Николай Кротков — сын священника из села Погрешино Середского уезда Костромской епархии. В 1889 году 21-летний Николай Кротков окончил Костромскую духовную семинарию и назначен учителем в приходской школе села Олеш Галичского уезда. Женился.
25 февраля 1890 года принял священный сан и был определен преосвященным Августином (Гуляницким), епископом Костромским, на священническое место к Петро-Павловской церкви села Тезино Кинешемского уезда. Неутомимая пастырско-просветительская деятельность снискала тезинскому священнику всеобщую любовь прихожан-рабочих и расположение епархиальной власти, вскоре наградившей начинающего иерея набедренником.
Семейная жизнь у отца Николая Кроткова не сложилась: умер ребенок, а за ним и жена.
В 1896 году поступил в Киевскую духовную академию. 13 августа 1899 году на 4-м курсе академии был пострижен в монашество. В 1900 году окончил академию со степенью кандидата богословия и назначен смотрителем Владикавказского духовного училища. В 1902 году возведен в сан игумена и назначен и. о. инспектора Кутаисской духовной семинарии. 8 января 1903 года возведен в сан архимандрита и назначен ректором Ардонской миссионерской семинарии. С января 1905 года — ректор Псковской духовной семинарии.
11 ноября 1907 года хиротонисан во епископа Аккерманского, викария Кишиневской епархии. Хиротонию совершали: епископ Кишиневский Владимир (Сеньковский), епископ б. Аккерманский Аркадий (Филонов), епископ Новомиргородский Сергий (Петров) и епископ Каневский Иннокентий (Ястребов).
С 16 ноября 1911 года — епископ Чигиринский, викарий Киевской епархии.
В 1918 году был арестован петлюровцами.
По некоторым сведениям, в мае-октябре 1919 г. находился в Кракове, в католическом монастыре вместе с митрополитом Антонием и митрополитом Евлогием, до этого 4 месяца они жили в г. Бучаче. Вернулись в Киев при Деникине.
В июне 1920 года выехал в Симферополь, где тогда был Врангель. Назначен на Симферопольскую кафедру по благословению святителя Тихона.
В 1922 году возведен в сан архиепископа.
В 1922 году был арестован по обвинению в «сопротивлении изъятию церковных ценностей». Был судим в Симферополе, открытое судебное заседание продолжалось с 5 ноября по 1 декабря 1922 г. Приговорен к 8 годам лишения свободы.
Провел в заключении в Нижегородской тюрьме около десяти месяцев. Был освобожден и отправился в Крым через Москву. Задержался в Москве, чтобы лучше ознакомиться с церковными делами. Был приглашен в Священный синод святейшим патриархом Тихоном. Позднее по указанию Евгения Тучкова (борец с религией от ОГПУ) был лишен возможности выехать из Москвы.
В 1923 году арестован в Москве и выслан в Туркестанский край (в Красноводск) сроком на два года. В 1926 году был освобождён из ссылки, но вскоре вновь арестован, отправлен в Москву, содержался в Бутырской тюрьме. После суда был выслан в Туркестан, вначале в Кзыл-Орду, затем в Турткуль. После освобождения из ссылки в 1929 был переведен на поселение в Костромскую область, лишён права проживать в крупных городах. Поселился в селе Тезино Кинешемского района, где начинал свой путь священника.
С 6 октября 1932 г. — архиепископ Костромской. 23 ноября 1932 г. награжден правом ношения креста на клобуке.
3 декабря 1936 года был вновь арестован по обвинению в переписке и оказании материальной помощи находящемуся в ссылке духовенству. Кроме того, владыка Никодим был обвинен в том, что принял в свою епархию из других до 10 иеромонахов на священнические места, а также в хранении двух сборников проповедей, изданных при царизме.
2 января 1937 г. уволен на покой.
27 марта 1937 года был приговорен за «контрреволюционную деятельность» к высылке в Красноярский край сроком на пять лет без ссылки на закон. Состояние его здоровья резко ухудшилось. Еще 11 февраля 1937 года тюремный врач поставил диагноз: перерождение сердечной мышцы, нестойкая компенсация, подозрения на грудную жабу, артериосклероз, эмфизема легких, недержание мочи. В таком состоянии владыка едва ли мог быть отправлен в ссылку.
3 сентября 1937 года без возбуждения уголовного дела Управлением НКВД Ярославской области исповеднику было предъявлено новое обвинение в проведении контрреволюционной деятельности (ст. 58-10, 58-11 УК РСФСР). Проходил по «групповому делу митрополита Павла (Борисовского) и архиепископа Никодима (Кроткова). Ярославль, 1937-1938 гг.». Обвинительное заключение было следующим: «Формирует из духовенства контрреволюционную группу, которая распространяет антисоветскую гнусную клевету, сеет среди верующих сомнения в колхозном строительстве, ждет капиталистической войны и готовит повстанческие организации для борьбы с советским государством».
Из протокола допроса: «Признался в шпионаже в пользу Румынии с 1910 г., после революции — в пользу Польши. Принял в 1910 г. 1000 руб. от румынской разведки через свящ. Валовей. В декабре 1911 г. был переведен в Киев, связь с румынской разведкой продолжалась до войны, всего получил два раза по 1000 руб. и два раза более мелкие суммы. С 1919 г. в Кракове стал польским шпионом. С 1922 г. в Костроме получал деньги от митрополита Евлогия.
Стянул в свою епархию с Украины, Крыма и их мест ссылки людей, связанных в прошлом по а/с деятельности (20 фамилий). Готовил с ними, при участии крестьян, вооруженные выступления против соввласти. Был связан с Борисовским П. П.» (Павел Борисовский — митрополит Ярославский.)
Архиепископа Никодима оставили последние силы. Издевательства, пытки и ночные допросы сделали свое дело.
Он скончался 21 августа 1938 года в Ярославской тюремной больнице от острого катара кишечника при явлениях нарастающей сердечной слабости — паралича сердца.
