Нестор Панин — сын мещанина города Семипалатинска. В 1905 году, 21-летним, окончил Томскую духовную семинарию со званием студента.
Состоял надзирателем за воспитанниками и учителем истории в Ишимском духовном училище.
Распоряжением попечителя Западно-Сибирского учебного округа назначен на должность законоучителя Омских пятиклассного и четырехклассного училищ с 1 января 1910 года. 2 февраля этого же года рукоположен во священника.
С 29 сентября 1913 года служил в Никольском храме Семипалатинска. В 1914 году семья священника состояла из жены и дочери.
На 1937 год служил в Семипалатинском Воскресенском соборе в сане протоиерея.
28 августа 1937 года был арестован по обвинению в членстве в «контрреволюционной шпионской организации церковников». Проходил по групповому делу «Дело протоиерея Бориса Герасимова. Семипалатинск, 1937 г.»
На допросе дал следующие показания: «В к/р организации церковников я не состоял. По этому вопросу показаний дать не могу. Членов к/р организации я не знаю. Я лично составил и распространил документ к/р содержания под названием «Молитва». Эта молитва читается в храме ежедневно. Я не отрицаю, что я читал и писал этот документ. Я его списал из книги «Молитвы».
19 ноября 1937 года тройкой УНКВД по Восточно-Казахстанской обл. был приговорен к расстрелу.
Расстрелян 22 ноября 1937 года в 2 часа ночи в Семипалатинске.
