Макарий Квиткин — крестьянский сын из города Орска Оренбургской губернии, закончил учительскую семинарию и несколько лет работал учителем в сельских школах в Орском уезде. В 1904 году женился, в семье было пятеро детей.
В 1914 году, 32 лет, рукоположен во диакона ко храму села Верхняя Павловка Оренбургской губернии. В 1917 или 1918 году был рукоположен во священника, служил в городе Новотроицк и селе Верхняя Павловка.
В 1920 году переведен в молитвенный дом села Александровки Орского уезда Оренбургской губернии. В 1924 году о. Макарий построил в селе деревянную церковку, но власти в том же году ее закрыли.
В 1925 году переехал с семьей в Оренбург и стал служить в храм во имя преподобного Серафима Саровского в Форштадте, пригороде Оренбурга, куда был приглашен как принципиальный противник обновленцев, известный бескомпромиссностью в отстаивании православия. В двадцатых годах храм был закрыт, и о. Макарий стал служить в Николаевской церкви в Форштадте.
Первое время о. Макарий с семьей жил у трех сестер монахинь, а затем снял у вдовы квартиру и купили небольшой участок земли, на котором была баня, и собирались построить там дом. Но к вдове вскоре переехал ее сын-коммунист и потребовал, чтобы священник покинул их дом. Пришлось отцу Макарию приспосабливать под жилье баню. Выбросив из нее лишнее, он переложил печь, пристроил к ней небольшие полати, поставил стол, кровать и сундук для одежды. Спать приходилось на сундуке, на полатях и на полу; маленькая комната служила семье священника и кухней, и столовой, и спальней.
Баня находилась в нескольких кварталах от храма, где служил отец Макарий, и когда священник шел с детьми на службу, на улице их встречали пионеры и бросали в них песком, а иногда и камнями. Но отец Макарий велел детям не отвечать на это. О. Макария много раз вызывали в ОГПУ, требовали отречься от церкви и сана. Предложили однажды через областную газету отречься от Бога и сана, признать себя человеком, «одурманивающим» народ «религиозным мракобесием», а взамен пообещали место учителя, а может быть, и директора школы. Но о. Макарий категорически отказался. Тогда стали угрожать репрессиями по отношению к нему и к детям, но он сказал, что ему смерть не страшна, а детей он вручает воле Божией, но обет, данный Богу, не нарушит.
В 1930 г. церковь закрыли. О. Макарий был лишен избирательных прав.
В январе 1931 года в Оренбургской области было арестовано сто пятьдесят семь человек — девять священников, двадцать семь монахов и сто двадцать один мирянин. Среди других был арестован 21 января 1931 года и священник Макарий Квиткин. Арест происходил ночью, обыск продолжался до четырех утра, но ничего подозрительного найдено не было.
Священника обвинили в том, что он не совершал венчаний тех, кто оформил развод у гражданской власти и вступил в новый брак, считая эти браки прелюбодейными, а также в том, что за богослужениями он возносил имя только местоблюстителя митрополита Петра.
23 января следователь допросил священника. Отец Макарий сказал, что венчаний разведенных гражданской властью не совершал, считая это противоречащим указанному в Священном писании, а что касается непоминания за богослужениями имени митрополита Сергия (Страгородского), то принципиальных суждений у него на этот счет нет, — во всяком случае, у него не было намерения разорвать молитвенно-канонические отношения с митрополитом Сергием.
6 марта 1931 года следствие было закончено. Всех арестованных обвинили в том, что они будто бы создали единую контрреволюционную религиозную организацию с центром и филиалами.
«В филиалы входили, — писали следователи в обвинительном заключении, — в первую очередь церковники, фактически порвавшие общение с митрополитом Сергием на почве враждебного отношения к его "лояльной" политике по отношению к советской власти. К моменту ликвидации организация охватила своим влиянием шесть районов и города Самару и Оренбург. По 59 населенным пунктам, которые были поражены влиянием организации, в составе ее находилось до четырех тысяч крестьянских дворов. В общем числе членов организации находилось значительное количество середняков и бедняков... Такого массового охвата организацией руководящий центр достиг путем широкого использования религиозных предрассудков фанатично настроенной массы верующих, при одновременном распространении пораженческих слухов».
26 марта 1931 года тройка ОГПУ приговорила обвиняемых к различным срокам заключения, и среди них тридцать шесть человек — к расстрелу, в том числе и отца Макария. Трое приговоренных были расстреляны вскоре после приговора в ночь на 31 марта.
Жена и дети отца Макария во все время нахождения его под следствием регулярно носили ему в тюрьму передачи и с десятками других родственников находящихся в тюрьме заключенных часами ждали, когда администрация тюрьмы примет продукты. Но когда 4 апреля они принесли очередную передачу, ее не приняли, ничего не объяснив. Люди не разошлись, толпой сгрудившись у тюремных ворот, — и вот, в три часа пополудни всех ожидающих от ворот тюрьмы отогнали и оттуда вывели группу заключенных — тридцать три человека: священников, монахов и монахинь, и среди них отца Макария. Увидев жену и детей, он издали помахал им рукой. Заключенных довели до здания ОГПУ, а бегущим за ними родственникам приказали идти домой, сказав, чтобы они приходили на следующий день к девяти часам утра, и тогда им все скажут. Кто ушел, кто остался ждать около здания. Несколько сотрудников ОГПУ, выскочив из помещения охраны, арестовали всех, кто оказался поблизости и, проведя через проходную, посадили на эту ночь в подвал. Среди арестованных были супруга и дочь отца Макария.
Священник Макарий Квиткин был расстрелян вместе с другими приговоренными 5 апреля 1931 года в половине пятого утра, ему было 48 лет. Тела казненных были тогда же тайно вывезены из здания ОГПУ и погребены в общей безвестной могиле. Утром матушку и дочь о. Макария отпустили, им выдали справку о том, что о. Макарий умер в тюрьме. Тело для погребения отказались выдать.