Михаил Исаев родился 11 января 1875 года в селе Крыловке Пензенского уезда и губернии. В 1894 году успешно окончил курс Пензенской учительской семинарии. 1 августа того же года принят на должность учителя земской школы села Большой Самовец Липецкого уезда, а 1 сентября того же года был переведен на ту же должность в село Студенки того же уезда.
В 1899 году женился. В марте 1901 года выдержал экзамен по синодальной программе на степень диакона и был определен на служение в храм Рождества Христова села Студенки. С 1901 по 1910 год состоял учителем церковноприходской школы.
Проживал в Липецке, служил диаконом в Рождественском храме села Студенки. Придерживался тихоновской ориентации.
19 мая 1935 года арестован. Поводом для его ареста послужил протест прихожан Рождественского храма против снятия колоколов. Проходил по делу «Дело епископа Уара (Шмарина). Липецкая епархия, 1935 г.»
11 сентября 1935 года осуждён по обвинению в «участии в к/р группе, возглавляемой епископом Уаром (Шмариным Петром Алексеевичем)» и приговорен к 5 годам лишения свободы. Наказание отбывал в Мичуринской тюрьме.
7 февраля 1937 года отправлен в участок Таратул Карагандинского лагеря в Казахстане.
7 сентября 1937 года был арестован в Карлаге по обвинению в том, что «находясь на участке Тартаул, организовавшись в группу, проводил среди заключенных Тартаула к/р агитацию». В уголовном деле имеется документ: «3 сентября 1937 г. составили настоящий акт в том, что 3 сентября нами было обнаружено изображение церкви, алтарь, маленькие иконы, которые сложили на песке священники з/к Тартаул, где они устраивали богослужения, молебны».
В обвинительном заключении говорилось: «Находясь на общих основаниях на командировке Тартаул, Исаев Михаил Васильевич входил в к/р группировку церковников, проводившую к/р деятельность. Эта группировка в кустах на берегу реки устроила себе церковь, выложив на берегу изображение алтаря, икон и крестов и в этой церкви и на квартирах членов своей к/р группы систематически устраивались богослужения и молебны, а также беседы, на которых велись к/р разговоры и злобная к/р агитация среди з/к».
Виновным себя в предъявленных ему обвинениях не признал.
31 октября 1937 года тройкой при УНКВД СССР по Карагандинской обл. осуждён по обвинению в «к/р агитации, участии в к/р организации церковников» и приговорен к расстрелу.
Расстрелян 2 ноября 1937 года на участке Тартаул Карлага. Место погребения неизвестно.
