Христофор Надеждин — сын священника села Нижний Белоомут Зарайского уезда Рязанской губернии. Первоначальное образование получил в Зарайском духовном училище, в 1889 году, будучи 20 лет, окончил Рязанскую духовную семинарию и был определен учителем пения и чистописания в Донское епархиальное училище. 20 ноября 1891 года он был назначен на должность надзирателя училища.
В 1892 году поступил в Московскую духовную академию, ему была предоставлена стипендия архиепископа Донского и Новочеркасского Макария. Усиленное занятие учебными предметами, а также желание глубокого их изучения и одновременно изучение материалов для кандидатской диссертации, начатое им почти сразу же после поступления в академию, привели к резкому расстройству здоровья, и врач академии настоял, чтобы его отправили на лето 1895 года в Самарскую губернию для лечения кумысом.
Учась в академии, Христофор Надеждин подружился с Иваном Успенским, взгляды которого на аскетический подвиг, на непрестанную борьбу с помыслами, на ревностное служение Богу были ему самому очень близки.
В 1897 году окончил Московскую духовную академию и защитил диссертацию на тему «Очерк истории православной полемической против раскола литературы ХVII и начала ХVIII веков (до учреждения Святейшего синода)», получив за нее степень кандидата богословия. Исполняющий должность доцента Московской духовной академии Илья Громогласов писал в отзыве на эту работу: «Обращаясь к оценке рассматриваемого сочинения, нельзя не отозваться с большой похвалой прежде всего о замечательном научном трудолюбии автора: его интерес и усердие к делу далеко превышают мерку обычных требований, предъявляемых к кандидатской диссертации... Признавая необходимым дать своему исследованию возможную полноту в подборе изучаемого материала, он не только собрал и обследовал в библиографическом отношении все известные в печати полемические памятники взятой эпохи... но и успел отыскать частью в академической библиотеке, а главным образом в различных книгохранилищах Москвы и Петербурга, иногда в нескольких списках, немалое число новых источников, доселе остававшихся совершенно неизвестными исследователям»
По окончании академии ее ректор, епископ Феодор, предложил Христофору Надеждину место миссионера в Новочеркасске, но престарелые родители, обеспокоенные возможной разлукой с сыном, настояли, чтобы он получил место служения в непосредственной близости от них.
10 февраля 1899 года Христофор Надеждин поступил на должность законоучителя земской школы в родном селе Нижний Белоомут. 23 февраля 1900 года он был назначен заведующим школьными религиозно-нравственными чтениями по воскресным и праздничным дням. 22 апреля того же года он получил назначение на должность заведующего женской церковноприходской школой села Нижний Белоомут. 10 июля 1900 года рукоположен во диакона епископом Рязанским Полиевктом (Пясковским), а на следующий день рукоположен во священника к Преображенской церкви села Нижний Белоомут.
23 июня 1902 года был назначен священником в Предтеченскую церковь в Староконюшенном переулке в Москве и законоучителем гимназии имени Медниковых.
10 июля 1906 года был переведен в храм мученика Иоанна Воина, в котором он и прослужил до своей мученической кончины. Также нес послушание законоучителя, сначала в женской гимназии Ломоносовой, а впоследствии в женской гимназии Гельбик.
В течение 1915-1916 годов проводил внебогослужебные беседы с народом, на которых присутствовало иной раз до трехсот человек. Всего приход храма мученика Иоанна Воина насчитывал в то время около двух тысяч человек. 3 января 1921 года был назначен благочинным Замоскворецкого сорока.
4 марта 1922 г. священник произнес в храме проповедь, в которой сказал, что наступившая разруха есть следствие нравственного падения народа, а также прочел 12 марта в храме воззвание патриарха Тихона об изъятии церковных ценностей. 23 марта 1922 года был арестован, а через три дня — допрошен. Отвечая на вопросы следователя, он сказал:
«Виновным себя в агитации против постановления ВЦИКа об изъятии церковных ценностей не признаю. Моя проповедь 4 марта 1922 года за всенощным бдением — это объяснение церковного названия наступающего воскресного дня — Недели Православия. Мы с вами заурядные чада Православной Церкви. К чему приводит практически непослушание Церкви? — К разрухе, которую мы и наблюдаем в нашей современной жизни. До такой степени мы упали нравственно теперь, что справедливо грядет на нас суд Божий, этот суд выражается, может быть, и в предполагаемом ВЦИКом изъятии церковных ценностей для оказания помощи голодающим и в том, что изъятые вещи могут не попасть на помощь голодающим. Воззвание патриарха Тихона в моей приходской церкви и в церквях благочиния читалось, в моей церкви мною лично — 12 марта после литургии... Воззвание патриарха было мне доставлено до двух раз: в первый раз в четырех экземплярах, во второй раз в двух экземплярах — в том и другом случае через неизвестных мне лиц, но, несомненно, от высшей церковной власти, то есть или от Патриарха или от архиепископа Никандра[d]. Мною через верующих воззвание было разослано по церквям благочиния».
На вопросы обвинителей в зале суда отец Христофор отвечал:
«Воззвание патриарха Тихона я огласил и считаю его религиозным. Контрреволюционного в нем ничего не вижу. 4 марта в церкви я произнес проповедь религиозного характера, в которой говорил, что мы пришли к упадку и что изъятие ценностей есть грядущий суд Божий за наши грехи».
7 мая отец Христофор произнес в зале суда последнее слово: «По моему мнению, человек, который бывает в храме, слышит слово Божие, должен помогать бедным... Я считал своим святым долгом призывать свою паству к этой священной обязанности, и не проходило ни одного большого праздника, чтобы я не призывал помогать голодающим; я принимал пожертвования; по отношению к приходу я не позволял себе получать плату за требы... Отделение Церкви от государства я приветствую... приветствовал всегда. В ту минуту, когда Церковь отделяется от государства, священник становится свободнее... Я никогда не старался возбуждать мою паству, я старался внести успокоение».
После того как было рассмотрено заявление обновленческого епископа Антонина (Грановского) во ВЦИК с просьбой о помиловании приговоренных к расстрелу, 18 мая на заседании политбюро слушали заключение Троцкого по приговору. По делу об изъятии церковных ценностей в Москве было решено: «Относительно ниже перечисленных лиц — (московских благочинных священника о. Христофора Надеждина и о. Александра Заозерского; священника Василия Соколова, иеромонаха Макария (Телегина) и мирянина Сергея Тихомирова — необходимо прийти к заключению, что по обстоятельствам дела по характеру их личности не имеется данных, могущих повлиять в сторону смягчения приговора, поскольку: «Надеждин Христофор, кроме непосредственного участия... совместно с другими благочинными определенно и сознательно... под религиозным флагом активно призывал (к сопротивлению изъятию церковных ценностей) и произносил проповеди...»
18 мая 1922 года политбюро утвердило предложение Троцкого — расстрелять пять человек из 11, ранее приговоренных к расстрелу. Протоиереи Василий Соколов, Христофор Надеждин, Александр Заозерский, иеромонах Макарий (Телегин) и мирянин Сергей Тихомиров остались приговоренными к расстрелу. После утверждения приговора заключенных перевели в камеру смертников, где они пребывали до своей мученической кончины.
Расстрелян 26 мая 1922 года в Москве. Священников расстреливали вместе с группой других заключенных. Чтобы нельзя было узнать в них лиц духовного звания, их остригли и обрили. Могильщики рассказывали, что тела их были привезены на Калитниковское кладбище и здесь захоронены.
