Александр Кононов — сын настоятеля Тельвисочного прихода Мезенского уезда Архангельской губернии. В 1886 году 15-летний Александр Кононов окончил Архангельское духовное училище, в 1892 году — Архангельскую духовную семинарию и поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию.
10 февраля 1896 года он был пострижен в монашество с именем Никодим, 24 февраля — рукоположен в сан иеродиакона, 21 апреля — в сан иеромонаха.
В 1896 году окончил академию со степенью кандидата богословия и был назначен смотрителем Александро-Невского духовного училища в Санкт-Петербурге, а также смотрителем Санкт-Петербургских Педагогических курсов для учителей второклассных церковно-приходских школ. Кроме того состоял председателем Комиссии по постройке дома для учителей Александро-Невского духовного училища с 18.04.1898 г. по 18.03.1900 г.
30 августа 1904 был возведен в сан архимандрита «за примерное отправление обязанностей по должности смотрителя духовного училища по представлению его преосвященства от 20 августа 1901 г. определением Св. синода от 28 августа 1901 г».
В 1904 году был назначен ректором Калужской духовной семинарии. С 21 сентября 1908 по 14 января 1909 года состоял в особом совещании начальников средних мужских и женских учебных заведений г. Калуги под председательством Калужского губернатора, по выработке правил внешкольного надзора. Получил благодарность от Калужского епископа за «неусыпные труды, понесенные в последнее особенно время по воздействию на взволнованные умы воспитанников, благодаря чему они прекратили брожение и покинули мысль, — если не навсегда, то на продолжительное время, — не подчиняться законным распоряжениям начальства».
В 1909 году перемещен на должность ректора Олонецкой семинарии.
С 1 июня 1909 года состоял председателем заседаний Олонецкого миссионерского совета и совета Александро-Свирского братства.
Указом Св. синода от 13 октября 1909 года, вследствие представления его преосвященства, назначен редактором неофициального отдела «Олонецких епархиальных ведомостей». Ему была выражена признательность Святейшего синода за составление акафиста святому Иоанну Златоусту. Этот акафист был напечатан Синодом для церковного употребления. Акафист святителю Иоанну Златоусту был написан иеромонахом Никодимом, когда он был еще студентом Санкт-Петербургской духовной академии. Однако в то время цензор отклонил акафист примерно в таких выражениях: «Акафист гению должен писать гений, а не какой-то безвестный иеромонах».
9 января 1911 года хиротонисан во епископа Рыльского, викария Курской епархии. Хиротония состоялась в Санкт-Петербурге. Чин хиротонии совершали: митрополит Московский Владимир (Богоявленский), митрополит Киевский Флавиан (Городецкий) и другие. С 15 ноября 1913 года — епископ Белгородский, викарий той же епархии.
Всё время своей архипастырской деятельности был церковным песнотворцем, он составил акафисты преподобным Никодиму Кожеезерскому, Трифону Печенегскому и Иову Ущельскому, Соловецкому чудотворцу.
Духовный писатель, церковный историк, владыка Никодим был автором книг о подвижниках Архангельской и Олонецкой земли, а также являлся одним из главных составителей многотомного труда «Жизнеописания отечественных подвижников благочестия 18-19 столетий». В 1910была опубликована его книга «Старец отец Наум Соловецкий, подвижник-карел». Кроме этого, им были написаны несколько сборников жизнеописаний святых угодников Божиих Санкт-Петербургской и Вологодской епархий, а также подвижников Соловецкого монастыря. Занимался он и историей старчества.
Много потрудился в связи с открытием святых мощей святителя Иоасафа Белгородского. В годы служения в Курской епархии им были составлены две молитвы святителю Иоасафу, а также большой труд «Житие, прославление и чудеса святителя Иоасафа». Под руководством епископа Никодима и при его непосредственном участии были изданы три тома консисторских дел, связанных с деятельностью святителя Иоасафа, в Свято-Троицком мужском монастыре воссозданы его покои, создан уникальный музей святителя Иоасафа, обладавший обширным фондом документов.
В 1917 удостоен степени магистра богословия.
8 января 1919 года был арестован комиссаром Саенко прямо в алтаре Троицкого собора за проповеди против грабежа и насилия.
По просьбе верующих, требовавших отпустить владыку, местные чекисты «освободили» его на один день, а просивших за него арестовали. Одну из групп верующих, протестовавших против ареста епископа, возглавила жена священника, начальница 2-й женской гимназии Мария Кияновская, которая была сразу же арестована как «руководительница контрреволюционной демонстрации» и расстреляна. На следующие сутки епископ был повторно арестован.
Тайно расстрелян 10 января 1919 года, похоронен в общей могиле за городом.
После взятия Белгорода добровольческой Белой армией (через полгода после расстрела епископа), могила священномученика Никодима была вскрыта. Медицинский осмотр останков установил, что кроме наличия не смертельной огнестрельной раны в груди святителя, имеется пролом черепа от удара тяжелым тупым предметом, огромный кровоподтек в верхней части головы и пролом гортанных хрящей от душения руками.
Святым останкам владыки Никодима были возданы должные почести, их погребли в Свято-Троицком мужском монастыре и близ раки святителя Иоасафа Белгородского.
