Неофит Любимов — сын диакона из села Липняги или Таборы Самарского уезда Самарской губернии. Первоначально обучался в Самарском духовном училище и Самарской духовной семинарии. По окончании курса в 1870 году, 26-летним, был послан на казённый счёт в Киевскую академию, которую окончил в 1874 году со степенью кандидата богословия и с правом соискания степени магистра, не подвергаясь поверочному испытанию.
27 июля 1874 года определён в Симбирскую духовную семинарию на должность преподавателя гомилетики, литургики и практического руководства для пастырей Церкви. Совместно с этими предметами ему поручено было, за болезнью преподавателя, преподавание догматики и нравственного богословия в старших классах, а по приглашению начальника Военной гимназии, в течение восьми лет он вёл там занятия по русскому языку и гражданской истории. С 1876 года ему было поручено преподавание в семинарии теории словесности, истории литературы и логики.
С 1876 по 1882 год был преподавателем русского языка и гражданской истории в Симбирском епархиальном женском училище. С 1879 года в течение семи лет состоял преподавателем русской словесности и педагогики в Мариинской женской гимназии. С 1882 года был членом педагогического и распорядительного собрания правления семинарии. С 1885 года служил законоучителем и инспектором классов того же училища. Преподавал также в Симбирском кадетском корпусе.
В 1885 году был рукоположен во священника к Введенскому храму епархиального училища. До нас дошло восемь Слов, произнесенных во Введенском храме в дни престольных праздников. Во время его служебной деятельности ему поручалось исполнение строительных обязанностей: так он, в качестве председателя комиссии при епархиальном училище, строил здание для классов, общежитие для воспитанниц епархиального женского училища, больницу для него, баню и прочее.
В 1893-1895 годах, оставаясь в должности инспектора классов женского училища, преподавал гомилетику в Симбирской духовной семинарии.
С 14 апреля 1899 по 4 июня 1900 года работал преподавателем греческого языка в Симбирском духовном училище для выслуги пенсии. 14 апреля 1899 уволен с должности инспектора классов в епархиальном женском училище. Он исходатайствовал у Святейшего Синода преподавательский оклад пенсии для инспекторов классов в епархиальных училищах при содействии директора Хозяйственного управления П.И. Остроумова, но сам не воспользовался им вследствие запоздания отпечатания в «Церковных ведомостях» определения Св. Синода о назначении пенсий законоучителям и инспекторам классов при епархиальных училищах.
В начале 1900-х годов служил в церкви Всех святых города Симбирска. В 1902 году был назначен настоятелем московского храма Воскресения Словущего на Ваганьковском кладбище. В Москве он принимал активное участие в образовательных чтениях для фабрично-заводских рабочих, читал лекции для рабочих в Московском епархиальном доме. В 1906 году был возведен в сан протоиерея.
Ревностный проповедник и защитник православия, он основал собственное миссионерское издательство, в котором публиковались работы архиепископа Антония (Храповицкого) против пашковцев, Николая Варжанского — против различного вида сектантства, а также свои собственные работы. В 1914 году вторым, дополненным изданием вышли проповеднические труды протоиерея Неофита. Основанием к переизданию стали высокие отзывы о его проповедях.
Н. Раевский писал: «Многие „Слова“ представляют недуги современного общества... и указывают средства для их врачевания. При обстоятельной полноте содержания они излагаются живою современною и вполне изящною речью». В другой рецензии отмечалось: «В „Словах“ и речах отца Любимова надо отметить удивительный тон автора, его ясную, точную, всегда весьма рассудительно проводимую и отчетливо передаваемую раздельность мысли, логичность суждения и вместе с тем глубоко проникающую все содержание бесед и учений церковность. Спокойно, шаг за шагом, довод за доводом автор составляет из своих сжато высказанных, но всегда полно предмет исчерпывающих мыслей одну красивую и стильную, целесообразную речь».
Протоиерей Неофит церковные убеждения соединял с патриотической настроенностью и твердыми воззрениями на благодетельную силу царской власти, он издал специальный труд о духовной природе царской власти и об обязанности православных людей хранить и укреплять ее.
В 1914 году был назначен настоятелем храма святителя Спиридона Тримифунтского на Козьем болоте.
В мае 1918 года был арестован зять протоиерея Неофита — православный миссионер Николай Варжанский. 13 июня отец Неофит написал письмо Ленину с просьбой освободить Николая Варжанского: «В скорбные дни моей личной жизни имею смелость обратиться к Вам с покорнейшей просьбой. О своей личности имею долг сообщить следующее. Я служил в Симбирске вместе с Вашим родителем. Он был директором народных школ, а я преподавателем Мариинской женской гимназии, Кадетского корпуса и Духовной семинарии. Родитель Ваш мне хорошо известен и знаком, я с ним весьма нередко встречался в частных домах и на собраниях, где обсуждались дела педагогические. Скончался он при мне, я был молитвенником тогда, да и теперь молюсь за него. Во дни своей настоящей невзгоды я осмеливаюсь обратиться к Вам с покорнейшей просьбой: мой сын (зять) Николай Юрьевич Варжанский совершенно случайно попал под арест: вошел в квартиру протоиерея Восторгова, где в это время производился обыск, и вместе с другими был арестован и отправлен сначала в следственное предварительное заключение, а потом переправили его в Бутырскую тюрьму. И в газетах было написано, и словесно слышал от лиц, заслуживающих доверия, что за Варжанским вины, за которую следовало бы посадить в тюрьму, не найдено. Невзгоды были в семье Вашего дорогого родителя, они касались и Вас, и Вы были дороги для своих родителей. Тяжело и мне переносить невзгоду моей дочери и своего сына (зятя). Покорнейше прошу принять участие в моем горе: благоволите отпустить моего зятя от всяких преследований и от тюрьмы или же отдать его мне на поруки. Он человек благонамеренный, советское правительство признает и подчиняется ему, каких-либо контрреволюционных выступлений нигде никогда не имел, он проповедник слова Божия — миссионер и только. Прошу Вас ради памяти Вашего родителя, моих заслуг по отношению к Вашей родной сестре Марии Ильиничне в деле образования и воспитания помочь мне в моем горе: освободить Варжанского из тюрьмы и возвратить его в семью».
Ответа на это письмо не последовало.
21 июля 1918 года протоиерей Неофит, по предложению Александра Самарина, отслужил в храме панихиду по «убиенном новопреставленном бывшем царе Николае». Вечером того же дня сотрудники ВЧК арестовали священника. Протоиерей Неофит был обвинен в «агитации против советской власти», в том, что «служил панихиду по „помазаннике Божием“ Николае Романове». 17 сентября 1918 года президиум коллегии отдела по борьбе с контрреволюцией из трех человек приговорил протоиерея Неофита к расстрелу.
Приговор был приведен в исполнение. Протоиерей Неофит Любимов погребен на Калитниковском кладбище в могиле, ставшей ныне безвестной.
