Иван Смирнов был одним из пяти сыновей псаломщика Алексия Смирнова, все они стали священниками. Иван закончил Рязанскую духовную семинарию, в 1904 году, ему шел 32 год, был рукоположен во священника к зарайскому Никольскому собору. В Зарайске отец Иоанн поселился с семьей в деревянном доме на территории городского кремля. В соборе в то время находилась знаменитая чудотворная икона Николы Зарайского. В храм стекались щедрые пожертвования, в нем хранились старинные рукописные и старопечатные богослужебные книги, серебряная и золотая утварь — вклады великих князей, знатных воевод и бояр. В теплое время года отец Иоанн служил в летнем Никольском соборе, в холодное — в зимнем Иоанно-Предтеченском храме. На торжественные богослужения собиралось до тысячи богомольцев. Отец Иоанн стал настоятелем Никольского собора, был возведен в сан протоиерея и назначен благочинным церквей Зарайского округа, а в 1930 году награжден митрой.
В 1922 году из церквей города были изъяты многие ценные вещи и иконы. Некоторые удалось спасти. По предложению директора краеведческого музея и члена церковного совета И. П. Перлова часть драгоценной церковной утвари и древние рукописные и печатные книги были переданы на хранение в музей.
В 1928 году по распоряжению властей были закрыты Никольский собор и Иоанно-Предтеченская церковь. Протоиерей Иоанн был назначен служить в Спасо-Преображенскую церковь в том же городе и стал хлопотать об открытии собора, начав сбор подписей верующих. Власти эти хлопоты священника и прихожан представили в обвинительном заключении таким образом:
«В Коломенский окружной отдел ОГПУ поступили сведения, что группировка церковников, бывших людей и торговцев распространяла среди населения города и деревни контрреволюционные слухи о скорой гибели советской власти и подготовляла массовое выступление против закрытия собора. Контрреволюционная деятельность вышеуказанной группы берет свое начало с момента закрытия собора в городе Зарайске. Вопрос закрытия собора обсуждался на всех собраниях предприятий, и было вынесено решение ходатайствовать перед высшей властью о предоставлении собора под клуб. Просьба рабочих ВЦИКом была удовлетворена, и собор подлежал изъятию. Незначительная отсталая часть рабочих в связи с закрытием собора стала проявлять недовольство властью. Этим моментом воспользовались церковники, повели среди верующих антисоветскую агитацию за удержание собора. По инициативе попа Смирнова несколько раз созывался церковный совет. Еще не имея точных сведений о его закрытии, решили на первом собрании верующих общины, в которую входили исключительно бывшие люди, бывшие и настоящие торговцы города Зарайска, женщины и мужчины окружающих деревень престарелых возрастов, сделать информацию.
Сделав информацию о предполагаемом закрытии собора, вышеупомянутая группа стала проводить закрытую контрреволюционную агитацию среди городского и деревенского населения, например: в мае 1928 года по инициативе попа Смирнова и церковного совета в соборе была проведена антисоветская агитация за удержание собора путем бесплатной раздачи портретов Николая Чудотворца, с указанием, сколько лет иконе и сколько времени она находится в соборе.
Для лучшей агитации среди населения в летние месяцы 1928 года по инициативе попа Смирнова и членов церковного совета соборная икона чудотворца Николая носилась по всем деревням бывшего Зарайского уезда с совершением богослужений, где поп Смирнов говорил: "Чудотворная икона Николая святая, ее нужно чтить, она творит чудеса". Об этом же он неоднократно говорил в соборе во время проповеди. Такая агитация среди населения проводилась до 1929 года.
В феврале 1929 года вопрос о закрытии собора ВЦИКом был решен окончательно в пользу рабочих. Узнав об этом из газет, церковники повели открытую контрреволюционную агитацию среди населения, для чего созвали собрание членов общины (присутствовало до ста человек), на котором объявили верующим решение ВЦИКа, что собор подлежит закрытию, и обратились с воззванием ко всем присутствующим принять активное участие в недопущении закрытия собора путем агитации среди рабочих и крестьян, призывать их к защите собора и даче своих подписей, заявляя: "Чем больше будет подписей, тем больше будем иметь шансов на выигрыш, так как высшая власть с этим посчитается и оставит собор за нами".
Эта агитация среди несознательной отсталой части рабочих и крестьян нашла свое отражение. В результате этой агитации община, насчитывающая в себе около ста пятидесяти членов, возросла в несколько раз».
В феврале 1930 года сотрудники ОГПУ арестовали протоиерея Иоанна Смирнова и вместе с ним членов церковной общины, всего одиннадцать человек. На допросе следователи стали спрашивать священника о его отношении к советской власти и к закрытию ею собора. Вопросы были составлены так, что и положительными ответами, и отрицательными следователи могли воспользоваться для обвинения священника; Отец Иоанн решил отвечать уклончиво: «С июня 1904 года я проживаю в городе Зарайске беспрерывно и выполняю обязанности священнослужителя Спасо- Преображенской церкви. В 1917 году и по настоящее время к партийным течениям не примыкал и никакого участия в их работе не принимал. Происхожу из духовного звания, из имущества ничего никогда не имел, кроме домашней обстановки и одежды. В религиозном отношении я примыкаю к староцерковникам (тихоновцам). К изъятию церковных ценностей в 1922 году отношусь безразлично — не был за то, чтобы церковные ценности были изъяты, и не был за то, чтобы их оставляли. К закрытию собора в Зарайске я также относился безразлично. К советским мероприятиям отношусь сочувственно, так как это вызывается ходом исторических моментов, и против таких мероприятий я не шел и считаю их вполне нужными и необходимыми. Против мероприятий советской власти я никогда не шел и контрреволюционных агитаций не проводил. Виновным себя я ни в чем не признаю».
30 апреля 1930 года тройка ОГПУ приговорила протоиерея Иоанна к трем годам ссылки в Северный край.
После ареста священника власти в Никольском соборе сначала разместили музейную экспозицию, но затем бесценная церковная утварь и древние рукописи были вывезены и в храме разместился архив НКВД. Иоанно-Предтеченская церковь была обращена в кинотеатр.
Жена священника, Зинаида, с пятью детьми была выселена из церковного дома. Они скитались по городу, просили милостыню, дети, чтобы выжить, выполняли самые разные работы. Однажды утром Зинаида открыла дверь и увидела на пороге узелок с продуктами, к которому не было приложено никакой записки. То же самое повторилось и на второй день, и на третий, и в последующие дни, до тех пор, пока одной из дочерей не удалось получить постоянную работу, что несколько облегчило их положение. Им так и не удалось узнать, кто был их благодетель, Зинаида всегда считала, что это помощь угодника Божия святителя Николая.
По возвращении из ссылки отец Иоанн был назначен настоятелем Спасо- Преображенского храма в Зарайске.
В 1937 году по требованию властей секретные осведомители стали собирать сведения о возвратившихся из ссылки священниках. Один из них писал об отце Иоанне, будто тот говорил: «Всему тому, что пишут в советской печати, верить нельзя. Советская власть только что и живет за счет обмана, иначе ее давно бы свергли. Кричат, что народу весело и хорошо живется, а в магазинах в городе сахара нет, тогда как в старое время им скот кормили. На что только смотрит народ, ведь это нужно иметь адское терпение, чтобы переносить такие муки и терзания, неужели они не образумятся?»
«11 августа в Спасской церкви в Зарайске состоялась так называемая торжественная служба, на которую собралось шесть попов, — писал другой осведомитель. — До начала службы Смирнов, обращаясь к попам, сказал: "Советская власть опять возвращается к арестам 1930 года; в городе Москве арестовали архиерея Иоанна и много священников. Вот вам и конституция, вот вам и неприкосновенность личности... мы репрессий бояться не должны, а должны стоять твердо на своем посту"».
В середине августа 1937 года следователь допросил лжесвидетелей, которые подписали показания, им составленные. 20 августа сотрудники НКВД арестовали отца Иоанна и обвинили в том, что он высказывает гнусную контрреволюционного характера клевету на советскую власть, призывает население при выборах в советы голосовать против коммунистов, высказывает пораженческие настроения против советской власти, террористические настроения против коммунистов.
— Следствию известно, что вы среди населения города Зарайска вели контрреволюционную работу, доказывали, что в Советском Союзе жизнь тяжела...
— Верующие сами неоднократно обращались ко мне с жалобами на тяжелую жизнь. Я верующим разъяснял, что они терпят все муки и тяжести сами от себя и что Господь Бог послал им это для испытания, как православным.
— Следствию известно, что вы 11 августа 1937 года в помещении Спасской церкви говорили присутствующим о репрессиях в городе Москве против духовенства в связи с предстоящими выборами в советы. Признаете это?
— Действительно, 11 августа в Спасской церкви я говорил присутствовавшему духовенству, что в городе Москве начались аресты духовенства, в частности арестован протоиерей Лебедев, и говорил, что опять начались аресты, как в 1930 году. Этим самым я хотел предупредить духовенство, чтобы они были осторожнее.
— Следствию известно, что вы среди населения города распространяли гнусную контрреволюционную клевету на советскую печать. Признаете вы это?
— Нет, это я отрицаю. Я говорил лишь о репрессиях против духовенства и тяжелой жизни населения.
— Вы намерены дать откровенные показания по существу предъявленного вам обвинения в контрреволюционной агитации и выказывании повстанческих и террористических настроений?
— Нет, виновным себя в этом я не признаю. Я лишь рассказывал в кругу зарайского духовенства об аресте ряда священников и утверждал, что советская власть и коммунисты опять начали гонения на Церковь, на нас, ее служителей.
На этом допросы были окончены, и священник был перевезен в Москву в одну из тюрем НКВД. 8 сентября тройка НКВД приговорила отца Иоанна к расстрелу. Протоиерей Иоанн Смирнов был расстрелян на следующий день, 9 сентября 1937 года, и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово.
