иоанн также был законоучителем и заведующим церковноприходской школой в деревне Липинской Оханского уезда Пермской губернии. Состоял членом-соревнователем Общества взаимного вспомоществования учившим и учащим в церковноприходских школах и школах грамоты Екатеринбургской епархии, основанного в конце 1902 — начале 1903 года. Основной задачей общества было оказание помощи учителям школ, попавшим в трудное материальное положение.
18 сентября 1902 года назначен катехизатором по 2-му округу Верхотурского уезда на 1903 г. Состоял членом Палестинского православного общества, в 1904-1907 гг. участвовал в сборе пожертвований в его пользу. В 1904-1905 гг. был отмечен обществом за проведение 12 чтений.
Летом 1918 года в числе местного клира был обвинен в причастности к выступлениям жителей села Мироновского против мобилизации в ряды Красной армии. По воспоминаниям отказ от мобилизации, возможно, был вызван предположением, что из жителей села Мироновского и окрестных деревень хотят сформировать карательный отряд. Красноармейцы, сосредоточив на берегу р. Реж несколько отрядов с пулеметами, вошли в село с требованием немедленно подчиниться мобилизации.
26 августа 1918 года священник Иоанн Шишев был расстрелян близ села Мироновского. Сохранилось несколько разных свидетельств о его кончине. В газете «Уральская жизнь» от 20 октября 1918 года сообщалось, что к священникам Иоанну и Иоасафу пришли по доносу об антисоветской агитации пять вооруженных красноармейцев и приказали ехать в штаб полка на станции Егоршино. Священников сопровождали сыновья Владимир Шишев (вернулся из австрийского плена) и Сергей Панов (белогвардеец). За селом расстреляли всех, кроме Владимира, который остался сидеть на лошади «как бы окаменелый, потеряв рассудок». По воспоминаниям З. Ф. Недзельской, отца Иоанна привезли «на повозке на некую большую поляну, где к тому времени было собрано много священников», вместе с которыми он был расстрелян. Согласно местному преданию, три священника, среди которых был о. Иоанн, были расстреляны на развилке дорог, идущих в деревню Лягушину и село Егоршино Ирбитского уезда Пермской губернии.
Возможно, этот рассказ совпадает с сообщением в газете «Уральская жизнь».
Владимир Шишев получил разрешение на захоронение тела отца в селе Мироновском, в ограде Георгиевской церкви. При строительстве водонапорной башни останки священника были обнаружены и перезахоронены близ стены церкви, где, вероятно, в настоящее время находятся.
