Иван Троянский — сын священника из поселке Новокленского Козловского уезда Тамбовской губернии.
В 1879 году 17-летний Иван Троянский окончил II Тамбовское духовное училище, в 1885 году — Тамбовскую духовную семинарию. Женился. На пятом курсе семинарии, 10 сентября 1884 года был рукоположен в сан диакона, а затем во священника. Служил на приходах Тамбовской епархии.
В 1922 году овдовел и был пострижен в монашество.
22 декабря 1922 года, не разобравшись в сути обновленчества, был рукоположен во обновленческого епископа Сасовского. Хиротонию в Заиконоспасском монастыре совершили еп. Антонин (Грановский) и еп. Краснослободский Александр, викарий Пензенской епархии.
В Сасове еп. Иоанн жил с конца декабря 1922 года по 30 апреля 1923 года, затем был назначен исполняющим должность правящего Тамбовского епископа. На обновленческом соборе 1923 года не был, поэтому не принял участия в осуждении патриарха Тихона.
В конце сентября 1923 года вернулся из Тамбова в Сасово, которое к тому времени перешло в ведение Рязанской обновленческой епархии.
15 января 1924 года ушел за штат.
Личное покаяние перед патриархом принес в октябре 1924 года. 18 ноября 1924 года прервал отношения с обновленцами, за что был ими запрещен в священнослужении. В начале 1925 года, согласно резолюции патриарха Тихона, епископ Иоанн принес покаяние перед народом, и архиепископ Рязанский Борис (Соколов) совершил над ним чин присоединения к Церкви.
Как ставленник епископов старого поставления был принят в сущем сане и указом от 3 марта 1925 года назначен епископом Акмолинским и Петропавловским, викарием Омской епархии. Вместе с правящим Омском архиепископом Виктором (Богоявленским) боролся против обновленчества. 30 марта 1927 года викариатство преобразовано в самостоятельную епархию. В 1928 году указом № 172/7 учреждено викариатство при Петропавловской епархии в г. Акмоле. В первой половине 1930 года был назначен епископом Бугурусланским, назначение вскоре было отменено.
9 марта 1932 года был назначен на новообразованную Рыбинскую кафедру. Но власти не простили ему ухода от обновленцев, и вскоре по прибытии в Рыбинск он был арестован и приговорен к трём годам ссылки за «контрреволюционную деятельность». Жил в Калинине (ныне Тверь).
22 ноября 1932 года постановлением Временного священного синода РПЦ по причине «продолжительного отсутствия» на кафедре и «по болезненному состоянию» был уволен на покой и назначен в распоряжение Калининского архиепископа сщмч. Фаддея (Успенского), а Рыбинская епархия включена в состав Ярославской.
По возвращении из ссылки поселился в городе Торопце Тверской области.
27 мая 1934 года назначен временным управляющим Великолукской и Торопецкой епархии, 24 июня 1935 года утвержден в должности. Получив с большим трудом от гражданских властей регистрацию и разрешение на богослужение в храмах города, он старался служить как можно чаще, за каждым богослужением обращаясь к молящимся с проповедью. Боролся с обновленчеством, при нем в Православие вернулись 4 обновленческих прихода Торопца. В условиях ужесточения репрессий ходатайствовал о передаче закрытых церквей Торопца общинам верующих.
В январе 1936 назначен Осташковским, викарием Тверской епархии. Продолжал жить в Торопце.
Недоброжелатели доносили в НКВД, что он в своих проповедях говорит о несомненном бытии Бога, о том, насколько большое значение имеют в нашей жизни святость и святые, а также чудотворные иконы; чудеса, совершаемые по молитвам святых и по обращении верующего к чудотворному образу, — это факты. Но мало этого, он заманивает в церковь гостинцами и печеньем детей. Так например, в Вознесенской церкви он посреди храма раздавал детям конфеты и пряники.
23 июля 1937 года был арестован и заключен в Торопецкую тюрьму.
— Следствие располагает документами, что вы у себя на дому исполняете религиозные обряды. Вы подтверждаете данные следствия? — Да, подтверждаю, я действительно допустил однажды по усопшему отслужить панихиду в своем доме. Кроме этого, я регулярно у себя на квартире проводил вечерние и утренние службы, — ответил епископ. — Ваши взгляды на обновленчество? — По каноническим правилам обновленчество — это ересианство, обновленчество зародилось давно, оно борется за новшества в жизни духовенства; безусловно, православная церковь с обновленчеством борется. — Ваше личное влияние на обновленчество по Великолукской епархии? — Личного видимого влияния на обновленчество мною не проявлялось, тем не менее за последнее время по Великолукской епархии прибавилось четыре церкви тихоновской ориентации за счет обновленчества. — Следствие располагает данными, что вы как епископ с целью привлечения к церкви людей детского возраста практиковали в своей деятельности раздачу конфет, печенья детям, находясь в церкви и на улице. Вы эти данные подтверждаете? — Да, признаю, что я... иногда раздавал детям конфеты, печенье, находясь в церкви и на улице. В основе при этом у меня была жалость к детям; как нищему каждый православный подает копеечку, так и детям, я считаю, нужно оказывать внимание и заботу. — Вы допускали в своей деятельности проповеди вне стен церкви? — Да, признаю себя виновным, что я произносил проповедь религиозного содержания вне стен церкви.
Вызывались свидетели — из тех, кто готов был лжесвидетельствовать против епископа.
«Троянский, посещая церковь, произносит проповеди контрреволюционного содержания; так в начале июля 1937 года Троянский, будучи в Вознесенской церкви, говорил: „Апостол Павел страдал за веру христианскую, и ему были не страшны ни пытки, ни казни, а мы изменяем вере, боясь репрессий“. Троянский систематически ведет борьбу с обновленчеством, в результате тринадцать священников перешло в тихоновскую ориентацию. В мае месяце, будучи в гостях у гражданина Федорова Михаила, Троянский критиковал современные моды в СССР и говорил, что эти моды неизбежно приведут к вырождению юношества».
В справке, составленной по требованию НКВД, председатель Торопецкого горсовета написал, что епископ принимал активное участие в ходатайстве об открытии закрытых церквей города Торопца.
31 августа 1937 года постановлением Тройки НКВД по Калининской области приговорен по ст. 58-10 УК РСФСР к расстрелу.
Расстрелян 4 сентября 1937 года. Погребен в безвестной общей могиле.
